Graphpad制作生存曲线,你值得拥有!
对于大多数博士研究生来说,发表一篇有影响力的论文是非常令人向往的事情,当然,论文是没那么容易发表的,除了扎实的实验数据,你还得学会怎么去处理数据,以漂亮的方式展现给编辑,这其中就涉及科研作图的问题,今天笔者给大家分享一下如何使用Graphpad花式作图(重在分享经验,求勿喷)。
下面以使用Graphpad Prism 6软件作生存曲线图为例给大家讲解一下。
作图首先来源于实验数据,比如给两组小鼠(分别为group1和group2)药物来诱导小鼠死亡,连续跟踪7天,观察小鼠的死亡情况,1表示死亡;0表示没死。
Days | group1 | Group2 |
1 | 1 | |
2 | 1 | |
3 | 1 | |
4 | 1 | 1 |
5 | 1 | |
6 | 0 | |
7 | 0 |
根据以上观察的结果就可以使用Graphpad作图来比较两组的生存率是否有变化。
打开Graphpad Prism 6软件,选择survival作图一栏,点击下方create创建一个新的工作界面。
此时便可将之前观察到的数据填入作图软件中。X轴表示死亡时的天数。同样,1表示死亡;0表示没死。
点击左下方的Date 1便可以获得作图结果。
在左边survival of Data 1一栏中寻找curve comparison这一栏还可以获得数据的分析结果,是否有显著性差异以及p值的大小。
可以看到,通过mantel-cox分析,group 1和group 2两组具有显著性差异,p值为0.0169。
当然,这是在两组的情况下,在你获得结果时便可自动计算出p值,但是如果多组的话便需要你自己进行两两比对,如下以三组为例,将实验数据填入软件中。
点击上方的Analyze,找到survival curve一栏,这样便可以选择想比较的任何两组,去掉group2,比较剩下的两组。
选择ok后,可以看到input一栏,在上方我们使用1表示死亡;0表示没死。因此在Death/Event一栏填1,censored subject一栏填0。
Output一栏中,选择常用的95% Cl后由两个选项,一般选择Asummetrical。
点击ok后,我们便可以获得group 1 和group 3的比较结果,同样也具有显著性差异,p值为0.0124。
生存曲线在临床医学中经常会用到,小伙伴们可以试试额。
相关阅读:
长按二维码识别关注“小张聊科研”
关注后获取《科研修炼手册》1、2、3、4、5、6、7。