干货分享 | ATAC-seq 和 Hi-C样本制备

样本质量直接影响数据质量，关于 ATAC-seq、Hi-C 如何制备样本，依托诺禾致源丰富的项目物种经验，给出以下几条建议。

ATAC-seq

1、冻存细胞样本 （1）取出培养的悬浮细胞，显微镜下观察细胞生长状态是否良好，是否有细菌污染，然后用 PBS 洗涤并离心弃上清，细胞沉淀进行冻存操作（贴壁细胞需要消化为悬浮细胞）；（2）用冻存液重悬细胞沉淀，移至冻存管（提前配置细胞冻存液，要避免新配置的冻存液过热而损伤细胞）；（3）冻存细胞解冻后，常规需要有5万个状态良好的细胞开展实验，因此建议将50万个细胞用于上述冻存操作；（4）随后，将冻存管置于程序降温冻存盒，放在-80度进行梯度降温并暂时保存（严格按照程序降温操作，对细胞造成的损伤降到最低）；（5）24 h 后，将程序降温盒中的细胞样本转移至液氮中保存。2、动物组织样本 （1）取下新鲜组织，立即剔除结缔组织和脂肪等杂质；（2）将组织样本转移至新的离心管中，用预冷的 PBS 漂洗，直至将组织表面的残留血液冲洗干净；（3）用无尘纸擦干水分，如果组织体积较大，应在冰上将组织切成小块，约50 mg/份，之后置于冻存管内；（4）将冻存管迅速置于液氮中冷冻30 mins，然后转移至-80度中保存（要注意冻存管密封性和质量）。3、植物组织样本 （1）从植株取下新鲜幼嫩组织，取材后用清水将材料表面的灰尘或泥土冲洗干净，吸干表面水分；（2）如果组织体积较大，应在冰上将组织切成小块或薄片，然后放入合适体积的冻存管或锡箔纸中，每份>200 mg；（3）将冻存管或锡箔纸置于液氮中冷冻30 mins，之后保存于-80度。
Hi-C

1、细胞样本 

（1）确定细胞无污染，常规每个文库建议培养1x10⁶用于甲醛固定（低细胞量可咨询诺禾同事）；
（2）新鲜细胞计数后重悬于完全培养基中，加入甲醛（终浓度2%)，室温固定10 min；

（3）加入适量甘氨酸溶液，保证甲醛和甘氨酸充分混匀，培养基会由粉红色变为亮黄色，室温终止固定10 min；

（4）离心弃上清，然后用 PBS 洗涤，再置于-80度保存。

2、动物组织样本 

（1）组织离体后，用预冷的 PBS 将组织表面残留洗净；

（2）用无尘纸擦干水分，在冰上将组织切成小块，约200 mg/份（肝脏、肾脏、脑、肌肉），之后置于冻存管内（低组织量可咨询诺禾同事）；

（3）将冻存管放入液氮中冷冻 30 min，然后转至-80度保存。

3、植物组织样本

（1）将幼嫩组织小心清洗干净，避免损伤；

（2）常规每个文库建议准备1 g幼嫩组织（低组织量可咨询诺禾同事）；

（3）用锡箔纸包裹组织，置于液氮中冷冻 30 min，然后转至-80度保存。

项目物种

1、ATAC-seq：

人、大鼠、小鼠、苹果、杨树、贝类、鱼类、大麦、大豆、花生、拟南芥、黄瓜、小麦、水稻、猪、鸡、蜜蜂等

2、Hi-C：

人、大鼠、小鼠、苹果、杨树、鸡、鸭、鱼类、真菌、蜜蜂、大豆、水稻、猪等

送样活动

1、项目有疑问免费重新建库活动（仅限植物）

（1）Hi-C 首次建库失败：无法出库测序

（2）Hi-C 数据指标不理想

2、满赠活动（不限物种）

（1）ATAC-seq：满五赠一

（2）Hi-C 建库测序：满十赠一

活动说明：

2020年12月2日至12月10日，送样并启动可享受上述活动，欢迎咨询诺禾销售同事。

注：样本原因（如样本污染）导致的指标异常，不在免费重建库活动范围内。

表观遗传研究部   李 函  | 文案

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