生信编程直播第12题：json格式数据的格式化

json数据大家统一用我给的测试数据，自己在浏览器打开下载：http://biotrainee.com/jbrowse/JBrowse-1.12.1/sample_data/json/modencode/modencodeMetaData.json

范例如下：

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{    "types" : {       "data set" : {          "pluralLabel" : "data sets"       }    },    "items" : [       {          "technique" : "ChIP-chip",          "factor" : "BEAF-32",          "target" : "Non TF Chromatin binding factor",          "principal_investigator" : "White, K.",          "Tracks" : [             "fly/White_INSULATORS_WIG/BEAF32"          ],          "submission" : "21",          "label" : "BEAF-32;Embryos 0-12 hr;ChIP-chip",          "category" : "Other chromatin binding sites",          "type" : "data set",          "Developmental-Stage" : "Embryos 0-12 hr",          "organism" : "D. melanogaster"       },       {          "technique" : "ChIP-chip",          "factor" : "CP190",          "target" : "Non TF Chromatin binding factor",          "principal_investigator" : "White, K.",          "Tracks" : [             "fly/White_INSULATORS_WIG/CP190"          ],          "submission" : "22",          "label" : "CP190;Embryos 0-12 hr;ChIP-chip",          "category" : "Other chromatin binding sites",          "type" : "data set",          "Developmental-Stage" : "Embryos 0-12 hr",          "organism" : "D. melanogaster"       },

因为帖子长度有限，我就只截取了一部分，请自己下载查看，如果是完整的json，可以用在线工具查看结构：

如果不懂json格式的，请自行搜索哈，现在TCGA在GDC的metadata信息，就是json格式的。

我们需要从这个json文件里面提取：technique factor target principal_investigator submission label category type Developmental-Stage organism key  这几列信息，当然，是可以用正则表达式做的。
完成之后应该是：http://biotrainee.com/jbrowse/JBrowse-1.12.1/sample_data/json/modencode/modencodeMetaData.csv 同样可以在浏览器打开并且下载用excel查看哈

我就不多做介绍了，主要难点在于理解json，本次作业，推荐大家用已有的包，正则表达式虽然可以做，但是太麻烦了~

给一个perl代码如下；

[Perl] 纯文本查看 复制代码

01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22

#!/usr/bin/env perl use strict; use warnings; use autodie ':all'; use 5.10.0;   use JSON 2;   my $data = from_json( do { local $/; open my $f, '<', $ARGV[0]; scalar <$f> } );   my @fields = qw( technique factor target principal_investigator submission label category type Developmental-Stage organism key );   say join ',', map "\"$_\"", @fields;   for my $item ( @{$data->{items}} ) {     $item->{key} = $item->{label};     no warnings 'uninitialized';     for my $track ( @{$item->{Tracks}} ) {         $item->{label} = $track;         say join ',', map "\"$_\"", @{$item}{@fields};     } } 希望有同学可以推陈出新，不要局限于我们的作业。 可以自己下载TCGA的metadata信息，自己尝试提取，格式化。 点击阅读原文可以查看其他同学提交的作业！ 历史题目： ps：历史题目都可以点击阅读原文可以查看其他同学提交的作业！ 而且，这个是最后一题啦