生信最新研究热点，抢手到Top3争着发文！读懂这三篇文献，你离发文也不远了
大家好，我是雪梨~
新的研究热点已经出现，怎么能够停滞不前！今天为大家带来乳酸分型——肿瘤研究的新焦点，非肿瘤也在用，无实验、不测序，5+文章信手拈来！
更让人心动的是，接下来要介绍的三篇文章，分别出自复旦、上交和浙大团队之手！跟着名校脚步，还愁找不到新风口吗~
预计阅读时间：5分钟
推荐收藏或浮窗，详细阅读，独立思考。
Comprehensive analysis of lactate-related gene profiles and immune characteristics in lupus nephritis
狼疮性肾炎患者乳酸相关基因图谱和免疫特征的综合分析
期刊：Frontiers in Immunology
IF：7.3
团队：复旦大学附属华山医院皮肤科
套路：非肿瘤机器学习
发布时间：2024/02/22
技术路线
该研究首次系统探索了乳酸代谢相关基因与狼疮肾炎（LN）的关系，并揭示了参与LN发病机制的新型生物标志物。
然而，由于数据采集难以完成验证分析，和LN病理类型未进行区分分析等问题，该研究仍然存在局限性。
实验结果
Figure 4
LR-DEG的获取和功能分析
Figure 8
分析生物标志物在LN免疫微环境中的作用
三个评分与COQ2呈正相关
完整内容请阅读原文献
Lactate score classification of hepatocellular carcinoma helps identify patients with tumors that respond to immune checkpoint blockade therapy
肝细胞癌的乳酸评分分类有助于识别对免疫检查点阻断疗法有反应的肿瘤患者
期刊：Cellular Oncology
IF：6.6
团队：上海交通大学医学院附属仁济医院生物银行部
套路：肿瘤-临床预测模型
发布时间：2023/08/23
技术路线
利用乳酸相关基因对肝细胞癌（HCC）进行分类，是首次从代谢角度进行HCC分类的研究。
发现乳酸风险评分能够预测患者的预后和对免疫治疗的应答，不同乳酸亚型和风险组间患者的预后存在显著差异。使用多个HCC数据集验证了乳酸评分模型的预测效果，提升了结果的可靠性。
研究证实，低乳酸评分可作为免疫疗法反应的指标，能够部分有效地预测免疫检查点阻断疗法的反应。
实验结果
Figure 5
乳酸评分的定义和性能验证
预后表现良好的集群都能保持较低的乳酸评分，表明乳酸评分具有很强的临床应用价值。
Figure 7
高危组和低危组的存活率对免疫疗法的敏感性存在差异
乳酸评分低的患者更有可能对免疫疗法产生反应。因此，乳酸评分可作为评估免疫疗法反应的候选指标。
完整内容请阅读原文献
A lactate metabolism-related signature predicting patient prognosis and immune microenvironment in ovarian cancer
预测卵巢癌患者预后和免疫微环境的乳酸代谢相关特征
期刊：Frontiers in Endocrinology
IF：5.2
团队：浙江大学医学院附属女子医院产科
套路：肿瘤-临床预测模型
发布时间：2024/03/11
技术路线
获取数据：利用TCGA和GEO数据库获取卵巢癌患者的RNA测序数据以及相应的表型和生存数据。
识别LMRGs：通过MsigDB数据库识别12个与乳酸代谢相关的通路，并计算TCGA样本在这些通路上的富集评分，筛选出276个与乳酸代谢相关的差异表达基因。
无监督聚类分析：基于LMRGs进行无监督聚类，将TCGA样本分为两个聚类。分析两个聚类的生存预后、免疫细胞浸润、通路活性等差异。
构建lactate score模型：基于两个聚类之间的差异表达基因，筛选出9个与预后相关的关键基因，通过PCA构建lactate score模型，将样本分为高乳酸组和低乳酸组。
分析lactate score的预后价值：分析lactate score与患者生存预后的关系，验证其在独立数据集中的预测效能，并进行多因素COX回归分析。
综合分析：分析高低乳酸组在基因组变异、免疫细胞浸润等方面的差异。
实验结果
Figure 3
LMRG无监督聚类
聚类A和B在基因表达谱上存在巨大差异；A群患者的预后明显较差。
Figure 6
构建乳酸评分
与低乳酸评分的患者相比，高乳酸评分的患者明显预后不良。ROC曲线显示，乳酸评分在预测患者1/2/3年生存率方面具有良好的诊断效率。
对基因突变的进一步分析表明，高乳酸评分组和低乳酸评分组患者的基因突变模式相似。
完整内容请阅读原文献
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