自2017年8月百迈客开始进行ONT平台的研发，前期更多是在MinION和GridION两种仪器平台上进行摸索。2018年8月PromethION平台到达公司，完成全测序平台搭建。不到两年的时间，百迈客已完成很多物种在Nanopore平台的测序和分析。今天给大家介绍两篇科研工作者和百迈客合作，基于Nanopore测序发表的文章。题目：Chromosome-level genome assembly of the greenfin horse-faced filefish (Thamnaconus septentrionalis) using Oxford Nanopore PromethION sequencing and Hi-C technology.期刊：Molecular Ecology Resources中国水产科学研究院黄海水产研究所陈四清研究员团队与北京百迈客生物科技有限公司合作完成了首个超高质量的绿鳍马面鲀基因组，本次研究基于纳米孔测序技术（Nanopore）和染色体构象捕获技术（Hi-C）完成的基因组仅包含242个Contigs，Contig N50高达22.46 Mb，并将99.44%序列挂载到20条染色体上，实现了海洋鱼类基因组组装质量质的飞跃！利用bwa软件将二代数据与参考基因组进行比对。结果显示，二代reads双端比对效率为97.41%，表明三代组装基因组完整性较好。CEGMA v2.5数据库包含了真核生物458个保守的核心基因。使用CEGMA v2.5来评估最终基因组组装的完整性。在最终版的基因组中，通过序列相似性（Identity > 70%）比对，共找到了458个核心基因中的442个（96.51%）。而在CEGMA v2.5所包含的更加保守的248个序列中，91.13%可以在组装的基因组找到。BUSCO v2中actinopterygii数据库包含了真核生物中的4584个保守的核心基因。我们使用BUSCO v2.0软件来评估基因组组装的完整性。在我们组装的基因中，共找到4,324个完整的BUSCO基因，其中单拷贝的4,213个，多拷贝的有111个；不完整的BUSCO基因有62个；未找到的有198个，BUSCO评估基因组完整度为94.33%（Complete BUSCOs/Total BUSCOs）。评估结果均显示完整度在94%以上，说明了基因组的整体组装质量非常优异，将对后续的下游分析极为有利，具有无限的开发潜力。
题目：Analysis and comprehensive comparison of PacBio and nanopore-based RNA sequencing of the Arabidopsis transcriptome扬州大学金飚老师团队与北京百迈客生物科技有限公司合作，该研究选用模式植物拟南芥为主要研究材料，进行PacBio，ONT cDNA 直接测序 （ONT Dc）和ONT cDNA扩增测序（ONT Pc）及Illumina转录组测序，全方面比较了Pacbio和ONT在植物转录组测序各方面的特性。产出数据特征值统计显示，与PacBio相比，ONT Pc产出数据的总体质量较高，表现在错误率更低，比对率更高，但是读长短于PacBio数据；而ONT Dc产出数据的质量相较于PacBio和ONT Pc低很多，这与ONT cDNA直接测序技术还不成熟相关。在转录组特性方面，重点进行了PacBio和ONT Pc数据的比较。
在long-noncoding RNA（lncRNA）鉴定方面，二者鉴定到的lncRNA数量差不多，分别为257和249，分别随机选取PacBio和ONT Pc单独预测到的8个lncRNA进行验证，最终PacBio中验证到4个，ONT Pc中验证到5个。尤其值得一提的是，与PacBio无法定量分析相比，ONT Pc的一大优势是能对转录本进行定量分析，将ONT Pc的定量数据与Illumina定量数据进行相关性分析，发现ONT Pc与Illumina定量数据的相关性达到0.92以上，说明ONT Pc定量较为准确。
目前百迈客已成为中国通过 PromethION/GridION 双平台 DNA/RNA 全种类样本认证的公司，并且是大陆首批推出ONT全长转录组测序的公司。百迈客经过几年的科研，不断的优化分析流程，基于Nanopore测序平台，现已有DNA和RNA文章见刊，Nanopore测序已是科研工作者做更放心的选择。选百迈客做Nanopore全长转录组，提供测序+分子试剂一站式解决方案，让您选择更放心。一次送样达9个以上，送1个百迈客qPCR试剂盒；一次送样达18个以上，送1个百迈客qPCR试剂盒+1个百迈客反转试剂盒；一次送样达27个以上，送2个百迈客qPCR试剂盒+1个百迈客反转试剂盒；更多其他优惠活动，请咨询驻地销售！百迈客现提供测序分析+分子试剂一站式解决方案：基因表达量验证：反转试剂盒+qPCR试剂盒；SNP验证：PCR Mix；克隆验证：PCR Mix+无缝克隆；DNA、RNA提取试剂盒解决疑难物种提取。期待与您的合作！！！具体可咨询当地销售！
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