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原来我不成功是因为错过了北大张泽民

小雪 挑圈联靠
2024-08-23


大家好啊,我是小雪老师,北大张泽民的团队相信做生信研究的各位都有所耳闻,今天我们的解刊就从北大张泽民开始讲起吧!




2023年11月22日,中国科学院、中国工程院2023年新当选院士结果公布,北京大学共有4人入选。2014年起在北京大学生命科学学院、生物医学前沿创新中心任教,现为北京大学讲席教授、生物医学前沿创新中心主任,担任《细胞》(Cell)杂志等期刊编委。


张泽民长期聚焦肿瘤生物信息学研究,以"赋能新技术、启迪新概念、助力新医学"的生物信息理念,利用学科交叉优势引领肿瘤研究前沿。他首次实现肿瘤微环境的大规模泛癌种单细胞分析,揭示了肿瘤的特有细胞组分,开创了从"全局"视角系统性研究肿瘤异质性的新方向。相关成果获得行业内高度认可,4次入选中国生物信息学十大进展,获中国生命科学领域十大进展和北京市科学技术奖自然科学奖一等奖(2020)。


注:信息来源于北京大学新闻网

https://news.pku.edu.cn/xwzh/9be1c4fa343543a88663b6e90f157ea0.htm



《Cell》期刊见证了张泽民教授的院士之路,他在该期刊上一共发表了六篇研究型论文,一篇综述。


同时《Cell》期刊也是此前提到过,一稿多投系列出版社Cell Press的第一本同时也是旗舰期刊。这里是链接SCI可以一稿多投?我没有听错吧???科研人的福音终于来了


下面就让我们来看看《Cell》这本期刊吧!



期刊总览


《Cell》是Cell Press细胞出版社旗下的旗舰刊,创办于1974年,由爱思唯尔(Elsevier)公司出版发行,最新影响因子64.5。《Cell》刊登过许多重大的生命科学研究进展,与《Nature》和《Science》并列,是全世界最权威的学术杂志之一。目前,《Cell》收录于以下文摘和索引服务平台:Journal Citation Reports (JCR)、Science Citation Index、Scopus、Scisearch、EBSCO、ProQuest和PubMed。ISSN为0092-8674。



官网主页:

https://www.cell.com/cell/home



主编简介



John Pham是《Cell》杂志的主编。

John自己本身拥有分子生物学背景,在西北大学与Erik Sontheimer合作研究RNA拼接和RNA干扰的机制,并获得博士学位。

读书期间,他与合作者联合发表了大量论文,其中有两篇就刊登在《Cell》上。后来他又前往哈佛医学院和布莱根妇女医院继续博士后工作。


影响因子及分区


最新影响因子是64.5,2020年,影响因子为41.582,三年时间涨了将近23分。



2021和2022年中科院SCI期刊分区将《Cell》划分为top期刊1区。



WOS期刊SCI分区在2023-2023年分别在Biochemistry & Molecular Biology和Cell Biology划分为Q1区,排名分别是2/285、3/191。



注:信息来源于letpub (https://www.letpub.com.cn/)


具体发文情况


接收领域


在《Cell》期刊上,主要有以下几种类型的论文:Article(研究论文)、Resource(资源论文)、Theory(理论论文)、Matters Arising(问题出现)、Preview(预览)和Review(综述)。

该期刊是一本细胞生物学领域的顶级科学期刊,涵盖了广泛的研究领域,包括但不限于细胞生物学、分子生物学、神经科学、免疫学、病毒学和微生物学、癌症、人类遗传学、系统生物学、信号传导和疾病机制和疾病治疗。



版面费


《Cell》属于混合型开放获取。混合出版模式(Hybrid open access)在读者和作者之间分配成本,既可以按照开放获取模式出版文章,也可以按照订阅模式出版文章,作者选择其中一种即可。如果选择付费模式,需要8,330英镑约为71,453元或9,300欧元约为75,537元或10,400美元约为67,658元。



年发文量及国人发文占比


近五年来,《Cell》期刊的发文量稳定在400篇以上,尽管有略微下降的趋势。然而,值得关注的是,国内学者的发文占比逐渐增加。



整体发文周期


《Cell》官网没有明确指出审稿周期,不过从最近接收的文章,发现文章多在10个月左右接收。期刊的录用还是非常严谨的。




了解了一些关于期刊的基础情况,接下来我们就来看张泽民教授这本期刊上的生信发文表现吧~希望能给大家的生信研究之路有一定的启示~


01

合作伙伴:


从2017年至2023年,在《Cell》上一共发表了6篇单细胞测序相关实验性文章。可以看出张泽民与这几个人的合作最为紧密,其中Xueda Hu出现了5次,Xianwen Ren出现了4次,Ranran Gao出现了4次,Jirun Peng出现了3次,Wenjun Quyang出现了3次,Lei Zhang出现了2次,Shishang Qin出现了2次,Kezhuo Yu出现了2次。




02

研究疾病:

可以看出此次收集的文献前两篇研究的是肝癌患者,与第一篇(PMID: 28622514 )不同的是,第二篇(PMID: 31675496)还收集了淋巴结和腹水的样本。


第三篇介绍的是结直肠癌患者,同样也选择了血液、肿瘤组织和相邻正常组织来分析,与第一篇相似的思路,但是收集的样本人数增多了。第三篇(PMID: 32302573)分析了泛癌(15种常见癌症和10种罕见癌症,共292个患者)。


第四篇PMID: 33545035和第五篇PMID: 33657410 的人数样本激增,分别是292个和284个。第六篇PMID: 37607536选择了泛癌患者(24种癌症,超过700个患者)作为研究对象,此次聚焦的是NK细胞的功能。


都是利用的单细胞分析技术,最终分析确定的细胞亚群都不一样,三篇肝癌(PMID: 28622514 、PMID: 31675496、PMID: 37607536)研究分析后确定的分别是T细胞、树突状细胞、NK细胞。其中结直肠癌确定的是肿瘤相关巨噬细胞;两次泛癌研究(PMID: 33545035、PMID: 37607536)确定的是肥大细胞、树突状细胞、肿瘤相关巨噬细胞和NK细胞。


COVID-19是一种感染性疾病,PMID: 33657410 已经确定了巨核细胞和单核细胞亚群作为引发炎症风暴的主要成因。



03

生信相关研究:

(2017年)PMID: 28622514


利用单细胞测序技术分析肝细胞癌患者的T细胞群,揭示了浸润淋巴细胞的独特亚型和克隆扩增。



(2019年)PMID: 31675496


综合单细胞RNA测序技术和生物信息学方法揭示了肝细胞癌的高分辨率免疫图谱,确定了炎症特征和骨髓细胞的功能状态,并预测了复杂的细胞-细胞相互作用。



(2020年)PMID: 32302573


对结直肠癌和小鼠肿瘤模型中的肿瘤微环境进行的 scRNA-seq联合分析确定了对CSF1R 阻断具有不同敏感性的不同髓系群体,并确定了抗CD40治疗时树突细胞和T细胞参与的协同免疫反应。



(2021年)PMID: 33545035


对 15 种人类癌症类型的肿瘤浸润髓系细胞进行的系统分析,揭示了肥大细胞抗肿瘤效应的分子基础、LAMP3+ cDCs的发育起源与功能之间的联系,以及不同癌症中促血管生成的肿瘤相关巨噬细胞的多样性。



(2021年)PMID: 33657410


对中国不同地区COVID 患者肺部和外周血中单细胞水平的免疫图谱分析表明,病毒 RNA 存在于不同类型的细胞中,并强调了巨核细胞和单核细胞亚群对细胞因子风暴的潜在贡献。



(2023年)PMID: 37607536


对来自 700 多名患者、跨越 24 种肿瘤类型的自然杀伤(NK)细胞进行的单细胞 RNA 测序综合分析,描绘出了 NK 细胞的共同特征和肿瘤类型特异性特征,并强调了特定髓系细胞亚群在调节 NK 细胞抗肿瘤功能方面的潜力。



04

实验类型:


单细胞测序的分析流程可大致划分为数据预处理、细胞聚类、细胞类型注释、差异基因分析、功能富集分析。



文中还结合了17.46%的湿法实验。下面的柱状图统计的是出现的湿法实验类型和次数。




05

审稿周期:

从投稿的周期来看,从收到稿件到返修用的时间在84-174天,从返修到接收在44-122天,整个投稿周期在6.8个月。



所以说投稿莫急心莫慌,张泽民都要等半年~


06

基金资助情况:

在已发表的一共6篇文章中,国自然的数目为29次,占总基金数目的54.72%,平均一篇《Cell》会有4-5个国自然的支撑。




近三年影响因子涨20+,最新影响因子64.5;


混合型OA,版面费折合人民币约7万;


国人占比逐年增高;


Cell Press旗下一稿多投系列期刊。




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