写在前面Rstudio是R语言最常用的IDE，这篇文章的目的是为了让大家快速熟悉Rstudio的布局与高频使用技巧。需要Rstudio-server服务器环境可见：有root权限的共享服务器Rstudio(server)使用技巧rstudio布局关于rstudio的布局可以通过rstudio界面顶部的

Biomamba<u>生信基地</u>与西柚云超算携手给大家提供生信服务器已经有相当长的一段时间了(生信分析为什么要使用服务器？)。但各个社区间资源分配、没有root权限问题一直是共享服务器业内的一个瓶颈，所以我们

图文教程本节介绍的文本处理命令sort与uniq的功能有些类似于Excel当中的高级排序功能，大家可以结合图文和视频教程体会一下：#

图文教程Linux当中几乎所有的文件都可以视为一个文本文件，文字流的处理也是Linux操作的精髓，接下来我们将会给大家带来一系列文本处理的命令。本次介绍的内容为cut、paste命令，大家可以结合图文与视频一起食用：#

hat这些系统都会自带vim编辑器。可以交互式的创建和修改文本。由加州大学伯克利分校的Bill

写在前面上一次内容我们已经教会大家如何在Linux当中查看文件内容，但是cat、head这些命令的作用是把程序输出到终端，当各位需要查看例如基因组这样的大文件显然不适合输出在终端刷屏。这时就需要我们像在Windows系统里一样通过一些浏览器去查看文本内容。在Linux当中文本的浏览可以通过more和less命令来实现：#

写在前面本次内容我们来学习一下如何进行文件查看，其实这些命令我们在介绍之前的教程已经多次使用过了，很多同学可能对它们已经非常熟悉了。在Windows中我们都知道，无论是txt文本文件还是word的docx文件都有与之对应的软件可以打开查看，那么对于Linux终端中这种没有交互页面的环境，文本查看就得使用代码了。#

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biomamba.txt.bz2#简单打包：tar

写在前面接上一讲内容，别名能够帮助我们简化一些复杂的命令，而这节课介绍的软链接与硬链接则能够帮我们简化文件的路径，并且节省存储空间(避免了反复拷贝)。视频教程B站同步播出，连播更方便，文末阅读原文可直达：https://www.bilibili.com/video/BV1hT411F7r7?p=21本节学习资料为了防止大家打不开百度云，我把文件上传到Nginx服务器中，大家可以自行下载，浏览器中输入这个网址即可开启下载：http://biomamba.com:34080/free.download/%E8%B7%9FBiomamba%E4%B8%80%E8%B5%B7%E5%AD%A6Linux.zip若链接失效可以文末联系客服领取~往期回顾跟着Biomamba一起学Linux|

12.文件的复制(cp)与移动(mv)Linux|

写在前面在大家处理海量的数据时，可能需要寻找或定位一些符合要求的文件，这时就需要在系统中对文件进行检索。在Windows当中检索很容易，用文件管理器便可以进行检索。又或者说Windows当中的神器——everything，也可以协助大家快速完成文件检索功能，并且找文件的速度比Windows自带的文件查找功能快了不止一个数量级。那么在Linux中，我们通常用find、locate、which命令来查找文件，看完下面的视频，大家可以回来理解一下这些代码的含义：find

写在前面上一讲中为了不直接将一些命令的运行结果直接输出到终端，我们采取了重定向的方法将结果输出到文件中。这时还有一种输出信息的流向需要我们学习，那就是管道符。通过一个简单的小竖杠"|"的使用，可以避免很多中间文件的产生，从而节省磁盘空间与程序运行时间。视频教程B站同步播出，连播更方便，文末阅读原文可直达：https://www.bilibili.com/video/BV1hT411F7r7?p=18本节学习资料不要再说我的链接失效啦，我也不知道为啥腾讯和百度云不对付，微信页面或腾讯浏览器时常打不开百度云链接，链接最好在谷歌浏览器中打开，真的失效了再提醒客服更换链接哦。链接:

写在前面不知道大家在前面的课程中有没有发现一个问题，至今为止我们教学过的命令，有很大一部分是直接将结果输出到终端的屏幕上。比如大家现在应该已经形成肌肉记忆的ls命令，无论你是成功运行ls命令，获得了文件列表，还是因为一些原因命令执行失败，命令执行的结果都会输出在屏幕上。那么显然有一些命令或者选项是不适合直接输出在屏幕上的，例如我们处理fastq文件时，不可能将结果输出在屏幕上，而是需要将运行后的数据存储在本地文件之中，那么这一讲的重定向功能，就可以帮助我们解决这一问题。视频教程B站同步播出，连播更方便，文末阅读原文可直达：https://www.bilibili.com/video/BV1hT411F7r7?p=17本节学习资料不要再说我的链接失效啦，我也不知道为啥腾讯和百度云不对付，微信页面或腾讯浏览器时常打不开百度云链接，链接最好在谷歌浏览器中打开，真的失效了再提醒客服更换链接哦。链接:

写在前面很多对Windows比较熟悉的同学可能已经掌握了大量的快捷键操作，快捷键可以在日常使用电脑时快速执行许多常见的功能，比如众所周知的Ctrl+C以及Ctrl+V。同样的，Linux终端或着一些远程登录工具(例如finalshell、putty)等也会有自己自带的快捷键。掌握下面这些快捷键，能够让你的Linux体验更加丝滑~tab#补全命令/地址↑↓#翻越历史命令ctrl+A#将光标移动到命令行开头ctrl+E#将光标移动到命令行结尾

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写在前面给大家介绍用户与组群概念主要有以下两个原因：1、在给大家提供生信服务器的时候(生信分析为什么要使用服务器？)，有的同学咨询的时候会问：我的数据存放在服务器中安不安全，会不会有人查看并盗取我的数据呢？这个问题可以这么回答：Linux当中有严格的用户系统，保障了各个用户的权限和隐私。所以你放在服务器上的数据其他用户并没有读写的权限，访问其他用户的数据会被系统拒绝：2、另一个因素是，我们全新的3.0系统经过长期的调试已经上线了(3.0系统上线内测，免费升级+赠送三个月时长)，也就是说以后大家即使使用共享服务器也拥有独立的环境与root权限，使用起来应当与你独享的一台物理机体验感相同。所以我们后续可以带大家做一些Rstudio的安装、shiny的部署、nginx等需要管理员权限才能安装的软件教学。因此我们需要有用户与组群的概念做铺垫、作为后续教程的基础。视频教程B站同步播出，连播更方便，文末阅读原文可直达：https://www.bilibili.com/video/BV1hT411F7r7?p=13本节学习资料不要再说我的链接失效啦，我也不知道为啥腾讯和百度云不对付，微信页面或腾讯浏览器时常打不开百度云链接，链接最好在谷歌浏览器中打开，真的失效了再提醒客服更换链接哦。链接:

写在前面继续介绍文件操作相关命令，与windows下鼠标的拖拽不同，Linux终端中的文件复制与移动也需要通过命令行来完成。其中复制通过cp命令执行，移动通过mv命令执行，这两个命令也支持使用通配符来匹配文件(Linux|

写在前面相信经过上一讲的学习，大家已经能够熟练掌握通配符的用法，那么接下来我们就可以讲解一系列文件相关操作的命令。rm命令就是其中之一，它负责删除指定文件并且支持识别通配符，rm命令结合通配符给批量删除操作提供了很大的帮助。视频教程B站同步播出，连播更方便，文末阅读原文可直达：https://www.bilibili.com/video/BV1hT411F7r7?p=11本节学习资料不要再说我的链接失效啦，我也不知道为啥腾讯和百度云不对付，微信页面或腾讯浏览器时常打不开百度云链接，链接最好在谷歌浏览器中打开，真的失效了再提醒客服更换链接哦。链接:

写在前面相信经过上一讲的学习，大家已经对cd、pwd和ls这些与路径及查看文件相关的命令了如指掌，在大家实际处理文件时可能需要批量地、有条件地对大量文件进行处理，这时正确、快速地匹配对应的文件可以帮助大家节省时间、提高工作效率。这种情况下，通配符(切记与正则表达式相区分)的学习就十分有必要了。视频教程B站同步播出，连播更方便，文末阅读原文可直达：https://www.bilibili.com/video/BV1hT411F7r7?p=10本节学习资料不要再说我的链接失效啦，我也不知道为啥腾讯和百度云不对付，微信页面或腾讯浏览器时常打不开百度云链接，链接最好在谷歌浏览器中打开，真的失效了再提醒客服更换链接哦。链接:

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写在前面经过之前的学习，相信大家对Linux命令及命令行已经有了初步的了解，Linux与Windows类似，拥有自己一套独特的文件目录系统。了解其中结构组成有助于我们更深入的了解Linux系统。视频教程B站同步播出，连播更方便，文末阅读原文可直达：https://www.bilibili.com/video/BV1hT411F7r7?p=8本节学习资料不要再说我的链接失效啦，我也不知道为啥腾讯和百度云不对付，微信页面或腾讯浏览器时常打不开百度云链接，链接最好在谷歌浏览器中打开，真的失效了再提醒客服更换链接哦。链接:

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写在前面经过之前的学习，相信大家对Linux命令及命令行已经有了初步的了解，Linux与Windows类似，拥有自己一套独特的文件目录系统。了解其中结构组成有助于我们更深入的了解Linux系统。视频教程B站同步播出，连播更方便，文末阅读原文可直达：https://www.bilibili.com/video/BV1hT411F7r7?p=8本节学习资料不要再说我的链接失效啦，我也不知道为啥腾讯和百度云不对付，微信页面或腾讯浏览器时常打不开百度云链接，链接最好在谷歌浏览器中打开，真的失效了再提醒客服更换链接哦。链接:

写在前面从今天开始就要正式的在命令行中与大家开展Linux的学习了，为了更好的给大家做教程，我也买了几本书翻了翻，以后应该就主要参考下面这本书给大家做讲解，大家如果觉得我更新得慢也可以自己看一看书，整体上手还是比较容易的。文末我也给大家列了其他一些参考书，都是不错的学习资料。没有书的同学也没关系，我们每节课会在推送里发放资料。视频教程B站同步播出，连播更方便，文末阅读原文可直达：https://www.bilibili.com/video/BV1hT411F7r7?p=6本节学习资料不要再说我的链接失效啦，我也不知道为啥腾讯和百度云不对付，微信页面或腾讯浏览器时常打不开百度云链接，链接最好在谷歌浏览器中打开，真的失效了再提醒客服更换链接哦。链接:

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写在前面从今天开始就要正式的在命令行中与大家开展Linux的学习了，为了更好的给大家做教程，我也买了几本书翻了翻，以后应该就主要参考下面这本书给大家做讲解，大家如果觉得我更新得慢也可以自己看一看书，整体上手还是比较容易的。文末我也给大家列了其他一些参考书，都是不错的学习资料。没有书的同学也没关系，我们每节课会在推送里发放资料。视频教程B站同步播出，连播更方便，文末阅读原文可直达：https://www.bilibili.com/video/BV1hT411F7r7?p=6本节学习资料不要再说我的链接失效啦，我也不知道为啥腾讯和百度云不对付，微信页面或腾讯浏览器时常打不开百度云链接，链接最好在谷歌浏览器中打开，真的失效了再提醒客服更换链接哦。链接:

写在前面上一节课我们算是详细的给大家介绍了获取Linux系统的两种方式——WSL和虚拟机，所以从这一讲开始我们给大家介绍课程内的最后一种方式：服务器，相比于WSL和虚拟机而言服务器的体验感是最佳的，其具有超高的性能与网速，这里我们也给大家申请到了免费服务器的名额，大家可以跟着练习。本节学习资料不要再说我的链接失效啦，我也不知道为啥腾讯和百度云不对付，微信页面或腾讯浏览器时常打不开百度云链接，链接最好在谷歌浏览器中打开，真的失效了再提醒客服更换链接哦。链接:

写在前面上一节课我们算是详细的给大家介绍了计算机软件组成与Linux，所以从这一讲开始我们也将正式开始实操课程。能比较便捷获取免费Linux的方式主要有三种（WSL，虚拟机，给你们申请到了免费的128GB云服务器），WSL便是其中最简单的一种，WSL全称Windows

写在前面上一节课我们算是详细的给大家介绍了获取Linux系统的方式之一(Linux系统-WSL)，所以从这一讲开始我们给大家介绍另一个获取Linux的方式——虚拟机，相比于WSL来说虚拟机的安装与使用会显得不那么“智能”。但安装后的虚拟机是类似于一台完完全全原生的“装载Linux系统的计算机”，并且能够拥有Ubuntu的桌面系统(虽然也不太能用得上)。本节学习资料不要再说我的链接失效啦，我也不知道为啥腾讯和百度云不对付，微信页面或腾讯浏览器时常打不开百度云链接，链接最好在谷歌浏览器中打开，真的失效了再提醒客服更换链接哦。链接:

些叫“磨刀不误砍柴工”，很多同学不听我的建议，仍然略过编程基础直接学习生信，结果是遇到俄罗斯套娃式的一系列报错无从下手，又都返回来找我答疑。各位是想在分析数据时面对接踵而来的报错不知所措，还是想打好基

写在前面上一节课我们算是详细的给大家介绍了计算机软件组成与Linux，所以从这一讲开始我们也将正式开始实操课程。能比较便捷获取免费Linux的方式主要有三种（WSL，虚拟机，给你们申请到了免费的128GB云服务器），WSL便是其中最简单的一种，WSL全称Windows

<u>生信基地</u>"运行效率事宜

致粉丝微信交流群建立已经有一段时间了，一方面用于给大家提供一个生信技术交流的平台，另一方面我们也可以给大家提供一些免费的计算资源(128GB的生信服务器免费用)，我也特意拉了些大佬驻扎，相信能给大家解决市面上的大部分问题。再次申明，我们的生信交流群永久免费，群满了我们就拉新群，大家觉得500人的群小了，我已经充好了QQ会员给大家拉两千人的QQ群，一个客服接待不过来我就给大家再请一个。誓要给大家创造一个便捷、高效、绿色的科研、生信交流环境。大家可以添加下面的QQ和微信，QQ群和微信群都永远免费向你们敞开:客服qq号:客服微信号:

写在前面上一节课我们算是详细的给大家介绍了计算机硬件的各部分组成以及他们基础的运行方式（跟着Biomamba一起学Linux|

<u>生信基地</u>陆陆续续的制作了很多期单细胞测序的教程，并拥有了一些访问量(六万播放量的B站单细胞课程)。在制作教程的同时，由于单细胞测序的数据一般非常巨大，各位自己的电脑很难去处理这类大数据，所以大家也无法

致粉丝微信交流群建立已经有一段时间了，一方面用于给大家提供一个生信技术交流的平台，另一方面我们也可以给大家提供一些免费的计算资源(128GB的生信服务器免费用)，我也特意拉了些大佬驻扎，相信能给大家解决市面上的大部分问题。再次申明，我们的生信交流群永久免费，群满了我们就拉新群，大家觉得500人的群小了，我已经充好了QQ会员给大家拉两千人的QQ群，一个客服接待不过来我就给大家再请一个。誓要给大家创造一个便捷、高效、绿色的科研、生信交流环境。大家可以添加下面的QQ和微信，QQ群和微信群都永远免费向你们敞开:客服qq号:客服微信号:

开学在即，我看各类媒体都在宣传着一些导师对研究生新生的忠告，搞科研的人不能思想固化，咱也换位思考，另辟蹊径，给导师提点建议。事先声明，我的导师没有以下情况，如有雷同，纯属不幸👀。正片开始●

<u>生信基地</u>"运行效率事宜

致粉丝微信交流群建立已经有一段时间了，用于给大家提供一个生信技术交流的平台，此前我也特意拉了些大佬驻扎，相信能给大家解决市面上的大部分问题。再次申明，我们的生信交流群永久免费，群满了我们就拉新群，大家觉得500人的群小了，我已经充好了QQ会员给大家拉两千人的QQ群，一个客服接待不过来我就给大家再请一个。誓要给大家创造一个便捷、高效、绿色的科研、生信交流环境。QQ群和微信群都永远向你们敞开:客服qq号:客服微信号:Biomamba_kefu但是现在仍然有广告狗在群里发广告然后整个一分钱红包轰炸，为了给大家提供一个和谐绿色的交流环境，现在入群需要实名改备注(机构-研究领域-姓名)，然后无分组此条至朋友圈5h即可入群，介意的也不要跟客服讨价还价，人兼职也不容易，支支吾吾的一律当广告狗处理。

生物信息学研究现在已呈指数趋势增长，随之增长的就是大家的测序数据量了，下图为SRA与GenBank中存储的数据量增量趋势，没有骗你们，确实是在以指数形式增长。这些数据存在的意义可不是占据着储存空间，它们可是诸位投入经费、时间而产出的毕业保障。所以大家手里宝贝数据可得存好了，Biomamba之前就有过丢失数据的经历，当时我的移动硬盘中出现了坏道，多次修复未果，好几个月的工作量永远的消失了。所以这里也顺手提醒大家定期备份数据，随便聊聊各种存储设备的特性。一、U盘U盘的存储主要是依赖半导体材料，优点在于体积小、便于携带，而且由于没有机械装置抗逆性(高温、高湿、碰撞等)比硬盘要强一些，缺点自然就是容量比较小，之前给大家送的(64GB的Biomamba周边U盘大放送)已经算大的了。二、硬盘Biomamba的一生之敌，出过很多次问题，但是又确实没有更方便的本地存储方式，再大的U盘对我来说可能几天就用满了。但是硬盘是以磁性介质存储，需要通过磁头与磁盘的交互完成数据的读写，这种机械装置的存在造成了其不稳定性，一但损坏又难以修复，Biomamba去年十月坏掉的硬盘至今还没有修好。。。三、云储存云存储也同样需要依赖硬件，主要有传统硬盘直储以及超融合集群存储两种方式，例如西柚云(生信分析为什么要使用服务器？)便是其中的超融合集群存储，两种方式的具体区别如下：1.

<u>生信基地</u>"运行效率事宜

<u>生信基地</u>"运行效率事宜生信分析为什么要使用服务器？如何联系我们公众号后台中消息更新不及时，超过48h后便不允许回复读者消息，这里给大家留一下领取资料、咨询服务器的微信号，方便大家随时交流、提建议（由助

<u>生信基地</u>"运行效率事宜

上次教程已经带领大家先简单的认识一下monocle3的特点与功能(单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》4.初识monocle3)。虽然是录了五十分钟，但是鉴于monocle3的坑还是很多，所以每一部分的功能还是需要带大家展开了解一下。这次内容主要带领大家学习monocle3的降维、分群和聚类功能，不知道大家是更喜欢用Seurat还是这次的monocle3呢？视频中提到的Rmakdown还没有制作完，大家不要着急，我们先把这节课的测试文件与代码放在这个链接中，monocle3系列课程制作完毕会再进行更新，请大家持续关注：代码及测试文件链接：https://pan.baidu.com/s/16lPDInnenycR9sTcABolSg?pwd=tdp7

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