【BMKCloud】多组学联合分析不再难-转录组+蛋白组、转录组+代谢组联合分析

众所周知，生物体的表型由 DNA、RNA、蛋白质及代谢物等各个层面调控决定，基因组、转录组、蛋白组和代谢组等多组学联合分析已成大势所趋。mRNA 研究可以获得样本之间差异基因、复杂调控网络，而基因与表型不能直接关联，难以鉴定控制关键途径的结构及调控基因。。因此转录组的表达，不能直接证明表型是否发生变化。对于代谢组来说，代谢物质的积累导致表型性状的变化，表型性状的微小变化在代谢水平呈指数放大，可以利用代谢来反映表型的状态变化，但是蛋白组检测、单独代谢组检测，无法解释影响表型的基因机理。蛋白质是生理活动的执行者，是生命现象的直接体现者，蛋白质组学的研究将直接阐明生命在生理或病理条件下的变化机制。同时结合mRNA的研究可以比较分析基因在转录和翻译不同水平的调控机制。

接下来小编就给各位老师介绍转录组与蛋白组联合分析

01

蛋白组云分析平台是什么？

百迈客云提供专业的生信分析平台（http://www.biocloud.net/），最新上线的蛋白质组云APP兼具标准分析、联合分析和个性化分析功能，同时海量在线资源以供学习和使用。

02

蛋白质组APP如何使用？

首先，您需要登录到百迈客云平台网址（http://www.biocloud.net/），点击全部导航->分析->农学，在农学分析各平台右侧选择蛋白质组分析平台，如下图：

点击，选择打开软件

打开软件之后，蛋白质组信息分析开始了，首先输入项目名称，用于区分不同的分析项目

正式分析开始了哦，总共分3步：

第一步

在蛋白质组鉴定文件中导入质谱检测得到的蛋白质鉴定表格

文件的格式如下：

然后选择蛋白数据库，蛋白数据库指的是搜库蛋白质使用的数据库，一种直接选择Uniprot，如下图：

 另一种选择转录组构建的蛋白数据库，如下图：

当选择转录组数据建库时，还需要输入注释文件，如下图，其中包含７个sheet，输入文件的Sheet的名称和内容格式需要和示例完全一致。

第二步

综合选项选择，包括KEGG注释物种分类、分析报告名称、物种名称

KEGG注释分类：根据我们所分析的物种选择相对应的分类，这样方便我们得到更准确的注释结果。

第三步

设置差异分析的条件：包括差异倍数、T检验p值、以及差异分组

在进行分组设置时，我们可以自由添加分组，设置自己的组名，并在组名之后添加用于差异分析的样品。

最后点击提交，半个小时即可轻松完成11项标准分析内容，如下图：

蛋白组分析结束后，接下来就是转录组和蛋白组联合分析了，点击联合分析-与转录组联合-选中需要联合的转录组数据项目，提交即可。

转录组和蛋白组联合分析后的结果如下：

03

代谢组APP如何使用？

首先，您需要登录到百迈客云平台网址（http://www.biocloud.net/），点击全部导航->分析->农学

 在农学分析各平台右侧选择代谢组分析平台点击，择打开软件

 打开软件之后，代谢组信息分析开始了，首先输入项目名称，用于区分不同的分析项目。

正式分析开始了哦，总共分3步：

第一步

在代谢定量文件中导入质谱检测得到的代谢物的定量文件 

文件的格式如下：

 注：第一列为代谢物ID，第二列为代谢物定性名称，第三列至最后为各个样本的定量信息。

第二步

综合选项选择，包括注释物种分类、分析报告名称、物种名、归一化方式等

KEGG注释分类：根据我们所分析的物种选择相对应的分类。这样方便我们得到更准确的注释结果。

归一化方式：对我们的定量结果进行标准化的方式。如果我们自己已经做过归一化，那么选择否就可以。

第三步

设置差异分析的条件：包括差异倍数、T检验p值、VIP值、以及差异分组

在进行分组设置时，我们可以自由添加分组，设置自己的组名，并在组名之后添加用于差异分析的样品。

 选择对照组和实验组，并添加到差异分组列表

最后点击提交，半个小时即可轻松完成12项标准分析内容啦！剩下的就是坐等分析结果喽～

代谢组分析结束后，就可以与转录组数据联合分析了。 

转录组和代谢组联合分析结果内容：

  重要的事情再说一遍  

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  文：张倩丽

排版：市场部

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