热图绘制2.0

上一篇推送给了大家三行命令画热图，但对于没有R语言基础的同学来说可能仍无法绘制出令自己满意的热图，因此本文主要对热图绘制进行进一步的解析，补充一些命令与参数。

想要绘制热图，第一步便是准备好自己的数据，对于R语言来说，原始数据的结构十分重要。一般来说，绘制热图的数据结构如下图所示，推荐将excel转存为csv格式（案例数据点这里链接：https://pan.baidu.com/s/1Dw1RHYkBdJTRhd3UaWWIUQ
提取码：z2d4
网盘手机App）。

一、heatmap

准备好数据我们可以用heatmap先画一个demo：

m <- read.csv("路径/文件名",header = T,row.name = 1)   读取数据
class(m)                                              检查数据类型
x <- as.matrix(m)                                     将数据转化为矩阵
heatmap(x)                                            绘图

以上便可以完成基础的绘图，绘制结果如下：

显然，这个图不够美观，也不够直观，若还希望对热图进行其他方面的修改，可进行如下操作

heatmap(t(x))                                 转换热图的横纵坐标
heatmap(x,col=c("green","red"))               修改热图的颜色
colorRampPalette(c("red","black","green"))(nrow(x))    设置渐变色
yanse <- colorRampPalette(c("red","black","green"))(nrow(x)) 赋值
heatmap(x,col=yanse
+ )                                           利用刚才赋值的渐变色绘图
 heatmap(x,col=yanse,Rowv = NA)               取消行间聚类
 heatmap(x,col=yanse,Colv = NA)               取消列间聚类
 heatmap(state.x77,scale = "col")             标准化

 修改后的图如下所示（emm，虽然颜色变得更丑了，但是我的意思其实就是颜色可以DIY）

二、heatmap.2

相当于hetmap的升级版了，可以做更多个性化的设置，下面给出几条命令。

heatmap.2(x,key = F)                              设置图例
heatmap.2(x,symkey = T)                           图例是否对称
heatmap.2(x,symkey = T,density.trace = "none")    设置竖线
heatmap.2(x,symkey = T,density.tracecol = "blue") 设置颜色
heatmap.2(x,dendrogram = "none")取消聚类

三、pheatmap

相较于前面两个包来说，pheatmap可以自定义的选项更多，画风也是我最喜欢的。命令如下：

pheatmap(x,display_numbers = T)                         显示数字
pheatmap(x,display_numbers = T,number_format = "0.2f")  显示保留位数
pheatmap(test, cluster_row = FALSE,cluster_col = TRUE)  是否聚类
pheatmap(x,colorRampPalette(c("navy", "white", "firebrick3"))(50)) 渐变色
pheatmap（x，cellwidth = 15, cellheight = 12, fontsize = 10） 设置单元格大小

以上就是本次的分享，感兴趣的同学可以自己Run一下试试。