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高分生信SCI不做实验的秘密:样本量、泛癌、交叉验证和分析思路

The following article is from 科研讲坛 Author 猫头鹰博士

0近几年纯生信的文章如雨后春笋般遍地开花,因为会的人越来越多,各种培训班,但是生信文章也是良莠不齐的,我们通过检索pubmed数据库,发现现阶段纯生信套路文献大致分为miRNA、DNA甲基化、lncRNA、circRNA的ceRNA、分子标志物模型、SNP及拷贝数变异等等。

但是高分的文章毕竟还是少的,那么高分文章究竟有什么秘密呢?我们今天就以m6A科研热点的生信文章为例讲解。
像那些23分的水刊咱们就不看了,直接上10分的文章感受一下


m6A甲基化酶复合物主要分为3大类:
1)“书写”(Writer),甲基化转移酶(methyltransferase)主要包括METTL3、METTL14、WTAP等;
2)“擦除”(Eraser),去甲基化酶(demethylase)。主要包括FTO、ALKBH5等
3)“阅读”(Reader),种特定的RNA结合蛋白能够使m6A修饰的RNA发挥特定的生物学功能,主要包括YTHDC1、YTHDC2、YTHDF1、YTHDF2等。


来看看这篇文章的泛癌症研究中m6A相关纯生信文章,怎么能够发到这么高的分数。
首先我们看到了,这里总共包含了33种肿瘤类型,至于有哪些基本上就是TCGA中的那些。

那么这么多肿瘤中,和m6A相关的那些个基因突变频率和CNV情况如何呢?如上图。

下面这幅图呢,就是m6A相关的蛋白在33种肿瘤中的差异表达情况,可以看到表达差异最大的最多集中在了Readers区哪几个基因上,然后单独把IGF2BP3在各个肿瘤中的表达情况通过箱式图进行了展示。


然后作者又将readers、writers、erasers这些蛋白的PPI网络、表达相关性进行了分析:


显然大部分的m6A功能蛋白之间是显著正相关的。


作者又将readers、writers、erasers这些蛋白和肿瘤相关的正负相关通路做了一个富集分析,显示出了紧密的联系。


最后作者通过生存预后分析的结果,将33种肿瘤中各个蛋白与差预后的关系通过红蓝色块展示,红色为正相关,蓝色为负相关。C图和D图是单独的肾癌中m6A相关蛋白的聚类热图以及总的生存分析图。


那么我们可以做的就是将这些基因分别放到33种肿瘤中去单独深入分析,也能出不错的数据分析的结果。
所以大致我们能知道,高分纯生信SCI的套路一般是:
  1. 泛癌研究

  2. 样本量巨大

  3. 不同数据库交叉验证

  4. 展示的组图养眼舒服、简单明了


如果你有意向可以来找我们团队的生信博士进行切磋。

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