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收藏|常用linux命令大全

sxr 生信人 2022-06-21

 令:man

功能说明:查询命令用法

语 法:man <command>

Example :man ls 查询ls 命令的用法


1. 目录和文件管理

1.1目录相关


1.1.1 mkdir

功能说明:建立目录

语 法:mkdir [-p] <dir1 [dir2 …]>

参 数:-p 若所要建立目录的上层目录目前尚未建立,则会一并建立上层目录。

Example :mkdirtestdir

mkdir -p newdir/childdir


1.1.2 rmdir

功能说明:删除(空)目录

补充说明:该命令只能删除空目录,若要删除非空目录,请使用rm –r dirname

语 法:rmdir [-p] <dir1 [dir2…]>

参 数:-p删除指定目录后,若该目录的上层目录已变成空目录,则将其一并删除。

Example :rmdirtestdir

rmdir -p childdir


1.1.3 ls

功能说明:列出目录内容

语 法:ls [-alhtr]<file/dirname>

参 数:-a 显示目录下所有文件和目录(显示隐藏文件和目录)。

-l 显示文件/目录详细信息,每行显示一个文件/目录。

-h 文件大小按’K’,’M’,’G’,来显示(需要加 -l 参数)。

-t 用文件和目录的更改时间排序。

-r 反向排序

Example :ls -a dirname

ls -lh dirname

ls -ltr dirname

补充说明:ll 并不是linux 下的基本命令,实际上是ls–l 的一个别名(缩写),别名可在~/.bashrc中使用alias定义,

如alias ll=’ls –l’


1.1.4 cd

功能说明:切换目录

语 法:cd <dirname>

Example :cd /path/dirname/

特殊例子:cd / 转换到根目录

cd ~ 转换到家目录(即/home/yourname/)

cd ../ 转换到上一级目录

cd - 转换到上一次cd前所在的目录


1.1.5 pwd

功能说明:显示工作目录绝对路径

语 法:pwd

Example :pwd

特殊目录的表示:

/ 根目录

~ 家目录

./ 当前目录

../ 上一级目录

特殊说明:linux 下以”.”开头的文件名为隐藏文件,使用ls -a时才会显示


1.2 文件处理

1.2.1 touch

功能说明:创建一个空文件或者更改文件修改时间

语 法:touch <filename>

Example :touchnewfile 创建一个名为newfile的空文件


1.2.2 cp

功能说明:复制文件或目录

语 法:cp [-r] <source file/dirname> < destination file/dirname>

参 数:-r/-R 将一个目录及目录内所有文件复制到另一个目录

Example :cp file1file2 将file1复制并重命名为file2

cp file1 file2 dirname/ 将file1,file2复制到一个目录下

cp -r dir1 dir2 若dir2已存在,dir1复制到dir2下,若不存在,dir1复制并重命名为dir2


1.2.3 mv

功能说明:移动或更名现有的文件或目录。

语 法:mv <source file/dirname> < destinationfile/dirname>

Example :mv file1file2 将file1重命名为file2

mv file1 file2 dirname/ 将file1,file2移动到dirname/目录下

mv dir1 dir2 若目录dir2已存在,dir1移动到dir2下,若dir2不存在,dir1移动并重命名为dir2


1.2.4 rm

功能说明:删除目录或文件

语 法:rm [-r] <file1/dir1 [file2/dir2 …]>

参 数:-r/-R 删除目录和该目录下的所有文件

Example :rm file1 [file2 …] 删除file1[file2 …]

rm -r dir1 [dir2 …] 删除dir1 [dir2 …] 目录及目录下所有文件


1.2.5 less

功能说明:查看文件内容

语 法:less [-SN] <file1 [file2 …]>

参 数:-S 每行不显示长于屏幕宽度的字符(默认显示在下一行)

-N 显示行号

Example :less -S file

less -SN file

补充说明:使用less 打开文件后,使用ctrl+u向上翻页,ctrl+d向下翻页,/pattern可以进行向下匹配查找,?pattern

可以进行向上匹配查找。使用“q”退出。


1.2.6 more

功能说明:显示文件内容

语 法:more <file1 [file2…]>

Example :more file

补充说明:使用more 显示文件内容后,使用空格键“space”向下翻页,使用“q”退出


1.2.7 head

功能说明:显示文件开头部分

语 法:head [-n] <file1 [file2…]>

参 数:-n <number> 显示文件头number行的内容(默认显示头10行)

Example :headfile 显示file文件的头10行的内容

head -n 100 file 显示file文件头100行的内容


1.2.8 tail

功能说明:显示文件末尾部分

语 法:tail [-n] <file1 [file2…]>

参 数:-n <number> 显示文件末尾number行的内容(默认显示末尾10行)

Example :tail file 显示file文件的末尾10行的内容

tail -n 100 file 显示file文件末尾100行的内容


1.2.9 cut

功能说明:显示文件每行指定范围的字符

语 法:cut [-cdf] <file>

参 数:-c num1-num2,显示每行从开头算起第num1到num2的字符

-d 指定域分割符,默认“\t”

-f num1-num2,显示每行从开头算起第num1到num2的域

Example :cut -c 1-10 file 显示文件file每行开头的10个字符

cut -f 1-10 file 显示文件file每行开头10列(以“\t”分割)

cut -d “ ” -f 2 显示文件file第二列(以空格分割)


1.2.10 cat

功能说明:将文件连接后显示到标准输出(或使用“>”重定向到其他文件)

语 法:cat [-n] <file [file2…]> [> newfile]

参 数:-n 在文件内容前加行号显示

Example :catfile 将file文件的内容显示到屏幕。

cat -n file > newfile 将file内容加行号后重定向到newfile中。

cat file1 file2 > newfile 将file1和file2的内容重定向到newfile。

cat file1 file2 >> file 将file1和file2的内容追加到file文件的末尾。

cat > file

new word

生成file文件并将“new word”添加到文件中。


1.2.11 ln

功能说明:链接目录或文件

语 法:ln [-s] <source file/dirname> [file/dirname]

参 数:-s 对目标文件进行符号链接而非硬链接

Example :ln -s file1 file2 将file1链接为file2(注:file2必须不存在)

ln -s file1 file2 dirname/ 将file1和file2链接到dirname/下


1.3 压缩解压缩

1.3.1 tar

功能说明:加入或还原备份文件内的文件

语 法:tar -f[cxzjv] <file>

参 数:-f 必加参数

-c 创建备份文件

-x 从备份文件中还原文件

-z 调用gzip/gunzip来压缩/解压缩文件

-j 调用bzip2/bunzip2来压缩/解压缩文件

-v 显示命令执行过程

Example :tar -cf newfile.tar file1 file2 将file1,file2文件打包到newfile.tar

tar -xf newfile.tar 提取newfile.tar中的文件

tar -czvf newfile.tar.gz file1 file2 将file1,file2文件打包并调用gzip程序将文件压缩为newfile.tar.gz

tar -xzvf newfile.tar.gz 将newfile.tar.gz文件解压并提取里边的文件


1.3.2 zip

功能说明:压缩并生成“.zip”结尾的文件

语 法:zip [-1..9][-r] <newfile.zip> <sourcefile/dir>

参 数:-r 将子目录下所有文件和目录一并处理

-1..9 压缩效率,数值越大,压缩效率越高

Example :zipnewfile.zip file1 file2 将file1,file2进行压缩到newfile.zip内

解压方式:使用unzip进行解压,unzip newfile.zip


1.3.3 gzip

功能说明:压缩并生成“.gz”结尾的文件

语 法:gzip [-1..9][-r] <file/dirname>

参 数:-r 对目录下的文件进行压缩,但不会对目录进行压缩

-1..9 压缩效率,数值越大,压缩效率越高(默认6)

Example :gzip file 将file压缩为file.gz并删除源文件

解压方式:使用gunzip进行解压,gunzip file.gz


1.3.4 bzip2

功能说明:压缩并生成“.bz2”结尾的文件

语 法:bzip2 <file>

Example :bzip2 file 将file压缩为file.bz2并删除源文件

解压方式:使用bunzip2进行解压,bunzip2file.bz2


1.4数据统计与处理

1.4.1 sort

功能说明:将文本文件内容进行排序

语 法:sort [-nkr]<filename>

参 数:-n/-g 将文件按数值大小从小到大排序(默认按ascii码从小到大排序)

-k <num> 按第num列内容对文件排序(默认按第一列)

-r 反向排序

Example :sort file 对file文件按第一列内容ascii码值从小到大排序并输出。

sort -n -k 3 file 对file文件按第3列内容数值大小从小到大排序。

sort -nr -k1,2 file 对file文件按数值大小反向排序,优先考虑第一列,再考虑第二列


1.4.2 uniq

功能说明:合并文件中相邻的相同的行

语 法:uniq [-cd] <file> [outfile]

参 数:-c 在每行第一列显示该行重复次数

-d 仅显示有重复的行

Example :uniq -c file 合并相同的行,并统计每行重复次数,输出到屏幕

uniq -d file outfile 合并相同的行,并显示file中有重复出现的行,输出到outfile文件中


1.4.3 wc

功能说明:统计文件中字节数

语 法:wc [-cwl] <file>

参 数:-c 只统计字节数/Bytes数

-w 只统计字数(单词数)

-l 只统计行数

Example :wcfile 显示文件file的字节数,字数,行数

wc -l file 显示文件file的行数


1.4.4 grep

功能说明:查找文件中符合条件的行

语 法:grep [-v] <string> <file>

参 数:-v 不匹配,显示文件中不匹配string的行

Example :grep world file 查找文件中含有“world”的行

grep -v world file 查找文件中不含有“world”的行


1.4.5 awk

功能说明:对特定的行中特定的列进行操作

语 法:awk [-F] ‘(condition){operate}’ <filename>

参 数:-F 指定列的分割符,可以使任意字符,默认按空白分割

Example :awk -F “:” ‘{print $1}’ 按“:”来分割并打印出第一列

awk ‘($1 > 100){print $0}’ 对第一列大于100的行整行输出

awk ‘($1 > 100){print $1”\t”$2}’ 对第一列大于100的行输出第一列和第二列的结果并以“\t”分割。

awk ‘($3~/world/){ x+= $1}END{print x}’ 对第三列匹配“world”的行的第一列求和,全部处理完之后输

出结果x的值


1.4.6 sed

功能说明:文本处理并可对文件进行编辑

语 法:sed [-i] '{command}' <filename>

参 数:-i 直接在原文件中修改(默认修改后屏幕输出,原文件不变)

Example :sed -i ‘s/test/new_word/’ file 将file文件中的test字符替换为new_word

sed -i ‘/pattern/ s/ test/new_word/’ file 将file文件中匹配pattern字串的行进行替换操作

sed -i ‘/^$/ d’ file 将文件file中的空白行删除(d)


1.5.1 md5sum

功能说明:验证文件传输的完整性

语 法:md5sum [-c] <filename>

参 数:-c 校验文件传输后是否完整

Example :md5sumfile1 对file1文件生成md5值。

md5sum file1 > newfile 对file1文件生成md5值并重定向到newfile中。

md5sum -c newfile 检验newfile中文件的md5值是否和文件一致。


1.5.2 chmod

功能说明:设置文件或目录权限

语 法:chmod [-R] <mode> <file/dirname>

参 数:-R 对目录和目录下所有文件均设置权限

详细说明:文件权限分为是否可读(r)、是否可写(w)、是否可执行(x)3种,同时对应档案拥有者(u)、同组成员(g)、其

他成员(o)3种。mode分为符号模式和数值模式。

符号模式:[ugoa] [+-=] [rwx]

数值模式:用1/0表示,则111表示可读可写可执行,000表示不可读不可写不可执行,可读可写可执行

分别对应10进制的4,2,1,则5表示可读不可写可执行。

Example :chmod u+xg=rx o-rwx file 对file 文件用户自身增加可执行权限,同组成员权限设置为可读可写,

对其他成员移除rwx权限。

chmod a-w file 对file文件所有成员移除可写权限。

chmod -R 750 dirname 对dirname目录及其下所有文件权限设置为用户自身可读可写可执行,同组

成员可读可执行,其他成员无权限。


1.5.3 find

功能说明:查找文件

语 法:find [path] [expression]

详细说明:path 在path路径下进行查找

expression 查找模式,常用的有

-name <filename> 按文件名查找(文件名允许通配符)

-perm <mode> 按文件权限查找

-user <user name> 按文件所有者查找

-group <group name> 按文件所在组查找

-mtime <+n/-n> 按文件更改时间查找,-n表示更改时间距现在n天以内,+n表示距现

在n天以外

-type <l/d/f> 按文件类型查找,l:符号链接文件,f:普通文件,d:目录文件

Example :find./ -name file 在当前目录及其子目录下查找文件名为file的文件

find ./ -name ‘*a’ -type d 寻找文件名以a结尾的目录文件。

1.5.4 du

功能说明:显示目录或文件的大小

语 法:du [-ash] [--max-depth=<n>] <file/dirname>

参 数:-a 显示目录中个别文件大小

-s 只显示总计

-h 以“K” ,“M” ,“G”为单位显示

--max-depth=<n> 只显示n层目录以内的文件

Example :du -sh ./ 显示当前目录的大小

du -ah --max-depth=1 dir 显示dir目录下所有文件大小,不包括下一级目录


2 进程管理

2.1进程查看

2.1.1ps

功能说明:显示用户进程

语 法:ps x [-u <usrname>]

参 数:-u <usrname> 显示usr用户的进程(默认显示自身用户进程)

Example :ps x


2.1.2top

功能说明:显示用户进程(实时)

语 法:top [-bcdu]

参 数:-b 批处理模式,可以将top内容重定向到文件中

-c 显示详细信息

-d <n> 刷新时间间隔,n秒刷新一次

-u <usrname> 只显示usr用户的进程

Example :top

top -c -u usr


2.1.3jobs

功能说明:显示后台任务(当前节点,当前窗口)

语 法:jobs [-l]

参 数:-l 显示任务进程ID

Example :jobs

jobs -l


2.2进程控制

2.2.1 kill

功能说明:删除或控制执行中的进程

语 法:kill [-num] <PID> [-l]

参 数:-num 通过num传递一个信号控制进程(默认15,终止进程),常用值如下

-9 强制删除进程

-19 暂停一个进程(使之处于T状态)

-18 继续暂停的进程

-l 显示信号列表

Example :kill28004 终止进程号为28004的进程

kill -9 28004 强制删除进程号为28004的进程

kill -19 28004 暂停进程号为28004的进程

kill -18 28004 继续进程号为28004的进程

kill -l 显示信号列表


2.2.2 fg

功能说明:将后台进程转换到前台

语 法:fg [%num]

参 数:%num 将编号为num的后台任务转换到前台,num由jobs 命令得到。

Example :fg 将最近的一个转后台的任务转为前台

fg %2 将编号为2的后台任务转到前台


2.2.3 bg

功能说明:将前台任务转为后台(需先用ctrl+z暂停任务),或者继续后台暂停的任务

语 法:bg [%num]

参 数:%num 将编号为num的后台暂停任务继续。

Example :ctrl+z, bg

bg %2 将编号为2的后台暂停任务继续。


3.其他

3.1 history

功能说明:查询该节点上执行过的历史命令

语 法:history

Example :history


3.2 nohup

功能说明:加到命令前使得该命令在用户退出登录后也能继续执行

特殊说明:一般与转后台’&’一起使用,屏幕输出默认重定向到nohup.out文件中

Example :nohup perl test.pl &


3.3 转后台 &

功能说明:加到命令结尾,使该命令在后台运行

Example :cp file1file2 & 后台执行拷贝命令


3.4 重定向 >

功能说明:将标准输出内容重定向到文件中

相关符号:>> 表示将内容追加到文件末尾。

Example :ls dir > dir_list 显示dir目录下的文件并将内容输出到dir_list文件中,若dir_list文件存在,则会被清

空,若不纯在,将创建。

ls dir >> dir_list 显示dir目录下的文件并将内容追加到dir_list文件中,若dir_list文件存在,内容追

加到文件末尾,若不纯在,将创建。


3.5 管道符 |

功能说明:将”|”前一部分的输出作为”|”后一部分的输入

语 法:command1 | command2

Example :less file1| grep world | awk ‘{print $1}’ 显示file1的内容,将带有world的行输出,打印该行的第一列


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