安装R包的几种方式

大家懂的，很多情况下packages的安装往往比使用起来更加的复杂。本文的内容旨在为大家安装packages时提供更多的选择，确保软件安装顺利。

一、最原始的安装方式

install.packages("包名")
library(包名)

二、利用BiocManager管理R包

Bioconductor摒弃了此前biocLite的安装方法，提供了BiocManager管理R包的方法，前者经常断点且不能续传，后者显然更稳定一些：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")  #判断BiocManager环境及安装
BiocManager::install("包名")

三、从本地安装R包

科学上网的问题一直困扰着科研工作者，如果上述的安装方式均无法成功执行，可以尝试“本地安装”的方式。

1、首先，各位可以通过以下网址搜索并下载R包源码文件，貌似这个界面并没有检索模块，自行control + F检索即可。

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/

2、package的源码下载完毕后可在Rstudio工具栏中使用：

tools→install.packages→browser进行安装：

在服务器中无GUI的同学可以使用以下命令进行安装：

install.packages("路径/源码文件", repos = NULL)
#注：以上方法均可以批量安装R包
#把packages名称以c("packages1","packages2","packages3"...)的形式列出即可

四、ubuntu及服务器下的安装方式

由于服务器下的权限问题，以上的方法在linux下的R语言中可能出现permission deny的情况，因此使用conda 管理R包显然是更合理的选择。具体操作方法如下：

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.shbash Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh #下载并安装condaconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/#添加conda国内镜像conda search 包名conda install -y bioconductor-包名#安装之前的检索可以确保R包的名称没有输入错误，毕竟R包的“学名”可能与我们所默认的有所出入

五、为了帮助大家更方便的使用R，下面给大家准备了一些本人常用R包的安装脚本，已经全部测试过并能够成功安装，package的功能也写在注释里了。

获取方式：以后希望每次的推文分享都能够为大家提供一些测试过的代码，预计都会采取这种方式发放。