最近检索一些文章，可以发现一些端倪。肿瘤的早筛相关的文章，尤其是生信类文章，渐渐多了起来。可以说这个方向的热度已经起来了，大家如果有兴趣的话，可以将自己获得的基因或者模型去蹭下热点，这种事情，都是增光添彩的事，不做白不做。生信人也整理了常见癌型
CTCs、ctDNA、EVs数据队列
感兴趣的可以扫码领取
目前，液体活检的生物标志物主要包括循环肿瘤细胞（CTCs）、循环肿瘤DNA（ctDNA）、细胞外囊泡（EVs，主要是外泌体）。今天主要跟大家分享下对于这三个方向，如何利用公开数据库纯生信进行切入。
一、循环肿瘤细胞(CTC；circulating tumor cell)循环肿瘤细胞是指在肿瘤形成和发展过程中，从实体肿瘤病变脱落并进入血流循环的肿瘤细胞。CTC是肿瘤发生发展的直接证据，真实反映了肿瘤负荷和特征，并可以提示疗效及预后。
International Journal of Biological Sciences IF：10.750 Q2
第一步通过CTC队列挖掘差异的基因，然后构建模型，再去做模型验证和预后效能评估，这个思路主要是依赖于CTC队列的挖掘，数据类型五花八门，包括表达，突变，甲基化等等，对于有数据支持的癌型，非常值得学习和参考。
如果说CTCs研究数据队列比较多，那么ctDNA的研究就相对单一，主要是甲基化数据。主要研究思路如下：通过TCGA或者其他公开数据库进行数据挖掘，主要是甲基化层面的挖掘，找到标记或者构建模型，然后放到ctDNA队列中评估它的诊断效能。现在公开数据库的ctDNA数据也很多，完全支持这样的分析。
Clinical Epigenetics IF：10 Q2
外泌体的研究也比较简单，主要是针对miRNA和circRNA的的研究，可以理解成，ctDNA主要是研究甲基化，那么对应的其他队列也要有甲基化的数据，而如果是外泌体，那么其他的参与队列要有miRNA。很明显TCGA数据都满足。主要分析思路可以参考ctDNA，也是做外泌体和常规转录组的联合分析，可以进行标记筛选，模型构建，然后评估期早筛的效能。
Molecular Cancer IF：41 Q1
上面的三种评估都依赖早筛数据的存在，如果没有队列，这里可以让生信人来帮忙评估，我们已经整理了目前常见癌型的早筛数据，感兴趣的可以联系我们获取。同时如果你参与研究的癌型没有对应的早筛队列，也可以进行早筛效能的简单评估，也就是说你得到的标记物或者signature关联下癌型的早期，如果它能做很好的诊断区分，也是可以认为模型有潜在的早筛诊断效能的。
BioMed Research International IF:3.3 Q3
关注和领取早筛队列
领取早筛更多研究思路
不想错过每天的热点和技术欢迎大家添加生信人为星标推荐
撰稿 ▎Helen排版 ▎XX多生信分析问题咨询：18501230653（微信同号）