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生信技能树转录组板块学习小组招募启事

2017-02-22 华农-钱胜 生信技能树

在我发布生信技能树(http://www.biotrainee.com/)版主团队招募令后,有不少同学积极响应,希望可以报名,或多或少的承担一些内容建设任务,我非常感动。

但是,考虑到大部分人的决定都只是三分钟热度,我们尝试首先给部分版主配备一个工作团队,如果效果理想再做推广。


版主招聘详情见:生信技能树论坛版主全球火热招募ing (点击链接查看)




以转录组板块为例(以下内容来自版主钱胜,未做删改):

我是生物技术背景,目前大四,但是我们在基地班现在已经算研一,现在也相当于转行做生信。从去年10月左右开始入手,进展比较缓慢,现在只学会了Linux 和 RNA-seq的分析,接下来准备自学CHIP-seq数据分析。

我觉得到现在学到最重要的一点不是什么技术,而是不懂的问题要学会自己搜索解决这样一个观点。起初进入生信菜鸟团是我想找一个生信的群来学习请教,而在qq群里面自己找的。我也听过你R语言处理表达的课,你学习的深度广度和分享精神我很钦佩。我也想在生信领域里面学到更多,博士毕业能出国去深造。

现在的我肯定没实力当一个版主,但还是大胆给你发邮件,申请在转录组版块学习,申请给版主当小助理,这样也是激励自己,我也看了你写的系统整理一个领域资料的想法,受益匪浅,以后学过什么我也会及时在技能树里面分享。



虽然,华农的钱胜同学一再谦虚不能胜任转录组版主,我仍然坚持相信他的能力!因为他学会了我最重要的技能:搜索!

转录组的资料,我这边数不胜数,大家看我博客的博文历程,也知道我就是靠转录组入门生物信息学的,这也是一个缘分。

我希望可以跟他一起招募一个团队把这件事做好!


暂定的学习小组学习大纲:


  1. 什么是转录组测序,基本原理,现在分为哪几种,有什么优缺点,比如一次测多少bp,每个平台测序数据质量如何;

  2. 转录组测序数据有哪些格式,分析有哪些步骤,会用到哪些软件,比如tophat与bowtie相比好在哪里,在R里面可以使用哪些软件分析,比如:hisat2(比对参考基因组) ->HTSeq-count(计算reads) ->DESeq2(标准化后差异表达分析),最后再进行GO和KEGG分析。hisat2匹配率达到多少算比较好的,它和StringTie、Ballgown的区别在什么地方,DESeq2包可以自动跑完,但它里面又隐含了哪些步骤,GO和KEGG需要怎么做;

  3. 找公共数据库下载数据动手处理,看看会遇到哪些问题,怎么解决。

  4. 分析完学会写总结,及时关注相关分析软件的升级和新工具的产生,区分辨别。


对于以上内容,我这里会提供一系列视频,流程代码,PDF书籍,公司结题报告供大家学习。

希望有责任心的小伙伴仔细思考一下是否愿意完全掌握一门分析方法,并且系统性的总结出来!

如果你愿意加入这样一个学习小组和大家一起学习,并且承诺分享自己的学习心得和总结,可以和转录组版主钱胜同学联系。

联系邮箱:qians@webmail.hzau.edu.cn


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