研究miRNA，我的标书假说机制可以怎么样设计？

前几天，梦熊写过一篇标书写作没有思路？感受一下这些文章带来的科学假说 （点击查看），是从申请者个人已有资源出发，通过自己前期的工作基础、文章引出标书中的核心：科学假说。整个思路套用了文献的内容。今天，我们从miRNA角度出发，看看前期研究领域是miRNA，套用别人的思路应该如何设计科学假说。

对于miRNA研究思路，梦熊讲得比较片面，主要是想通过文章的思路来阐明问题。以两篇文章为例。

Oncogene. 2016 Oct 20;35(42):5501-5514. doi: 10.1038/onc.2016.90. Epub 2016 Apr 11.

Downregulated miR-506 expression facilitates pancreatic cancer progression and chemoresistance via SPHK1/Akt/NF-κB signaling.

文章中主要讲了下调miR-506的表达是促进胰腺癌进程以及化疗耐药的关键。

那么我们就从miR-506出发：由于miRNA可以特异性地结合mRNA，从而抑制靶基因的翻译，下调靶蛋白丰度。之前小张跟大家讲过，miRNA抑制靶基因水平有两种方式：miRNA降解了mRNA；miRNA吸附到mRNA抑制后者翻译，这里可以做一些验证工作。接着我们可以通过miRanda、TargetScan数据库预测，发现可能有很多的靶分子的mRNA能与miRNA结合，原则上，在这个地方应该有预实验。那么咱么直接引用作者的结果，找到了一个靶蛋白SPHK1。为什么是这个分子呢，其实可以对照自己的临床问题来进行选择，当然亦可从结果来反推（随便挑了个分子，发现它有耐药、转移、迁移，或凋亡等功能，这样也行），由于前期报道SPHK1与增殖、凋亡、化疗耐药相关的作用。

两个主角的关系已经确定，接着有两条路。往miRNA上游找，或者往SPHK1下游找。先说第一个：疾病的发生发展或耐药等，与miRNA的异常表达、稳定性有关，那么是什么情况导致了miRNA的异常呢？比如lncRNA Sponge作用，很经典吧；pre-miRNA剪切等。注意这里需要考虑到下游靶分子的表达变化情况。其二，往SPHK1下游走。已经报道SPHK1能促进由Akt/NF-κB通路依赖的细胞增殖与凋亡作用，而预实验已经证明SPHK1能促进细胞增殖，抑制凋亡。那么总体假说线路：miR-506下调-SPHK1上调--激活Akt/NF-κB通路促进胰腺癌进程。

miR-506调控Akt/NF-kB通路在胰腺癌化疗耐药中的功能及机制研究

Nucleic Acids Res. 2016 Nov 29. pii: gkw1093. [Epub ahead of print]

Histone demethylase PHF8 promotes epithelial to mesenchymal transition and breast tumorigenesis.

下面讲的内容，跟原文并不一致。主要从文章中撷取结果，大开脑洞。

我们从自己已有基础出发，前期工作筛选到了一个miR150，发现过表达它能抑制EMT作用。通过预实验发现，miR-150能抑制PHF8表达，而且MYC与PHF8的表达呈正相关，预测发现miR-150能分别跟MYC、PHF8的mRNA结合，那么猜测MYC上调后，其mRNA能竞争性结合miR-150，促进了PHF8的翻译。而PHF8是组蛋白去甲基化酶，它能激活EMT作用。实验发现，PHF8上调后，能促进EMT核心蛋白SNAI1、ZEB1，猜测PHF8通过去甲基化作用，去除了SNAI1、ZEB1启动子区组蛋白的赖氨酸甲基化水平，对两个蛋白进行了转录激活。

整体的主线是这样的：MYC-miR-150-PHF8-SNAL1-EMT

MYC的mRNA吸附miR-150，使得PHF8的表达上调，促进SNAL1启动子区组蛋白的去甲基化作用，使得SNAL1的转录激活，提升EMT作用。

MYC/miR-150/PHF8信号轴在乳腺癌肿瘤进程的作用及机制研究

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