惊喜!贺永教授团队给全球科学家提供免费使用GRETNA软件
人脑连接组旨在描绘人脑的结构和功能连接模式,揭示正常和疾病状态脑网络的运作机制,为理解脑认知功能的神经环路基础,探索脑发育、脑老化和脑疾病的机制提供新思路和新方法。近二十年来,得益于无创脑成像技术的发展,研究者可以基于多模态脑影像数据构建脑结构和功能连接网络,并在基于图论的复杂网络分析框架下解析人脑网络的连接模式。
然而,基于神经影像的脑网络构建、计算分析和统计方法较为复杂,相应的计算分析软件也较为匮乏,使得很多研究者在开展脑连接组学研究工作时面临较大的困难。
针对这些问题,北京师范大学认知神经科学与学习国家重点实验室贺永教授团队,开发了具有自主知识产权的神经影像脑连接组分析软件——GRETNA(Graph Theoretical Network Analysis)(Wang et al. 2015),并发布在著名的神经影像工具网站NITRC上供用户免费下载:http://www.nitrc.org/projects/gretna/。
图1:GRETNA软件下载页面
图2:GRETNA主界面
GRETNA包含四个主要的功能模块:脑功能连接矩阵构建、脑网络拓扑属性计算、脑网络指标统计分析和脑网络指标绘图模块。
1. 脑功能连接矩阵构建模块
图3:脑功能连接矩阵构建界面
2. 脑网络拓扑属性计算模块
图4:脑网络拓扑属性计算界面
3. 脑网络指标的统计分析模块
图5:脑网络指标统计分析界面
4. 脑网络指标绘图模块
图6:脑网络指标绘图界面
图7:脑网络指标绘图结果示例
根据NITRC网站的统计,GRETNA软件目前下载量达到4200余次,已被神经影像、神经科学、神经精神疾病等领域的国内外研究者广泛采用。
GRETNA软件作为我国具有自主知识产权的神经影像和脑连接组分析平台,正在为该领域的国内外研究者提供极大便利,也将会为推动该领域的快速发展做出重要贡献。
2015年,在国际神经科学年会上,GRETNA被MathWorks公司遴选为12个基于MATLAB的高质量神经科学工具包之一,进行重点介绍和展示。
图8:MathWorks公司在2015年国际神经科学年会上展示GRETNA软件
新版GRETNA软件即将在近期发布,添加了多个新功能并制作了简单易用的操作手册,敬请密切关注(http://www.nitrc.org/projects/gretna/)!
如果您在研究工作中使用了GRETNA软件,请引用该软件和相关论文。
注:GRETNA软件包主要开发人员:王金辉、王鑫迪等,操作手册主要撰写者:刘瑾、王鑫迪、曹淼等。
参考文献:
Gretna Toolbox: http://www.nitrc.org/projects/gretna/.
Wang J, Wang X, Xia M, Liao X, Evans A, He Y (2015) GRETNA: a graph theoretical network analysis toolbox for imaging connectomics. Front Hum Neurosci 9:386.
图文编辑:贺永教授团队
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