双热点分析带你冲上11分，就是这么简单！
Hello，我是大家今日热点分享的小编Eric，我又来了！入秋天气寒冷记得添衣。
题外话：
小编整个十一假期把《神雕侠侣》重温了一遍，被“相貌平平无奇”古天乐神仙颜值倾倒的同时梳理了下他的习武过程：杨过学了好几门顶级武功却多而不精，即使他有超高的天赋也不可能在有限的时间内挨个精通，所以剧情过半他也没能打败金轮法王。经过不断琢磨后杨过取各武学之长融会贯通，最终创造了“黯然销魂掌”才天下无敌。
那么它跟我们今天要分享的文章思路有什么关联呢？？
小编最近在检索文献的时候发现一个有意思的现象：
两个热点方向之间联合预后分析越来越多，比如说m6A关联假基因、铁死亡关联肿瘤干性、m6A关联铁死亡等，且发的文章影响因子普遍不低（IF>5），为什么会出现这样的现象呢？
小编有以下大胆的猜测：
1、单个热点方向预后分析编辑和审稿人早已司空见惯；
2、各个热点基本已经有人做过，且很难有新的热点方向可做，即使有也很难在速度上取胜；
3、癌症作为一种复杂疾病是由多种因素造成，非单一因素引起，单个方向研究太片面；
综合以上考虑，小编认为多热点方向串扰机制研究比单一方向预后signature更能得到审稿人的青睐。是你没有单细胞分析也能吸引到审稿人的良方。当然不管什么放在一起总得有理有据，不能毫无原由就掺和在一起，毕竟烩菜个人感觉不太好吃，莲藕炖排骨还是非常棒的。
近期热点联合分析生信文章部分文章展示
Theranostics(IF:11+;已接收未发表)
N6-methyladenosine-associated prognostic pseudogenes contribute to predicting immunotherapy benefits and therapeutic agents in head and neck squamous cell carcinoma
肿瘤热点联合专属版
生信分析思路
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接下来就给大家展示最新的这篇中山大学肿瘤研究中心发表的11分文章
流程图（依然是课题内容丰富且高大上的赶脚）
01背景
伪基因作为蛋白质编码基因的非功能同源物，通常是由基因内多个无义突变的积累引起的。假基因由于缺乏蛋白质编码能力或细胞基因表达而一度被视为“遗传化石”，但越来越多的证据表明，一些假基因已被确定参与多种生物学功能，并通过充当竞争性内源性RNA（ceRNA）来调节其亲本转录。
N6-甲基腺苷（m6A）是mRNA和非编码RNA中的一种常见 RNA修饰，可以影响RNA剪接、翻译、稳定性以及某些非编码 RNA 的表观遗传影响。
伪基因也被m6A修饰（ref:27376769；Nat Methods;IF:47）。假基因和m6A与宿主抗肿瘤免疫反应显著相关，可能是乳腺癌免疫治疗的潜在生物标记物。此外，非肿瘤细胞系中假基因m6A位点的功能研究表明m6A在清除不必要的加工假基因以减轻其对同源蛋白编码基因表达的干扰方面具有新的进化作用。然而，关于m6A相关假基因的功能是什么，以及它们是否可以预测HNSCC的免疫治疗益处和治疗药物，仍然有待研究。
02数据
TCGA：HNSC
GEO：GSE65858
免疫治疗队列：UC cohort from Snyder and the UC cohort from Mariathasan
03结果
识别和验证m6A相关的预后假基因
m6A相关假基因signature可作为头颈鳞癌的独立预后因子
m6A相关假基因与抗肿瘤免疫反应显著相关
A：高低风险分组间原癌和抑癌m6A相关假基因表达差异展示
B：高低风险分组间肿瘤免疫微环境中免疫细胞浸润差异展示
C-F：高低风险分组间T细胞耗竭相关基因、抗原呈递基因、干扰素因子、蛋白激酶活性调控因子表达差异展示
G-K：signature包含假基因对HNSCC进行了聚类得到了两个亚型，不同的亚型间生存存在显著差异
m6A相关假基因能够通过miRNA调控免疫基因
A：基于数据库构建了假基因-miRNA-靶基因ceRNA 网络构建，并对关键ceRNA调控轴进行桑基图展示
B-O：siRNA、WB等实验方法验证了关键的 假基因-miRNA-靶基因 调控轴的调控关系
m6A相关假基因预后signature高评分组对免疫治疗更敏感
A：免疫治疗预测相关指标：TIDE得分、MSI评分（微卫星不稳定）、免疫排斥、M2型巨噬细胞浸润差异
B-D：细胞功能障碍评分、MDSC、CAF得分、TIS（tumor inflammation signature）差异
E：肿瘤纯度特征：ABSOLUTE、 IHC,、CPE、 ESTIMATE得分差异
F-I：两个尿路上皮癌免疫治疗队列K-M生存曲线、ROC曲线评估m6A相关假基因预后signature对免疫治疗的预测效果
识别和实验验证signature高评分组的潜在治疗策略
A-B：CTRP数据库鉴定的化合物与signature的相关性、以及高低风险分组间它们的药物反应AUC差异
C-D：PRISM数据库鉴定的化合物与signature的相关性、以及高低风险分组间它们的药物反应AUC差异
E-F：综合多个指标共同筛选到doxorubicin和topotecan对signature高评分组HNSCC有更好的治疗效果
F-J：细胞系实验验证doxorubicin和topotecan对signature高评分组HNSCC的治疗效果
04总结
文章分享完毕，是不是觉得11分的生信也没有那么难。作者基于m6A与假基因存在调控的理论依据，首先筛选了与m6A相关的假基因，对m6A相关假基因构建了能够预测HNSCC预后及免疫治疗临床获益的signature，对signature包含的假基因的ceRNA调控机制、筛选的潜在治疗化合物进行了实验验证就得到了一篇11分的文章。
小编列出的三篇多热点联合分析的预后文章中两篇都稍加实验作为结果的支撑，这固然是审稿人、编辑们喜欢的趋势。但是如何合理的将热点关联起来、加以实用的生信挖掘、确切的实验验证，三者融会贯通打出漂亮的组合拳是关键，并不能像以前简单合并不分主次、只关联免疫相关基因才能赢得审稿人的心。
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肿瘤热点联合生信分析思路
助力下一个国自然中标
END
撰稿 ▎Eric排版 ▎XX
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