（文章篇）S5E27:SNP与甲基化研究的案例文章
在前面（文章篇）S5E22: SNP与甲基化结合的研究是怎么做的？一文中，我们总结了研究SNP与DNA甲基化的两种模式：一类直接分析某一或某些基因的甲基化修饰和SNP与疾病的关系，另一类特别关注于基因启动子区域的SNP位点对基因甲基化修饰和表达的影响，两者一个是相关性，一个偏重于分子机制。今天我们通过这篇Blood文章具体看SNP位点对基因甲基化修饰以及基因表达的影响。
Allele-specific DNA methylation capacitates PEAR1 enhancer activity. Blood. 2016 Jun 16. 下载链接：http://pan.baidu.com/s/1hsvzgDe 密码：ajri
介绍文章以前，先科普基本概念：
1. CpG岛(CpG island)：CpG双核苷酸在人类基因组中的分布很不均一，而在基因组的某些区段，CpG保持或高于正常概率。CpG岛主要位于基因的启动子（promotor）和第一外显子区域，约有60%以上基因的启动子含有CpG岛。CpG岛的GC含量大于50%，长度超过200bp。C和G之间的p是磷酸二酯键，对应CpG岛的概念还有CpG shore等。
2. 增强子（Enhancer）：指增加同它连锁的基因转录频率的DNA序列。增强子是通过启动子来增加转录的。有效的增强子可以位于基因的5’端，也可位于基因的3’端，有的还可位于基因的内含子中。增强子的效应很明显，一般能使基因转录频率增加10～200倍，有的甚至可以高达上千倍。
下面我们看文章的机制图：
文章的主要内容是这样的：
基因PEAF1高表达促进造血干细胞向单核细胞的分化；
SNP位点Rs12041331的G基因型比A基因型有更高的PEAF1转录活性；
G基因型邻近胞嘧啶（C）被甲基化，增加CpG岛甲基化程度；
CpG岛的高甲基化使得特异性识别甲基化修饰胞嘧啶的转录因子CTCF结合变少，增强子功能开始；
内容分为：rs12041331甲基化修饰与PEAF1转录和表达的关系与PEAF1表达、G基因型C甲基化与造血干细胞向单核细胞的分化的关系。
SNP位点是Rs12041331，与基因PEAF1的位置关系是如下图：
CGI即为CpG岛，红色箭头为SNP位点rs12041331的位置。
文章的整体思路是这样的：
看起来很复杂，实际上也不简单，根据文章的内容，我们自己理出几个因素之间的因果关系和关键要素：
具体内容我们就不展开了，我们理一理文章中的亮点：
首先是文章思路的创新：以前我们做SNP研究大多数都是做疾病相关性的，现在大家开始往机制上做，而SNP做机制没有统一的做法，这是因为SNP位点与基因的位置不同，往往延伸出不同的方向，比如前面我们介绍过SNP通过影响microRNA对靶基因的结合，这时SNP一般位于靶基因的3'UTR区；而SNP与lncRNA结合的时候，除了上面microRNA这种方式，还影响lncRNA与蛋白的结合（（文章篇）S5E21: SNP，miRNA和lncRNA的课题设计？（文末两个福利））。而SNP与DNA甲基化结合最常见的就是影响甲基化的修饰，而DNA甲基化修饰与基因的转录关系是异常密切的，这篇文章就选的这条方向，而且是SNP位点的不同基因型通过间接影响上游CpG岛的甲基化程度和转录因子CTCF的结合，通过增强基因的转录调控基因表达，发挥功能。
文章对数据库和软件的应用：比如查询ENCODE数据库中PEAF1基因染色质修饰状态的数据、通过PROMO软件和TRANSFC数据库预测转录因子结合位点。
That’s all. Thank you!
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