6月16日0—24时，31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告新增确诊病例44例，其中境外输入病例11例（甘肃10例，四川1例），本土病例33例（北京31例，河北1例，浙江1例）；无新增死亡病例；新增疑似病例3例，均为本土病例（均在北京）。
当日新增治愈出院病例2例，解除医学观察的密切接触者116人，重症病例增加2例。 境外输入现有确诊病例102例（无重症病例），现有疑似病例2例。累计确诊病例1856例，累计治愈出院病例1754例，无死亡病例。 截至6月16日24时，据31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告，现有确诊病例252例（其中重症病例7例），累计治愈出院病例78379例，累计死亡病例4634例，累计报告确诊病例83265例，现有疑似病例7例。累计追踪到密切接触者754269人，尚在医学观察的密切接触者4683人。31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告新增无症状感染者11例（境外输入4例）；当日转为确诊病例6例（境外输入1例）；当日解除医学观察9例（境外输入4例）；尚在医学观察无症状感染者106例（境外输入62例）。
累计收到港澳台地区通报确诊病例1602例。其中，香港特别行政区1112例（出院1069例，死亡4例），澳门特别行政区45例（出院45例），台湾地区445例（出院433例，死亡7例）。