没做一个实验,背靠背发了两篇32分的nature子刊
对于众多医学生来说,meta分析算是一块鸡肋,食之无味,弃之可惜。由于很多杂志都将meta算作review,因此它再也不能获得博士毕业之友的称号了,然而,近期却有课题组将meta分析背靠背发表在nature子刊naturemedicine杂志上,影响因子为32.621,无须做任何实验就将文章发表在子刊上,请注意是以articles的形式发表的,下面我们一起来欣赏一下这两篇杰作。
第一篇文章于2019年4月1日发表,文章题目为《Meta-analysis of fecal metagenomes reveals global microbial signatures that are specific for colorectal cancer》,通讯作者是欧洲分子生物学实验室的Georg Zeller教授和Peer Bork教授以及丹麦哥本哈根大学Manimozhiyan Arumugam教授。
研究背景:越来越多的研究表明肠道微生态与人类多种疾病密切相关,一些疾病的发生经常伴随着肠道微生态的改变,特别是在结肠癌发生的过程中,肠道微生态显著变化,但是由于人们的生活环境,饮食结构以及基因背景的不同,部分研究结果会出现较大的差异,这导致通过肠道微生态来预判结肠癌发生的策略无法实现。如何对不同的研究结果进行归一化处理,获得全球通用的预测结肠癌发生的方法一直是科学家们热衷探究的问题。
研究结果:为了分析出在结肠癌发生过程中肠道微生态变化的普遍趋势,作者选定了先前已经报道的几项研究,这些研究分别对患有结肠癌的法国人、澳大利亚人、中国人、美国人、德国人、意大利人和日本人的粪便进行宏基因组测序,本文作者获取这几项研究的宏基因组测序结果。
首先作者分析哪些肠道微生物在结肠癌患者的粪便中含量较高,通过对392名健康的人群和386名结肠癌患者粪便的宏基因组结果进行分析,作者发现94种肠道微生物有差异,错误发生率(FDR)低于0.005,其中有29种显著变化,FDR小于1×10−5。
接下来作者对这显著变化的29中肠道微生物进行种属分类,发现他们分属四种菌群,这将大大简化预判测定。
肠道微生物与机体互作常常依赖于微生物的代谢产物,因此作者想探究在结肠癌方式的过程中是否存在代谢产物的变化。通过对574个肠道代谢产物结果进行定量分析,作者发现在结肠癌发生的过程中,多种代谢分子和代谢通路发生显著变化,主要包括氨基酸降解途径、碳水化合物降解途径、糖蛋白和有机酸,这将大大简化了结肠癌预判方法。
第二篇文章同样于2019年4月1日发表,文章题目为《Meta genomic analysis of colorectal cancer datasets identifies cross-cohort microbialdiagnostic signatures and a link with choline degradation》,通讯作者是意大利特兰托大学的Nicola Segata教授。
研究背景:癌症的早期诊断一直是科学家们热衷的问题,但是由于没有通用且精确的诊断的标志,癌症预判一直难以准确实现。近些年来,随着肠道微生态与癌症发生之间的联系越来越紧密,有大量研究指出在结肠癌发生的过程中,肠道微生态会显著变化,但由于各种外在因子和内在因素的不同,这些结果难以形成普遍的诊断标准。
为了揭示肠道微生态和结肠癌发生之间的关系,作者获取了目前已经公开的5个数据库和2个新增簇群的宏基因组结果。
通过对969个粪便宏基因组结果进行分析,作者发现有16种微生物差异较为明显。这就暗示未来可以用这16种微生物作为结肠癌发生的预诊断标志,无需对粪便进行整个宏基因组测序就能精确的判断癌症的发生。
为了进一步简化癌症预判方法,作者对肠道代谢物组学进行分析,发现在结肠癌发生的过程中胆碱代谢途径、糖异生途径和发酵途径显著增加,而淀粉降解途径显著降低。
总结这两篇文章,作者通过对目前已经公开发表的宏基因组测序结果进行总结归一分析,充分展示了结肠癌发生和肠道微生态之间的关系,为结肠癌的诊断提供精确且普遍适应的标准,具有非常重要的意义。
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