（工具篇）：神器之——lncRNA编码能力预测

我们在（文章篇）S3E7：一文掌握lncRNA研究的套路和创新点等文章介绍lncRNA研究套路的时候提到过对于新的lncRNA要做的八部分工作：

1. RNA-seq找差异lncRNA

2. 根据基因位置关系确定候选lncRNA 

3. RACE明确lncRNA序列 

4. lncRNA在细胞内的定位（空间特异性）；

5. lncRNA在组织内表达特异性；

6. lncRNA表达的时间特异性；

7. lncRNA编码蛋白能力预测和验证；

8. lncRNA物种保守性分析；

其中第7条是lncRNA的编码能力的预测和验证，即：对于一条新的lncRNA，需要证明其无蛋白编码能力，我们在（文章篇）S4E06:CncRNA：原来真有这样的RNA！！！中也介绍过，有的RNA既可以编码蛋白，又能以RNA的角色发挥作用。

今天我们就介绍两个网站来预测RNA的蛋白编码能力：

1. Coding Potential Caculator：http://cpc.cbi.pku.edu.cn/

这个网站是2007年的这篇文章里面提出的：CPC: assess the protein-coding potential of transcripts using sequence features and supportvector machine.Nucleic Acids Res. 2007 Jul;35(Web Server issue):W345-9.，也是用的最多的一个预测蛋白编码能力的网站，比如我们开头介绍的这篇文章就是用的CPC网站进行的预测：A Long Non-coding RNA, LncMyoD, Regulates Skeletal Muscle Differentiationby Blocking IMP2-Mediated mRNA Translation. Developmental Cell. (July 27, 2015) (IF9.7)

CPC网站用起来也非常简单：先找到lncRNA的序列（如果是新的lncRNA，要用RACE拿到全长序列），这里以ANRIL为例，通过lncRNAdb找到序列

然后把序列复制或者上传到搜索框中，运行即可：

运行后会给一个任务ID，要等一下，页面会自动刷新：

然后就出来预测结果了：

可以点击detail看到具体的预测结果：

我们再以一个已知的CDKN2B mRNA为例看下预测结果，等结果中：

好了，结果出来了：

可以看到lncRNA ANRIL和CDKN2B mRNA差别非常明显。

2. CPAT：Coding-Potential Assessment Tool ：http://lilab.research.bcm.edu/cpat/index.php

这个网站是2013年的这篇文章发表的：CPAT: Coding-Potential Assessment Tool using an alignment-free logistic regression model.Nucleic Acids Res. 2013 Apr 1;41(6):e74. 速度比较快，基本不用等。同样我们还是以ANRIL和CDKN2B mRNA为例看一下：

ANRIL

这里需要注意：提交的序列是fasta格式的，要在序列前加">Sequence ID", 否则会报错，预测结果很快，不过也很简单：

CDKN2B mRNA

That’s all. Thank you!

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