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孟德尔随机,十大文章汇总

毋庸置疑,孟德尔随机成为跟生信预后signature构建一样的发文神器,相对于生信预后来说孟德尔的分析逻辑简单,更容易理解,但是选题切入,结果整理更为复杂。生信人从今年年初开始关于这个方向已经推送过十多篇文章,在此,一并汇总给大家,希望大家都能了解这个发文神器,然后23年文章多多。当然如果你也在课题中利用孟德尔分析,选题和分析有难度,也欢迎跟生信人合作。孟德尔随机课题设计,技术分析,扫码联系第一篇:孟德尔随机化介绍孟德尔随机化(MR)是基于全基因组测序数据、能有效减少偏倚、类似于RCT研究、用于揭露因果关系的统计学方法。MR可以用于评估因果推断,以遗传变异作为工具变量(IVs)来代表特定的暴露,以推断暴露与结果之间的因果关系,将表型对表型的因果研究转化成基因型的研究。优势在于:个体的遗传变异先于疾病的结局,这样便排除了由于逆向因果问题所带来的混杂偏倚;现代生物信息技术对遗传变异的测量能够达到很高的精度,这很大程度上降低了由于测量误差所带来的估计偏倚。链接:2022年12月27日:轻松上5分!
2023年5月15日
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升级版孟德尔随机:单细胞+共定位

TOPIC星标“生信人”精彩不错过今天分享的文章“肥胖相关的2型糖尿病患者血液基因表达的改变可能与脂质代谢有关(孟德尔随机化分析)于2023年2月发表在Diabetologia,IF
2023年5月13日
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出道即巅峰!顶刊揭示单细胞联合QTL鉴定新的致病基因

RNA-Seq完成的,并且通过将GWAS结果与组织水平eQTL相结合。然而,这仅部分成功地对疾病风险基因进行了优先排序。eQTL是表达数量性状位点(expression
2023年5月11日
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如何利用MR分析弯道超车?

流程图2.训练集和验证集的MR分析结果利用cis-eQTL数据,通过聚类和MR分析鉴定了2644个的可用药基因,在训练队列中,发现11个基因预测的表达量与AAs风险相关(p<1.90E−5
2023年5月5日
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高分解密癌前病变-空间转录组

INHBA被招募到DN区域,并通过与整个生态系统的频繁通信“启动”癌症的形成。图46.参与了癌前病变转化为肿瘤期的免疫细胞亚群分析在T区,Mesen_CAFs在每个个体中一个簇(cluster
2023年4月19日
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SCI新宠儿“孟德尔随机化”,简单3张图发8.8+

immunology杂志(IF:8.786)的一篇孟德尔随机化研究。纵观全文,利用孟德尔随机化(MR),简简单单几张图表,就揭示了叶酸和维生素B12与自身免疫性疾病的关系,还发表了IF
2023年4月18日
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如何利用MR分析弯道超车?

流程图2.训练集和验证集的MR分析结果利用cis-eQTL数据,通过聚类和MR分析鉴定了2644个的可用药基因,在训练队列中,发现11个基因预测的表达量与AAs风险相关(p<1.90E−5
2023年4月18日
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“化疗相关NETosis通路” — 肿瘤化疗耐药罪魁祸首

(P2RX7)对死亡肿瘤细胞释放的“危险信号”ATP做出反应,从而触发NLRP3炎症小体和caspase-1的级联激活,最终将pro-IL-1b裂解为IL-1b。在随后对NETs
2023年4月13日
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国自然中标热点预测:线粒体质量控制

亲爱的小伙伴们,大家好!今天小编要给大家分享的专题就是跟能量密切相关的热点—线粒体(重点部分:线粒体质量控制)。线粒体相关热点思路+资料+基因集已整理至下方二维码扫码带走一线粒体结构线粒体(mitochondrion)是除了溶组织内阿米巴、篮氏贾第鞭毛虫以及几种微孢子虫外,大多数真核细胞的“能量工厂”,是一种拥有自身的遗传物质和遗传体系的半自主细胞器。不同细胞中线粒体形态及数量都有所不同,这主要取决于细胞的代谢水平。图1.
2023年4月12日
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成纤维细胞又发高分文章啦!

不同亚型的空间分布和丰度作者应用多重免疫组化(mxIHC)实验进行了实验验证(图3a)。mxIHC结果显示肺泡和外膜成纤维细胞在正常肺组织存在(图3b)。而在肺间质组织中也观察到AOC3
2023年3月31日
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药物开发和蛋白靶点的效应“虚拟试验”大热 — MR+QTL共定位点亮生信分析黑科技

全基因组关联性研究(GWAS)找到显著信号位点后,可以利用共定位分析解释显著信号位点如何影响表型。共定位的类型包括:1)GWAS和eQTL共定位;2)GWAS和sQTL共定位;3)GWAS和mQTL共定位;4)GWAS和pQTL共定位;如果使用孟德尔随机化(MR)+共定位分析,结果表明基因变异和蛋白表达水平都能与表型稳健相关,则能验证该蛋白与疾病有因果关系。这是因为,蛋白质表达可能会因为疾病而发生改变,但基因变异却不能。孟德尔随机化加共定位分析扫码立即咨询pQTL是一种研究基因型-蛋白质关联的方法。以pQTL发现为目标的多组学临床队列研究的四个方向:01
2023年3月12日
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想不到吧,孟德尔随机可以发NG

Meta分析已经烂大街了?生信数据挖掘也快沦陷了? 君不见,现在想发篇高分文章有多难!不过好在啊,小编这段时间又get了新技能:全基因组关联分析研究(GWAS)和孟德尔随机化分析(MR),小编无处安放的爱学习的心又躁动起来了呢!这不,马上就向大家来分享了!今天和大家一起学习的这篇文章发表在Nature
2023年3月12日
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Post-GWAS时代药物靶标孟德尔随机 — 藏在基因的随机双盲试验两次登顶Nature

doi:10.1212/NXG.0000000000200014识别临床相关的生物标志物①整合基因组策略确定sRAGE是肺功能的因果性和保护性生物标志物,于2022年发表在Chest(IF
2023年2月16日
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药物开发和蛋白靶点的效应“虚拟试验”大热 — MR+QTL共定位点亮生信分析黑科技

全基因组关联性研究(GWAS)找到显著信号位点后,可以利用共定位分析解释显著信号位点如何影响表型。共定位的类型包括:1)GWAS和eQTL共定位;2)GWAS和sQTL共定位;3)GWAS和mQTL共定位;4)GWAS和pQTL共定位;如果使用孟德尔随机化(MR)+共定位分析,结果表明基因变异和蛋白表达水平都能与表型稳健相关,则能验证该蛋白与疾病有因果关系。这是因为,蛋白质表达可能会因为疾病而发生改变,但基因变异却不能。孟德尔随机化加共定位分析扫码立即咨询pQTL是一种研究基因型-蛋白质关联的方法。以pQTL发现为目标的多组学临床队列研究的四个方向:01
2023年2月15日
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孟德尔随机化联合共定位分析的简介

在前期的孟德尔随机化(MR)分析简介中,我们讲述了如何利用公共数据库,探讨恶性肿瘤病因和预后相关的问题!今天给大家介绍孟德尔随机化分析中的针对高端线!随机对照临床试验的平价替代——孟德尔随机分析+共定位分析!为了方便理解,先做一下简单介绍。药靶标孟德尔联合共定位分析立即扫码上车自从2006年全基因组关联分析(GWAS)问世以来,已经经历了多个世代,从单队列时代(5000人左右)到多队列meta分析时代(GWAS
2023年2月2日
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绝了!单细胞转录组联合空间转录组必将成为经典!

近些年,单细胞组学技术和空间组学技术的兴起为科研人员的精准研究提供了坚实的基础,单细胞转录组数据与空间转录组数据的结合分析已然成为癌症治疗研究的新热点。接下来,小编将给大家介绍一下单细胞转录组学联合空间转录组学的经典文章。Mapping
2023年1月25日
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孟德尔随机化分析 阴性结果竟然也能发6+?

0.6513)无关。此外,使用加权中位数、简单中位数和MR-Egger回归方法,我们作者发现饮茶与总体、ER阳性、以及ER阴性乳腺癌跟无关,在排除了其他混杂因素干扰后,仍有没有显著关系。图5
2022年12月29日
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没有临床数据也不做试验,还可以上4分? — 巧妙利用孟德尔随机化揭示恶性肿瘤危险因素

在上一期,我们介绍了孟德尔随机化分析(MR),以及如何基于现有的临床研究中存在的恶性肿瘤的预后问题相关争议,挖掘新的研究空白,与MR结合,撰写出高分文章。那么,涉及恶性肿瘤的危险因素、诊断和治疗等等其他热点问题也可以通过类似的思路解决吗?当感兴趣的方向已经有类似的MR文章的时候,是放弃还是补救?孟德尔随机化与恶性肿瘤相关思路立即扫码上车今天分享的文章,作者在饮酒与罹患结直肠癌(CRC)的风险的相关性已经有MR文章的前提下,提出人种差异可能导致不同结果的问题。通过MR分析,进一步讨论在亚洲人群中,饮酒与CRC风险之间存在潜在的因果关系,并发现减少饮酒可能有利于CRC的预防和管理。文章于2022/09/23发表在Frontiers
2022年12月29日
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轻松上5分! — 连接表型和基因型的桥梁“孟德尔随机化”

孟德尔随机化分析简介医学研究中,因果关联推断旨在对可控的暴露因素与结局之间的因果关系进行估计与评价,从而通过控制或干预暴露因素的水平改变相应结局。例如特定暴露对于人群发病的影响效应分析、特定药物或手术方式作用于疾病的疗效评估等。基于因果效应的分析与评价,对于确定疾病病因及干预方式、控制疾病进展或预后等方面均具有重要的指导意义.孟德尔随机化与恶性肿瘤相关思路立即扫码上车孟德尔随机化(MR)是基于全基因组测序数据、能有效减少偏倚、类似于RCT研究、用于揭露因果关系的统计学方法。MR可以用于评估因果推断,以遗传变异作为工具变量(IVs)来代表特定的暴露,以推断暴露与结果之间的因果关系,将表型对表型的因果研究转化成基因型的研究。优势在于:个体的遗传变异先于疾病的结局,这样便排除了由于逆向因果问题所带来的混杂偏倚;现代生物信息技术对遗传变异的测量能够达到很高的精度,这很大程度上降低了由于测量误差所带来的估计偏倚。单核苷酸多态性(SNPs)是MR分析中最常用的一种遗传变异,主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异(转换和颠换,二者之比为2
2022年12月27日
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Nature重大发现|肿瘤相关中性粒细胞才是关键!

heterogeneity”的研究论文。首次在单细胞精度定义了肝癌的五种免疫微环境亚型,首次全面揭示肿瘤相关中性粒细胞(TAN)的异质性,百万细胞数据揭示中性粒细胞的“叛变”,从In
2022年11月18日
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Nature重大发现|肿瘤相关中性粒细胞才是关键!

heterogeneity”的研究论文。首次在单细胞精度定义了肝癌的五种免疫微环境亚型,首次全面揭示肿瘤相关中性粒细胞(TAN)的异质性,百万细胞数据揭示中性粒细胞的“叛变”,从In
2022年11月17日
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重磅出击:CNS为何如此青睐微生物?

小编随意调研了CNS三大顶级期刊的近期文章,却发现宝藏,老生常谈的微生物与肿瘤竟成为了掌中宝!可见有关微生物与人类健康间的研究势不可挡啊!以关键词“(microbiome)
2022年11月1日
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双热点分析带你冲上11分,就是这么简单!

Hello,我是大家今日热点分享的小编Eric,我又来了!入秋天气寒冷记得添衣。题外话:小编整个十一假期把《神雕侠侣》重温了一遍,被“相貌平平无奇”古天乐神仙颜值倾倒的同时梳理了下他的习武过程:杨过学了好几门顶级武功却多而不精,即使他有超高的天赋也不可能在有限的时间内挨个精通,所以剧情过半他也没能打败金轮法王。经过不断琢磨后杨过取各武学之长融会贯通,最终创造了“黯然销魂掌”才天下无敌。那么它跟我们今天要分享的文章思路有什么关联呢??小编最近在检索文献的时候发现一个有意思的现象:两个热点方向之间联合预后分析越来越多,比如说m6A关联假基因、铁死亡关联肿瘤干性、m6A关联铁死亡等,且发的文章影响因子普遍不低(IF>5),为什么会出现这样的现象呢?小编有以下大胆的猜测:1、单个热点方向预后分析编辑和审稿人早已司空见惯;2、各个热点基本已经有人做过,且很难有新的热点方向可做,即使有也很难在速度上取胜;3、癌症作为一种复杂疾病是由多种因素造成,非单一因素引起,单个方向研究太片面;综合以上考虑,小编认为多热点方向串扰机制研究比单一方向预后signature更能得到审稿人的青睐。是你没有单细胞分析也能吸引到审稿人的良方。当然不管什么放在一起总得有理有据,不能毫无原由就掺和在一起,毕竟烩菜个人感觉不太好吃,莲藕炖排骨还是非常棒的。近期热点联合分析生信文章部分文章展示Theranostics(IF:11+;已接收未发表)
2022年10月20日
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PDX模型如何为生信分析锦上添花?

上期跟各位小伙伴分享了PDX模型的原理以及其在临床上的应用方向,接下来跟大家分享一下PDX在不同癌种中的具体应用以及如何利用PDX模型的公开数据辅助我们的临床研究。PDX模型生信个性化思路扫码预定下面开始啦~多年来,PDX模型已用于各种癌症,并已用于肿瘤评估和药物筛选。下图是PDX模型在全世界五种常见癌症中的应用我们来具体了解一下上述5种癌种的具体应用信息肺癌Wang等人在127个稳定模型上报道了非小细胞肺癌(NSCLC)的PDX,该PDX模拟了突变的分子模式和组织病理学特征。接下来,证明了这些PDX模型在基因表达谱方面与它们的供体相同。Ilie及其同事用100个手术切除的标本建立了非小细胞肺癌PDX模型。其中的35个模型满足了团队的需求,类似于真实的肿瘤标本。目前,PDX模型已被用于评估常见耐药性,如多西他赛、顺铂,也可用于识别治疗预测性生物标记物。由于PDX模型植入率的成功,手术后肺癌患者的复发风险是可预测的。在一项对157个移植到小鼠的肺癌组织样本中的63个样本进行的研究中,将其与患者的临床结果进行了比较,在多变量分析中预测患者的存活率低于其他患者。乳腺癌最初,激素依赖性癌症模型面临许多挑战。但随着时间的推移和对乳腺癌原位移植免疫功能低下小鼠乳腺脂肪的进一步研究,补充雌激素已取得了一些良好的植入率。不同部位的肿瘤组织已被报道可用于异种移植瘤模型的建立,如原发乳腺、胸腔积液、腹水,以及卵巢、大脑、淋巴结、皮肤和软组织等转移部位。三阴性(ER阴性、PR阴性和HER2阴性)肿瘤组织由于其侵袭性而具有较高的植入率。结直肠癌多项研究表明,PDX模型保持了结直肠癌(CRC)原发肿瘤的异质性,药物评价的结果与临床设置最相似。肿瘤组织通常异位移植到皮下或肾下部位,移植率取决于免疫缺陷小鼠品系和给药方法。在其他研究中,科学家在原位研究中开发了具有内源性转移的CRC-PDX模型,该模型可以像患者的原发肿瘤一样转移到肺部和肝脏。PDX
2022年10月18日
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如何利用别人做的基因敲除实验数据发13+?

题目既然提到了基因敲除,那么先给大家科普下最新的基因敲除技术:什么是CRISPR-Cas9?CRISPR-Cas9是细菌进行自我保护对抗病毒的系统,也是反击攻击者的基因武器,后来为我们聪明的人类所用成为第三代基因编辑技术。CRISPR-Cas9有I型、II型和III型三种不同的类型,其行使功能共分为3个阶段1、获取新的间隔序列首先扫描入侵的核酸的潜在PAM(protospacer
2022年10月15日
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爆点:肿瘤相关巨噬细胞(TAM)

肿瘤相关成纤维细胞还没弄明白,怎么肿瘤相关巨噬细胞(TAM)又火了?七八月在顶级期刊上连发两篇高分reivew,可见势不可挡啊。以关键词“tumour-associated
2022年9月20日
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如何利用别人做的基因敲除实验数据发13+?

题目既然提到了基因敲除,那么先给大家科普下最新的基因敲除技术:什么是CRISPR-Cas9?CRISPR-Cas9是细菌进行自我保护对抗病毒的系统,也是反击攻击者的基因武器,后来为我们聪明的人类所用成为第三代基因编辑技术。CRISPR-Cas9有I型、II型和III型三种不同的类型,其行使功能共分为3个阶段1、获取新的间隔序列首先扫描入侵的核酸的潜在PAM(protospacer
2022年9月15日
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复现这篇8+的文章,可能只需要半个小时

最近看了一篇文章,文章发表为二区的frontiers
2022年9月7日
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免疫宠儿:T细胞耗竭如何生信

不同免疫治疗队列不同TEX亚型间生存差异展示T细胞耗竭泛癌文章到这就结束了,研究中的每个步骤涉及的指标是相当丰富的,11分不容易啊!这时候就有人问了,T
2022年9月3日
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免疫学顶刊告诉你:T细胞耗竭值得深挖

概述01T细胞耗竭相关知识分享02必读T细胞耗竭经典文章03T细胞耗竭免疫学顶刊杂志统计T细胞耗竭个性化生信思路扫码抢先预览T细胞耗竭相关知识分享免疫卫士——T细胞每个人体内都有一支专属军队——免疫细胞,时刻为保卫人体的健康冲锋陷阵。T细胞作为守护免疫系统最勇猛的大将,常年与细菌病毒等病原体或与肿瘤细胞战斗。当病原体入侵人体内或肿瘤细胞被发现,初始T细胞被激活,它们以指数方式增殖向效应T细胞和记忆T细胞分化,快速消灭外来病原体/肿瘤。长久的继续在身体内巡视,后续发生感染,很快产生强烈的免疫反应为人体健康保驾护航。免疫衰兵——衰竭的T细胞在慢性感染或癌症期间,由于T细胞在长期不断地处于与入侵病原体或肿瘤细胞的战斗中,持久的暴露于抗原/炎症下,一批一批T细胞耗尽体力,累觉不爱无力再战,开始躺平,T细胞逐渐失去效应功能,记忆T细胞特征也开始缺失,这一过程,就被称为T细胞耗竭(T
2022年8月30日
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如火如荼的肿瘤早筛,如何生信

最近检索一些文章,可以发现一些端倪。肿瘤的早筛相关的文章,尤其是生信类文章,渐渐多了起来。可以说这个方向的热度已经起来了,大家如果有兴趣的话,可以将自己获得的基因或者模型去蹭下热点,这种事情,都是增光添彩的事,不做白不做。生信人也整理了常见癌型CTCs、ctDNA、EVs数据队列感兴趣的可以扫码领取目前,液体活检的生物标志物主要包括循环肿瘤细胞(CTCs)、循环肿瘤DNA(ctDNA)、细胞外囊泡(EVs,主要是外泌体)。今天主要跟大家分享下对于这三个方向,如何利用公开数据库纯生信进行切入。一、循环肿瘤细胞(CTC;circulating
2022年8月22日
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平平无奇的中药研究,如何才能与众不同

当前大家对中药的探讨如火如荼,关于中药在临床的研究也在不断深入。那么,如何利用已有的数据评估中药的疗效呢?生信分析无疑是个非常不错的途径,小编为大家整理了相关的研究思路。大体上可以分为这几个部分:筛选中药的活性成分及其靶基因筛选差异基因进行富集分析构建互作网络通过分子对接验证活性如果继续用常规思路来进行中药临床研究,势必很难发高分文章。今天小编就助大家一臂之力,挑选了一篇在中药分析方面与众不同的文章,如果把xx中药对应的基因当成你感兴趣的基因集,你会发现貌似之前生信人推荐过的思路都可以值得在中药研究上来一遍。中药与生物信息结合
2022年8月19日
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继铜死亡之后新的热点已经产生,速来围观

在细胞死亡领域,各种细胞死亡方式的研究在近两年的火热程度可谓有目共睹,尤其是最新出现的铜死亡,出现之初几乎是蜂拥而上,各种文章层出不穷。但是当最开始那个兴奋劲儿过去,大家是不是感觉没啥可玩儿的了,“不就还那样吗?”“不就还是那几个吗?说来说去也说不出个花来呀”……..小编跟您说,那么想就错了。要说咱有什么理由,先举个例子。华妃怎么死的?在柱子上撞死的?那是身死;被甄嬛气死的?那是诱因;为四大爷的真相“哀莫大于心死”?那比死了还难受;为什么华妃一定得死……连这都可以有很多种的解读方式(某浪一大群博主靠解读甄嬛传吃饭呐,小声bb),科学问题的解答亦是如此。死亡几乎是一瞬间的事情,可能你养了很久的细胞,吐口唾沫就死了,哈哈呕(这有些inelegant)但其实往细了看,细胞死亡方式之间的爱恨纠葛,可是比宫斗剧更复杂。科研不是简单的一问一答,针对同一个问题可以出现不同的声音和不同的解决方式,理解问题的角度不一样,答案也会不一样。所以这还是一个简单的细胞死亡问题吗?小编自知无法一次性解决所有细胞死亡方式的问题,但是小编相信由点到面再回到点是一个具有可行性的角度。再举个例子A说,我这是一缸米,但我不知道我这缸里都是什么米,我知道米分为糯米、粳米、籼米,有长粒米还有珍珠米,但我对不上号区分不了,可我就是有一缸米。(lll¬ω¬)都说难得糊涂,总这么稀里糊涂那不完了吗?长粒米和珍珠米不一样对吧,那细胞死亡的内源性凋亡、外源性凋亡和失巢凋亡能一样吗?失巢凋亡强势来袭
2022年8月18日
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经典临床耐药性问题解决方案,带你发7+

很多临床医生做科研的时候都会问生物信息怎么结合临床,怎么进行科研成果转化,有什么样的意义。那么今天分享的思路是一个生动的例子,文章主要做的是开发可以预测胰腺癌吉西他滨耐药性的signature,以便提前预知对吉西他滨耐药的患者方便做个性化治疗。单细胞通讯研究耐药新思路扫码立即咨询胰腺导管腺癌(PDAC)是预后极差的癌种,5年生存率仅为10%,根治性手术切除可提升至20%,但发现时大多数患者已至晚期无法手术。吉西他滨在晚期胰腺癌的临床获益率可达到23.8%,吉西他滨单一疗法或者联合其它药物化疗是PDAC的标准治疗手段。但是患者不良预后的主要原因是最终出现的耐药性。单个PDAC驱动基因并不能预测患者对吉西他滨的敏感或者耐药性。基因组和表观遗传特征共同调控基因表达,捕捉基因组或表观遗传事件引起的基因表达特征可能可以更有效的预测吉西他滨对患者的治疗反应。研究开发了一种基于基因相对表达排序(REO)的signature(
2022年8月14日
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热点推荐:公开数据研究细胞通讯,8+纯生信

随着测序技术的快速更新迭代,新的测序技术在出现后的几年时间里产生了大量的高通量数据以供研究者们进行科学问题的研究探讨。如今多如牛毛的单细胞文章就是单细胞测序技术带来的影响,这个过程的周期也不断在缩短。很多临床或者基础研究的粉丝因为对测序行业不了解或者不知道数据怎么为我所用,至今还可能停留在芯片、组织测序上,对单细胞测序、空转测序还知之甚少,但是紧跟时代和热点才是赢得审稿人青眼相看的关键。今天就给大家分享一个利用单细胞数据做科学研究的思路,感兴趣和不感兴趣的小伙伴们都要记笔记了。二区8+TME关键的细胞互作单细胞思路详情扫码咨询癌型受限,非诚勿扰肿瘤细胞与免疫系统的复杂互作贯穿了整个癌症的发生发展过程。在免疫系统的选择压力下,肿瘤经历“免疫编辑”过程,从一开始的“免疫清除”阶段,逐步累积基因组变异,达到与免疫系统相抗衡的“免疫平衡”阶段,基于突变获得生长优势的肿瘤细胞群体得以保留和增殖,最终到达“免疫逃逸”阶段。其中,肿瘤细胞和CD8+
2022年8月14日
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循环肿瘤细胞(CTC)发纯生信10+你敢信?

);训练队列(TCGA-LUAD);验证队列(GSE72094、GSE42127)免疫治疗队列(GSE126044
2022年8月10日
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外泌体纯生信思路火热预定中

小伙伴们好久不见,我是你们本期的热点讲解员Eric。大家的国自然基金申请进程怎么样了呢,是胸有成竹,还是忐忑不安呢?这不,小编给大家带来了新一期的热点剖析——外泌体(exosome)。公共数据库挖掘个性化分析扫码咨询想必大家对外泌体已经不陌生了,CNS期刊基本都有他的身影,俨然成为生命科学/基础医学领域的研究热点。这不,今年1月还登上了Science子刊封面。
2022年8月10日
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不容错过的5+铁死亡生信分析思路

I)的患者群体具有更高的PFI得分,而不同性别间PFI不存在差异。这些结果指示PFI可能预测胃癌的恶性程度。此外,胃癌的分子亚型GS(vs
2022年7月30日
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单细胞SCI热点+癌型万能组合思路火热预定中

新出炉的影响因子想必大家都有所耳闻了,生信相关杂志IF涨幅喜忧参半,有人欢喜有人愁😂。涨的最多的大多都与病毒研究相关,不知道大家有没有后悔当时生信人推出病毒系列思路的时候没做一个。如今单细胞分析这么火,那么今天思路大家就不容错过了,可以拍着胸脯说是小编见过最适合结合热点分析的单细胞思路。参考文章发表杂志影响因子也是从去年的5.3涨到了8.4👍👍👍。单细胞相关思路扫码咨询摘要:研究基于m6A因子和NMF方法(非负矩阵分解)对结直肠癌(CRC)单细胞数据进行分析。成纤维细胞、巨噬细胞、T细胞、B细胞分别被细分成了4-5个亚群,根据富集到的不同生物学过程和m6A
2022年7月15日
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只有四个样本的单细胞分析怎么就冲到40+?

15具有高度的重合(图3.D),该亚型富集到了抗原呈递、造血干细胞分化和G2/M负向调控等通路(图3.E),轨迹分析和不同模块的GO富集结果表明该簇可能是CSCLCs失调产生的多核细胞。图3.
2022年7月15日
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缺氧的meta-analysis怎么做?

featuresHIF蛋白表达与临床病理特征的关系此外,作者估了HIF蛋白与HCC患者不同临床病理特征之间可能的相关性。高HIF-1α蛋白水平与BCLC分期呈正相关(OR
2022年7月14日
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二区免疫治疗纯生信挖掘,预定从速

各位新老粉丝大家好,生信人公众号一直致力于提供最新最全的文章和热点解读,成为你科研的利器。目前针对肿瘤,免疫治疗还是,也将继续是未来的研究热点。随着更多的队列的公开,关于免疫治疗的更多深入探究,也会越来越精细。生信人注意到目前不仅仅有免疫治疗有效性评估的队列出现,还有一些针对免疫治疗相关不良反应的数据也较多,比如黑色素瘤,比如结直肠癌等。这些都值得我们对免疫治疗队列进行更为深入的研究,不仅仅评估有效性,对超进展也要关注。生信人经过整理,有免疫治疗公开队列的表达数据包括皮肤黑色素瘤、肾透明细胞癌、食管癌、肺癌、肝癌、膀胱癌
2022年7月12日
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表达谱研究HRD,如何发10+

大家早上好,今天给大家分享的是Theranostics杂志(IF:11.6)一篇关于识别乳腺癌同源重组缺陷相关marker并发现其能增强免疫检查位点阻断剂治疗的文章。文章结合多个数据集以及免疫治疗数据集(其他的癌型最近也有公开)筛选了乳腺癌HRD
2022年7月11日
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肿瘤:公开数据库纯生信,5+HRDscore

大家好,Duang~duang~我又来了!对于前段时间公众号推出的HRD热点,填表的粉丝超级多,但是也有很多粉丝说理解不了。那么今天就给大家简单介绍下今年关于HRD热点两篇发表在CLINICAL
2022年7月11日
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值得珍藏篇:癌症与线粒体

I裂解产物的密度分布。所示的DNA序列(x轴)是非模板链(5030方向)。小结:线粒体基因组编码氧化磷酸化系统的13个组成部分,并改变线粒体转录驱动各种人类病理。在哺乳动物细胞中,一种被称为7S
2022年7月10日
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生信人招聘 ▏北京、长沙、广州

工作地点你来定北京、长沙、广州2022年加入生信人,一起赋能生信简历投递:hr@gaptech.cn电联:18501233082(微信同号)一、医学编辑岗位内容:1、对接上游分析结果报告,梳理报告内容,进行有逻辑的故事组织具体包括:(1)合理划分section,拟定section题目,每个section围绕明确主题进行结果整合以及组图(2)结合文章分析主题和section主题对核心的结果图进行认真解读,给出重点剖析的例子(3)梳理
2022年7月10日
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可以抢占先机的单细胞相关分析思路

irAEs:生信signatur更多生信分析问题咨询:18501230653(微信同号)
2022年7月6日
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PCD相关lncRNA预后 如何发二区8+

结果显示,低风险评分组对PD.0325901、METFORMIN、MK.2206、AZD8055、PD.0332991和索拉非尼更敏感,而高风险评分组对伊马替尼、拉帕替尼、PHA.665752和
2022年7月6日
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Cancer Cell:疗效最大化的方法,重新定义癌症亚型

signature的高表达与靶向HER2药物组中缺乏pCR相关(即Ctr[曲妥珠单抗]、N、THP和TDM1/P)(图3),重新定义了HER2+/Luminal表型,并使用BP亚型通过Luminal
2022年7月4日
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跟着nature学怎么做肿瘤分型

在当前的癌症研究领域里,我们看到的关于肿瘤分型的研究,绝大部分是基于单个肿瘤类型、单个数据中心的,如果有额外数据集,也只是作为独立验证集。而单癌分型的研究,通常用于一些常规分析。今天给大家介绍基于大样本量识别一致性或保守性亚型的研究。研究策略主要分为两种类型:1).
2022年7月3日