Fungal Diversity | 多单位国际合作建立FungalTraits真菌性状数据库！

就分类学丰富性和功能多样性而言，真菌是地球上最多样化的生物体之一。某些种类的真菌会提供基本的生态系统功能，或者在对大多数其他生物而言过于恶劣的栖息地定居。特别是，地衣真菌与藻类或蓝细菌相关联作为能源，可在不宜生存的干燥、盐碱、寒冷或炎热的生境（例如营养贫乏的极地和沙漠土壤）中定殖。腐生真菌是土壤、水和沉积物中死亡植物材料的最有效分解剂。菌根真菌通过提供土壤中的水和养分并保护其免受病原菌、食草动物和多种非生物胁迫的侵害，从而促进植物健康和营养。除了这些独特的功能外，某些真菌和类真菌的原生藻菌（卵菌门，丝壶菌门，拟网黏菌）也可能以植物内生菌（无症状，共生或弱共生的生物）和病原菌的形式栖息在植物组织中。真菌还是包括人类在内的动物疾病的重要病原菌，尤其是免疫功能低下的患者。尽管细菌和病毒是动物中相对更重要的寄生虫，但壶菌和土壤真菌分别导致两栖动物和蝙蝠中最具破坏性的疾病。由于真菌具有产生抗生素、毒素和各种次生代谢产物的能力，因此它们具有令人难以置信的生物技术潜力，包括对植物病害、害虫和杂草的生物防治以及对植物生长的刺激。

由于大多真菌的生活方式是隐秘，因此分子方法（尤其是DNA序列分析）已越来越多地用于真菌鉴定。在过去的十年中，高通量测序（HTS）方法补充了来自单一生物扩增子的Sanger测序，该方法可对多个样品中的数百万个DNA分子进行并行测序。这使人们对各种复杂环境（包括土壤、水、植物的活体组织和灰尘）中的真菌多样性和生物分类学组成有了空前的见识。精选序列数据库（例如UNITE和ISHAM）极大地提高了我们将真菌操作分类单位（OTU）分类到物种，属或更高级别分类群的能力。

近日，权威期刊Fungal Diversity发表了爱沙尼亚塔尔图大学Sergei Põlme和Leho Tedersoo团队（Science | Leho Tedersoo教授深度解读菌根共生如何驱动植物群落生态！）领导的，瑞典哥德堡全球生物多样性中心、挪威奥斯陆大学、丹麦哥本哈根大学、意大利都灵大学等80个研究单位共同合作的研究成果，题为FungalTraits:a user‑friendly traits database of fungi and fungus‑like Stramenopiles的论文。

大多数真菌的神秘生活方式需要在环境研究中进行分子鉴定。在过去的几十年中，分子工具的快速发展和价格可承受性极大地改善了对所有生态系统和生境中真菌多样性的认识。然而，尽管分子方法取得了进步，但有关真菌类群功能特性的知识仍然模糊不清，以生态学上有意义的方式解释环境研究仍然具有挑战性。为了促进环境研究的功能分配和生态学解释，本文引入了用户友好的特征数据库FungalTraits，它们在属和种水平上运行。结合以前的研究（例如Funguild和FunFun）的信息，本文分别对10,210种真菌和151个不等鞭毛属进行了注释。这产生了一个独立的电子数据集，涵盖了真菌和不等鞭毛属的17种与生活方式有关的特征，旨在快速进行环境研究的功能分配。为了将特征状态分配给真菌物种，科研人员对697,413个真菌ITS序列进行了手动分类，并将可用的特征信息分配给了真菌。在这些序列的基础上我们能够将特征和寄主信息汇总到92,623个真菌物种中，相异度阈值为1％。

图1 各真菌按主要生活方式在各真菌属以及杂菌属中的分布情况

图2 按DNA来源注释的真菌序列分布

图3具有最多序列的物种假设的最常见特征状态

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