（文章篇）S3E11：一篇22分的lncRNA与可变剪接的作用模式文章
大家好，在上期我们（策略篇）：To be or not to be, that's a question！中，我们介绍了lncRNA通过调控基因的可变间接发挥功能的文章和基金，这期我们分享一篇文章：The long noncoding RNA Pnky regulates neuronal differentiation of embryonic and postnatal neural stem cells.Cell Stem Cell. 2015 Apr 2;16(4):439-47. 影响因子 22分，说的是lncRNA Pnky通过剪接因子PTBP1在神经干细胞分化过程中的作用和分子机制。
分子机制图：
这篇文章的思路相对简单，即在胚胎期大脑皮质和产后SVZ区的神经干细胞（NSC）中lncRNA Pnky高表达，而Pnky的表达下调能够促进NSC分化成神经元，其分子机制是通过与剪接蛋白PTBP1结合调控下游mRNA分子的剪接过程发挥功能。
这里我们分成三部分来讲这篇文章：lncRNA Pnky的发现鉴定，lncRNA Pnky的功能研究，lncRNA Pnky的分子机制研究。
1. lncRNA Pnky的发现和鉴定。
这一部分主要说的是对lncRNA Pnky的基本性质进行鉴定，包括序列、在染色体位置、物种之间的保守性、蛋白编码能力、组织、细胞内（空间）和时间等过程中的定位和表达等信息，我们前面总结过，这里需要说明几点：
a. 这部分工作一方面是为了引入Pnky， 并验证Pnky符合lncRNA的定义：大于200nt，不编码蛋白；
b. 另一方面是为后面的工作打好基础，比如Pnky定位于细胞核内，这会影响到Pnky发挥作用的方式，比如Pnky如果通过与靶基因的mRNA结合，提高其稳定性，那么其定位是在胞浆内的，等等；
c. 这里我们单独提一下Pnky在物种中的保守性研究，实际上前面的几篇lncRNA研究的文章中都有提及这一部分，可以这么说：物种的保守性部分反应了分子的重要性，因此需要考虑在一个物种中发现的分子是否在其它物种中存在，比如我们从临床病人样本出发，通过RNA-seq或者芯片筛选到的lncRNA分子在做人的相关实验时是没问题的，不过如果想在动物水平做某些实验，比如这个分子的基因敲除，那就要看下动物中是否有这个分子了。这一点是大家常常忘记考虑的。
2. lncRNA Pnky的功能研究：Pnky表达下调后促进神经干细胞分化和增殖。
这一部分实验我们简单介绍，大家感兴趣的话可以看全文。
神经干细胞（NSC）分化过程：NSC—TA—NB—神经元。
3. lncRNA Pnky表达下调后促进神经分化的分子机制，这一部分也是我们介绍的重点。
为了寻找lncRNA Pnky的作用蛋白，首先用RNA Pulldown+质谱，对与lncRNA Pnky结合的蛋白进行鉴定，结果发现了PTBP1；
而反过来通过对PTBP1进行RIP同样发现lncRNA Pnky；
PTBP1与lncRNA Pnky同样定位于细胞核；
PTBP1与lncRNA Pnky同样抑制神经细胞分化；
这些结果（RIP，RNA pulldown，功能一致、定位一致等）说明的是PTBP1与lncRNA Pnky之间确实存在结合。
尽管如此，不过PTBP1表达沉默后不降低lncRNA Pnky表达，而lncRNA Pnky表达沉默不影响PTBP1表达！
进一步通过对PTBP1与lncRNA Pnky表达沉默后差异表达的蛋白进行功能分析，结果发现两者共同调控一系列转录本的表达，而且与单个分子敲除相比，两者共同敲除并没有显著影响下游关键分子表达和间接，两者通过共同的通路发挥功能。
另外，这篇文章说的是lncRNA Pnky与剪接因子PTBP1调控下游基因的可变剪接发挥功能，与上篇我们举的三个例子最大的不同之处是：lncRNA Pnky对下游基因可变剪接调控是广谱的，而前面LincRNA-uc002yug.2调控RUNX1剪接，LncRNA Saf调控Fas剪接，lncRNA INXS 调控BCL剪接针对的都是一个基因，这一点与我们前面介绍翻译因子的时候是非常像的（回复4可看）。
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