（文章篇）S3E13：lncRNA参与基因调控的DNA去甲基化的作用

在上一期的内容“（策略篇）lncRNA命名的五种方式”中（后台回复数字：9，查看），提到有些lncRNA是根据其参与的生物学功能命名的。今天我们要讨论的lncRNA是TARID(TCF21 antisense RNA inducing demethylation)。这个“高大上”的TARID是参与DNA去甲基化功能的。而我觉得吧，TA跟本文作者所采用的策略基本上跟我遇到他一样：

土豪，我们做朋友吧！！

所以，今天分享的主题是lncRNA参与的基因调控的去甲基化作用，让我们看看它是如何作用的呢。

Long noncoding RNA TARID directs demethylation and activation of the tumor suppressor TCF21 via GADD45A.Mol Cell. 2014 Aug 21

一句话总结：在肿瘤细胞中，抑癌基因TCF21和TARID附近的启动子区常发生超甲基化现象，导致它们基因的沉默。而在正常细胞中，TARID与GADD45A结合，募集TET、TDG、BER通过碱基剪切修复使得TCF21启动子区去甲基化，从而使TCF21得以表达。

作者揭示了一种lncRNA在表观调控中所起的作用。

主要内容：

1、发现TARID

荧光素酶报告基因显示，CpG3含有一个启动子，能指导合成反义转录本。并结合后期功能实验，取名为TARID。并验证无编码蛋白的能力。

TCF21的CpG1、3启动子区甲基化在肿瘤细胞与正常细胞中的显著性差异。并且在肿瘤细胞中TCF21、TARID表达都受到了抑制。

说明了甲基化对TCF21、TARID表达以及肿瘤生成的影响。

2、异位表达的TARID能降低TCF21启动子区的甲基化程度。

这是什么原因呢？

大量实验表明，TARID能让TCF21启动子去甲基化使得后者顺利表达。

而TARID又是如何实现这个功能呢？重点来了。

3、拉关系傍大款

已经报道GADD45A是一个明星分子，能够促使DNA去甲基化。
作者做了一个沉默实验，发现GADD45A沉默后，TCF21启动子甲基化程度不变，TARID水平降低。而过表达TARID则能使得甲基化程度降低。

BER、TDG（一个DNA修复蛋白），在DNA去甲基化中起着很重要的作用。加入BER抑制剂或敲除掉TDG后，TCF21的表达也受到抑制。通过IP实验发现，TDG跟GADD45A结合。这表明TCF21表达跟GADD45A、TDG、BER相关。

4、作用关系验证：

RNA-pull down，IP实验发现GADD45A与TARID整链结合。并且转染TARID细胞的ChIP实验发现，GADD45A在TCF21启动子去明显富集（去甲基化，调控表达）。这表明了TARID在TCF21启动子区募集GADD45A介导去甲基化，调控TCF21表达。

5、继续拉关系

很多的DNA去甲基化都需要TET家族参与。TET可以将5-mc（5-甲基胞嘧啶）转化为5-hmc（5-羟甲基胞嘧啶），实现DNA去甲基化。

作者发现，只有将TET家族成员全部沉默掉后，TCF21的表达才会受到抑制。异位表达的TARID能提升5-hmc水平，而敲减TARID后会降低5-hmc水平。表明了TET蛋白家族介导CpG羟甲基化是TARID诱导TCF21启动子去甲基化的中间步骤。

好了，TARID作用关系拉完了。

详细内容请看全文链接：

百度云盘：http://pan.baidu.com/s/1bY6D0y     密码：tsp7

That’s all. Thank you!

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