（方法篇）S4E10：检测FFPE样本中RNA的技术选择：Nanostring
在上一篇JCI的文章中，作者使用了NanoString数字基因表达谱技术来对FFPE样本中lncRNA的表达进行检测，今天我们简单介绍这个技术。
首先看NanoString的原理：
1. 荧光编码探针与目标分子杂交。荧光编码探针具有两个部分：报告探针和捕获探针。
(1)报告探针(Reporter Probe)是一段带有50 mer 的核酸及不同荧光颜色排列组合而成的探针，为主要的信号来源。
(2)捕获探针:是一段带有50 mer 的核酸及Biotin ，能将目标分子捕获并停留在由Avidin组成的Cartridge上。
2. 杂交过后, 将样品送进Prep Station移除剩余未杂交的探针，并且将形成探针/目标分子的复合物与Cartridge进行结合，通电使其朝同一个方向排列。
3. 将cartridges移动到 DigitalAnalyzer进行信号数据采集计数，在Cartridge表面上的荧光编码探针并且将其列表标识。
大家可以观看nanostring官方视频
https://v.qq.com/txp/iframe/player.html?vid=r0125ow3hf8&width=500&height=375&auto=0
或者微信公众号【陈巍学基因】视频19：NanoString
https://v.qq.com/txp/iframe/player.html?vid=d0171ycp9il&width=500&height=375&auto=0
个人认为NanoString的三个很好的优势：
对样本RNA要求低：比如在上篇JCI的文章中，作者就用NanoString技术检测FFPE样本中的LncRNA，我们知道FFPE样本中RNA降解严重，Nanostring技术对这种样本的兼容性非常好；
不基于扩增的的表达检测，我们知道基于扩增的检测技术会不可避免的出现偏倚（Bias），Nonostring技术则是直接杂交检测的；
中等通量的验证技术，可同时检测800条RNA分子，并与qCPR等技术兼容性好。
在Evaluating Robustness and Sensitivity of the NanoString Technologies nCounter Platform to Enable Multiplexed Gene Expression Analysis of Clinical Samples.Cancer Res. 2015 Jul 1;75(13):2587-93. （链接：http://pan.baidu.com/s/1gfi6RCZ 密码：y92q）文章中，作者通过各种类型的临床样本对Nanostring数字基因表达谱技术的检测灵敏度、重现性等进行了评估，结果发现Nanostring技术非常适合用于临床样本特别是FFPE等RNA质量较差样本的表达检测。
使用Nanostring数字基因表达谱技术对FFPE样本和新鲜样本中不同表达丰度的基因进行定量，以判断Nanostring数字基因表达谱技术的对FFPE样本的适用性。
好了，今天就到这里了，明天我们分享这篇文章：MicroRNA-143 Activation Regulates Smooth Muscle and Endothelial Cell Crosstalk in Pulmonary Arterial Hypertension.Circ Res. 2015 Oct 23;117(10):870-83. （全文下载链接：http://pan.baidu.com/s/1nvkw6ed 密码：ytw9），祝大家周末愉快！
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