如何从信号通路、疾病查询microRNA和靶基因？

最近有好几位朋友咨询几个问题：

1. 我想找某一条信号通路有关的microRNA，该怎么实现？

2. 我想找某个疾病有关的microRNA，该怎么实现？

3. 我想把microRNA、靶基因、通路和疾病进行联合分析，并做一张网路图该怎么做？

关于第一个问题，这里我们介绍一个网站mirWalk，一次性实现上述两个功能。这是一个德国的网站，所以可能会比较慢。

说明：这里展示的是2.0版本，其实还有1.0版本，2.0版本在1.0版本上更新以后难用了很多，有的选项常常刷不出来。所以我们下面通过1.0版本来展示：

1.0版本网址：http://zmf.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/

我们看到有Predicted（预测）和Validated（验证）两种模式，我们选择预测模式：

在弹出界面中选择物种是human，信号通路是KEGG数据库中的Wnt 通路（这里除了KEGG数据库外，还有Biocarta数据库的），所有转录本的3'UTR区：

最后选择Search提交，显示结果如下：

这个表格里面显示的是不全的，我们单击箭头处的Download Table下载后用excel打开：

这个表格非常大，一共有4929行，包括了预测的Wnt通路中的microRNA和靶基因的信息。到这里，从通路找microRNA和靶基因的这一步就完成了，第一个问题已经解决。

关于第二个问题，从疾病出发找microRNA，我们可以通过mirwalk中验证模式下检索：

选取疾病：

结果就有了：

我们下面换另外一个数据库：HMDD：人microRNA和疾病数据库。

（网址：http://www.cuilab.cn/hmdd）

我们可以从microRNA和疾病这两个方面检索：

从这个数据库中，我们把microRNA、靶基因和疾病的信息数据下载下来：

表格为

我们只保留microRNA、targetgene和Disease这三列信息，这是我们拿到的第二个表格。

这样，分别通过mirwalk和HMDD这两个数据库我们拿到了以下信息：

1. mirwalk：pathway-microRNA-targetgene

2. HMDD：disease-microRNA-targetgene

其实我们还介绍过一个数据库如何查疾病（Disease）相关的信号通路（pathway），（国科金写作，如何根据疾病选信号通路？），这样就有了第三部分信息：

3. Malacards：pathway-disease

所以，我们把这三个数据库中的信息进行整理取交集，这样一个涵盖了pathway、disease、microRNA和target gene四部分信息的数据就有了。

最后我们用cytoscape把pathway、disease、microRNA和target gene四部分的信息给绘制成网络图就可以了，关于cytoscape的使用方法，大家参考这两篇文章：

我们下期介绍用cytoscape绘制包括了pathway、disease、microRNA和target gene四部分的信息的网络图。

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