如何看懂和绘制火山图？

火山图（Volcano Plot）是大家在文章里面经常看到的图，特别是在展示差异表达的基因时，常常出现在芯片、测序等组学检测技术的结果中，与热图等等常一起出现：

下面我们就说明下如何看懂和绘制火山图。

标准的火山图常用于展示显著差异表达的基因，这里有两个关键词：显著是指P<0.05，差异表达一般我们按照Fold Change(倍数变化)>=2.0作为标准。

当我们拿到基因表达的P值和倍数后，为了用火山图展示结果，一般需要把倍数进行Log2的转化，比如某基因在实验组表达水平是对照组的4倍，log2（4）=2，同样的如果是1/4，也就是0.25，转换后的结果就是-2。

同样的道理，对P值进行-log10的转化，-log10（0.05）约等于1.30103，由于P值越小表示越显著，所以我们进行-log10（P value）转化后，转化值越大表示差异约显著，比如-log10（0.001）=3  >  -log10(0.01)=2 >  -log10(0.05)=1.30。

下面是一个比较标准的火山图：

在上面这个图中，横轴是log2（FC），纵轴是-log10（P value），每个点代表一个基因，平行于Y轴的两条线分别是X=1和X=-1，在X=-1左侧的点是下调2倍以上的基因，在X=1右侧的点是上调2倍以上的基因。同时，平行于X轴有一条虚线Y=1.30，即-log10(0.05），在虚线以上的点表示显著性<0.05的基因。

这样，我们就把虚线Y=1.30以上，X=1右侧和X=-1左侧的基因标记为表达显著差异的基因，一般我们把大于2倍（X=1右侧）的点标记为红色，把小于-2（X=-1左侧）的点标记为绿色，一些我们特别关注的基因需要把基因名标记出来。

下面我们看一下火山图的绘制。

使用工具：Graphpad Prism，数据：Volcano Plot.xls（链接: https://pan.baidu.com/s/1i5zLfHN 密码: 4fb1）

这里我们用的是Graphpad 6.0版本，把Excel中的数据复制进来：

然后进行绘图，选择散点图：

这是草图：

接下来我们开始设置：

1. 双击Y轴，在打开界面Format Axes//Frame and Origin中，把Set origin设置为Lower left：

结果：

2. 下面我们添加X=-1，X=1和Y=1.30103的虚线。

还是在刚才的界面中，X axis中：

Left Y axis中：

双击虚线，设置格式：

设置后的新图：

3. 设置点的大小和颜色：

双击任意点，在打开的对话框中选择点的大小：

分别右键单击某个点：

这里我们可以设置这个点的颜色、形状、大小，这个点的基因名通过Show Row Title来设置，通过这样的方法可以把显著表达高于两倍的设置为红色，把显著低于2倍的设置为绿色，也可以把我们感兴趣的基因另外标记为上三角和下三角：

4. 调整格式，导出图片：

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