如何绘制漂亮的进化树？

在文献里经常会遇到非常好看的进化树，比如下图这样的，为了区分不同的Cluster，作者添加了渐变底色，并用图形替代了文字，直观明了且颜值极高。

（Hu B, Guo H, Zhou P, et al.，2020）

如果只是用文字做标记（如下图），虽然展示效果也还行，但与上图比起来还是显得比较繁杂，不够直观。

（Weaver S C, Forrester N L, Liu J, et al.，2021）

虽然之前在《Evolview终章：进化树的装饰与美化》一文介绍过使用EvolView为进化树的分支添加底色，如下，不过不是添加渐变色，显得“呆呆的”。

那么，如何绘制添加了渐变色区块的进化树呢？下面就以《进化树+条形图：“组合图”的绘制》一文的范例为大家做演示。

●导出矢量图●

首先，使用MEGA等软件构建进化树。具体的教程参考《你还在用MEGA６建树吗？全新的MEGAＸ来啦！》、《如何绘制“松针”状的进化树？》、《“全自动”绘制进化树+结构域》等文章，这里不再赘述。另外，新版的MEGA11测试版上线了，大家可以前去下载使用。

软件链接：

https://www.megasoftware.net/

使用MEGA完成进化树的构建后，通过Image菜单导出SVG或PDF格式的矢量图，方法如下。

我这里尝试了导出SVG和PDF两种格式图片，发现SVG的效果要优于PDF，如下，SVG格式的还原度更高。

●添加底色●

使用Ai(Adobe illustrator)打开SVG格式的进化树图片，初始效果如下。

通过视图菜单显示标尺，从标尺上拖出辅助线，如下，根据进化树分支划分区块，便于后续添加底色时作参考。

接下来使用矩形工具绘制矩形色块，关掉描边颜色，然后通过快捷键“Shift+Ctrl＋［”将矩形置于底层，然后再通过快捷键“Ctrl＋］”上移一层（置于白色底色图层上层），即可实现底色的添加。

接下来选中矩形，将填充颜色由实色改为渐变，如下，这里选择透明度渐变（选择渐变到白色也可以）。

然后，通过窗口右侧的渐变属性调整面板，设置渐变的方向和色标颜色，如下，这里对默认渐变方向进行了反向。

按住Alt键，通过小黑工具（选择工具）拖动快速复制出“渐变矩形”，调整矩形的位置、高度和渐变色，效果如下，我这里顺便也用矩形工具和文字工具绘制了两个分组标签。

使用小白工具（直接选择工具）选中上半部分的分支（按住Shift键连选），然后调整进化树分支的描边颜色，如下。

其实，我更喜欢统一的分支颜色，最终将进化树分支的颜色设为绿色，受限于篇幅，相关的矢量图案这里就不添加了。

●图片保存●

满意后，保存Ai工程文件，也可通过文件/存储为将图片保存成PDF或SVG格式的矢量图。

最终的效果如下：

▼参考文献▼

Hu B, Guo H, Zhou P, et al. Characteristics of SARS-CoV-2 and COVID-19[J]. Nature Reviews Microbiology, 2020: 1-14.

Weaver S C, Forrester N L, Liu J, et al. Population bottlenecks and founder effects: implications for mosquito-borne arboviral emergence[J]. Nature Reviews Microbiology, 2021, 19(3): 184-195.

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