避免“过度生信”，ceRNA适度分析

目录：

一，ceRNA假说

二、常规操作

三、团结一切可以团结的力量

四、没有条件创造条件

五、1+1=2，得不偿失

六、趋势和选择

七、相关的数据库和工具

最近听小伙伴说关于ceRNA的研究又多了起来。

其实做ceRNA 的无非两种：

一种是ceRNA太重要，没得选；一种是不知道做什么，没得选。

一、ceRNA 假说

ceRNA也就是竞争性内源RNA(competing endogenous RNA, ceRNA)的相互作用机制假说,即含有miRNA反应元件(MRE)的ncRNA通过与miRNA结合,解除miRNA对靶基因的抑制作用。

后来经过补充ceRNA的类型为：lncRNA、circRNA、Pseudogene。（参考文献：ceRNA in cancer: possible functions and clinical implications）

ceRNA机制广泛存在于胃癌,结肠癌和膀胱癌等各类癌症中,并且在肿瘤的基因调控及肿瘤细胞的增殖,侵袭,转移,凋亡,细胞周期等生物过程中发挥作用，作为诊断，预后，治疗，耐药各个时期，各个方面都很有作用。

大家觉得ceRNA这个点是不是有点过时，不是，它只是没有那么热而已，毕竟到现在也不过十年光阴。（参考文献：A ceRNA hypothesis: the Rosetta Stone of a hidden RNA language?）

二、常规操作

由于目前有很多的文章进行过ceRNA的讲解，生信人就不在赘述过程，直接汇总思路给大家。

正如大家在做分析中遇到的情况一样，选择ceRNA分析的有两种可能，第一种是除了ceRNA不会做别的，因为太重要，第二种是实在不知道做什么，因为没选择。

不管是哪一种可能，大概的分析思路都是一样的，选择一个疾病或者癌型，针对不同的mRNA、miRNA、lncRNA（最为常见）进行差异分析，然后借助各大数据库进行DeceRNA网络构建，再对得到的网络进行筛选上下调一致的进行预后分析，构建模型，模型验证。(Biomarker Discovery for the Carcinogenic Heterogeneity Between Colon and Rectal Cancers Based on lncRNA-Associated ceRNA Network Analysis)

三、团结一切可以团结的力量

由于ceRNA研究的太多，很多杂志要求数据过于单一的情况下，需要对ceRNA进行试验验证。

在这种情况下有很多新奇的思路出现了，他们或通过增加分析的难度，数据的复杂度，基因集的特异性来使得分析思路有所新奇，试图创意上加分，避免进行试验验证的巷战，这个想法堪称优秀。

举例来说数据上的有诊断模型和预后模型合二为一的，有同时构建两个ceRNA网络的，有利用多套数据集分析和验证的，有选择特定基因集的，比如缺氧，比如自噬等。还有一些在技术分析上增加难度，就是联合一些其他的技术和数据，比如突变数据，比如免疫数据，WGCNA分析，可变剪切，机器学习等。

总结一句话就是，团结一切可以团结的力量。

四、没有条件创造条件

大家都知道，ceRNA思路涉及三个数据类型lncRNA、miRNA、mRNA，最少涉及两组数据，miRNA和mRNA测序。如果是自己设计实验，最好能保证是同一个样本的这些数据，最好是同一批次的。

如果是公开数据库，TCGA的数据还算是齐全，GEO的数据就有点让人麻爪了，很难能找到属于同批次样本的多个组学的数据。

但是大家也会看到现在即使不属于同批次样本的也照样做ceRNA分析。只不过这种操作属于擦边球，就说自己构建了一个多因子的网络，也不涉及差异和上下调。

这种操作，如果实在没数据，试试也可以，属于没有没有条件创造条件。

五、1+1=2，得不偿失

可以明确的是别人挖掘过的数据，我们还可以挖掘，别人做过ceRNA思路的，我们还可以做。

但是不能说我们做的时候，多团队，多联合就一定出好的结果，影响因子就一定高。

除非，你的工作量超级大，让审稿人看到你的真诚。

对于这种操作，小编还是建议关注我们公号的小伙伴，已经入坑的尽快出坑，没有入坑的，别再入坑。

六、趋势和选择

到这一步，差不多大家也懂了ceRNA分析的趋势，或者说生信发文的趋势，就是立足自己的研究，思路为主，生信执行方案为辅。

对于想发高分的两个选择一个是越来越泛，一个是越来越专。

越来越泛是指分析中涉及多个疾病，多套数据，多个时期，多个网络，多个指标，不过都是浅尝辄止。这种分析任务量大，书写不容易深入，不适合临床医生。

越来越精准这个思路指的是研究的单个疾病，甚至就是某个疾病的某一个状态，单个基因，单个调控机制，甚至单个基因的某个保守区域，序列。这种由于涉及的是单个疾病，可以围绕其深入展开，容易发挥临床医生的优势。建议大家选择这一种。

七、相关的数据库和工具

生信人关于ceRNA推广过的可以参考的文章数据库和工具整理通过汇总给大家。

希望大家能清楚的把握趋势，避免过度生信。如果你有想深入研究的想法，欢迎跟我们联系，一对一ceRNA思路设计，值得你拥有。

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