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这么强大的网站,居然还不会用?

2016-12-28 小张 小张聊科研

如题,今天我们来介绍Starbase:http://starbase.sysu.edu.cn/index.php


这个网站我们在(资源帖)S5E28: lncRNA常用数据库大盘点(上)提到过,但是没有深入展开,此网站甚是强大,当为研究非编码RNA必备神器之一。下面我们重点看最常用的四大功能:

一、根据microRNA找非编码RNA(比如lncRNA,circRNA等)

二、根据microRNA找mRNA靶点;

三、查找ceRNA调控分子;

四、查找RNA的结合蛋白;


下面我们直接看例子:


一、根据microRNA找非编码RNA


在上图选择miRNA-lncRNA互作,我们以miRNA 125a-5p为例,选择miRNA 125a-5p:


选择筛选的严格程度, 我们按照最低的:low stringency:


接下来:


选择在14种肿瘤中,至少出现1个,lncRNA可以空着:


点击Search,出现两条:


一个是Targetsite,


单击显示具体的结果:


然后选择Cancer Num:


这里显示的是hsa-miR-125a-5p和XIST(lncRNA)表达负相关,r=-0.159,P=0.0156。接着点击Expression Profile:


选择Cancer Type肿瘤类型和Chart Type图标类型,这里我们选择Boxplot箱式图:



当然,如果大家觉得只有Xist和NEAT1两条lncRNA,数量少些,那可以把肿瘤数量设置为0:


这样出来的lncRNA就多了,出现了27条lncRNA:




二、根据microRNA找mRNA靶点


我们选择miRNA-mRNA interaction,同样的设置:


预测到954个mRNA:


我们看到这里的预测软件是Pictar,RNA22,PITA和MiRanda,单击第一个基因SEMA4D的CancerNum也可以看到结果:


同样也可以看到microRNA和mRNA的表达相关性:




三、查找ceRNA调控分子;

ceRNA的作用机制我们以前介绍过:聊科研系列•第三期: 竞争性内源RNA(敌之敌,即吾之友)

在ceRNA network中,我们以FOXO1为例:


然后搜索:


单击ceRNA type,我们看到有三条circRNA和3条lncRNA:

我们分别单击MALAT1的P value和CancerNum,两者有18条共同的miRNA:


肿瘤数量跟我们前面看过的一样:




四、查找RNA的结合蛋白;



我们选择第一项protein-lncRNA interactions,可以选择结合蛋白:


也可以直接输入lncRNA:

结果就出来了:


单击CancerNum确定蛋白与lncRNA表达相关性:



好了,今天的内容就到这里了。



That's all. Thank you!


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