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(策略篇)S4E20:一篇22分的NG教你如何设计课题

2016-05-25 小张 小张聊科研

大家好,介绍了几期外泌体,我们中间穿插讲一篇lncRNA的文章,熟悉我们的小伙伴知道,我们讲文章喜欢讲套路,讲思路,讲逻辑,也喜欢联系基金一起讲,因为我们经常从基金中看到文章的影子,有的基金就是照搬文章思路的,或者换句话说:文章和基金是相通的,大家先看下面这篇文章,最后我们尝试根据这篇文章内容给出申请基金的名字。

今天分享一篇关于lncRNA的Nature Genetics 文章:Pancreatic cancer risk variant in LINC00673 creates a miR-1231 binding site and interferes with PTPN11 degradation.Nat Genet(IF 29.3). 2016 May 23. doi: 10.1038/ng.3568. 全文下载链接: http://pan.baidu.com/s/1hswI7pM 密码: qie1

先看机制图:


这篇文章涉及到了几个关键词:SNP,lncRNA,microRNA,蛋白表达,泛素化,胰腺癌,以lncRNA LINC00673为核心分子,主要研究SNP位点对lncRNA LINC00673功能和上下游调控的影响,lncRNA LINC00673对直接靶分子PTPN11的结合和下游信号通路的调控,miR-1231对LINC00673[A]亚型的调控:lncRNA  LINC00673中定位于17q24.3区域,其中SNP位点rs1111655237定位于LINC00673四号外显子,使得LINC00673存在G和A两个压型,LINC00673[A]亚型被miR-1231识别和下调,而LINC00673[G]亚型结合泛素化酶 PRPF19和PTPN11,促进PTPN11的泛素化和降解,阻断促癌SRC-ERK通路和激活STAT1介导的抑癌通路。

内容主要涉及到:

  1.  LINC00673发挥抑癌基因的功能;

  2. SNP位点 rs1111655237定位于LINC00673四号外显子,存在G和A两个亚型,LINC00673[A]亚型被miR-1231识别和下调;

  3. LINC00673通过增强PTPN11与泛素化酶 PRPF19结合导致PTPN11降解,抑制SRC–ERK信号通路,激活STAT1下游抑癌通路。

我们把文章内容分成以下四部分:

1. 细胞和动物实验,沉默和过表达LINC00673[G]以研究其抑癌基因的功能;


这一部分没有什么好说的,细胞和动物实验,两株胰腺癌细胞株,干扰和过表达,增殖、周期、克隆形成实验,是做肿瘤的研究的标配。

2. LINC00673与PTPN11直接结合,并确定两者结合序列和结构域。

RNA与蛋白作用的经典三步骤:

  • lncRNA Pulldown+质谱确定 LINC00673的靶蛋白PTPN11;

  • RIP反向验证PTPN11与lncRNA LINC00673的直接结合;

  • 片段验证LINC00673与PTPN11结合的序列和结构域。

3.LINC00673通过增强PTPN11与泛素化酶 PRPF19结合导致PTPN11降解


LINC00673与PTPN11结合对PTPN11表达的影响,首先RNA水平不影响——排除转录水平调控——蛋白水平排除合成的影响——确定对PTPN11降解的影响——确定泛素化修饰。

CHXcycloheximide,蛋白合成抑制剂    

MG132:蛋白酶体抑制剂


研究泛素化酶 PRPF19在LINC00673导致PTPN11降解中起的作用,即包括直接结合,又包括表达调控,最后检测干预表达对泛素化水平调控。


研究下游通路最常见的WB,LINC00673发挥抑癌基因功能——阻断促癌通路SRC-ERK通路和激活STAT1介导的抑癌通路,最后检测LINC00673表达丰度与两通路分子mRNA表达相关性。

4.miR-1231对LINC00673[A]亚型的调控。


miR-1231调控LINC00673[A]亚型而非LINC00673[G]亚型活性和表达。

最后,我们尝试根据文章内容给出申请基金的名字:新抑癌lncRNA LINC00673 rs1111655237介导的miR-1231靶点识别和PTPN11降解在胰腺癌中的功能研究,机制图可以直接做科学假说图:

这篇文章与我们以前介绍的其它文章有很多相似之处,感兴趣的可以看:

1.(策略篇)LncRNA调控蛋白表达的第二种方式:蛋白翻译点击查看

2.(文章篇)S3E9:lncRNA研究,做到什么程度才能发Cancer Cell?点击查看

3.(文章篇)S3E7:一文掌握lncRNA研究的套路和创新点点击查看

4.(文章篇)S3E5:一文掌握LncRNA—蛋白—DNA互作研究方法点击查看

5.(文章篇)S3E4:一个LncRNA和基因互相激励的故事点击查看


That’s all. Thank you!



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