GATK中文社区招募-第一波

前些天gatk官网放出了征求中文社区合作伙伴的消息，作为生物信息学领域最活跃的中文社群，我们当仁不让的要接下这茬。GATK流程是目前科研界+工业界应用最广泛变异位点识别流程，而且是由大名鼎鼎的broad开发和维护，非常具有学习参考使用价值。

首先介绍一下我们的计划：

建设协作论坛

采用开源论坛系统Flarum建设GATK中文社区，该论坛所有帖子将以markdown代码形式发帖，所有的markdown源代码都会同步存放在此github的organization的这个project下面。GATK中文社区地址是：http://gatk.com.cn/ 对应的broad的GATK主页是；https://software.broadinstitute.org/gatk

建设协作github

因为论坛都是以markdown写作，所以源代码很容易上传保存到统一的github合作仓库。https://github.com/gatk-chinese/forum

• faq

• tools

• tutorials

• methods

• others

• Images （存储上面5个文件夹的所有图片，做图床）

我们在github建立的5个存放markdown源代码的文件夹，对应着下面的GATK官网的5块知识点。下面介绍一下GATK官方的工作

文档

• 约40多个最常见的用户问题Frequently Asked Questions

• 约30多个官方教程Step-by-step instructions targeted by use case

• 约20多个专有名词解释

• 一些PPT和youtube视频下载 存放在 the GATK Workshops directory 需要翻墙！

这个工作量是最大的，需要GATK熟手才能比较流畅的翻译加工。我已经在自己的社交圈物色了3名不错的人才负责这部分知识点，同时也欢迎读者推荐自己或者认识的高手加盟，我会认真对待这个合作。

套件的工具

GATK涉及到了对高通量测序数据寻找遗传变异位点过程的方方面面，不过绝大部分用户用到了就是GATK对bam文件的一个再处理，还有UG或者HC模式的变异寻找工具。

• Diagnostics and Quality Control Tools

• Sequence Data Processing Tools

• Variant Discovery Tools

• Variant Evaluation Tools

• Variant Manipulation Tools

这个主要是工具的帮助文档的翻译，理论上谷歌翻译+人工修改就可以了，并没有涉及到过多的生物信息学知识点，对经验要求也不高，大部分都是工具的参数的解读。这个版块需要比较多的志愿者参与，欢迎联系我邮箱 [e-mail] 获取参与细节，来信请务必做好一定程度的自我介绍。

用法及算法

这个版块与其官方教程部分重叠，但是侧重于对步骤细节的理解以及取舍，对变异位点识别原理的掌握要求也很高。目前处于待定状态，可能需要专家加盟，甚至需要部分从事遗传咨询研究的朋友合作翻译，而不仅仅是做数据处理的生物信息学家。

最佳实践

这里准备结合几个项目数据分析实际案例来讲解如何应用GATK官网推荐的最佳流程。

博客

主要是GATK官方维护小组的人会在上面发布一些关于GATK的动态，版本，小故事，会议等等。并不在我们的翻译计划中。

论坛

这里有全世界各地不同生物信息学水平的遗传变异研究者对于GATK，但不限于该软件使用方法的各种讨论。目前也不在我们的翻译计划中。

由于扫描二维码会进入一堆打秋风的人，就不公布二维码啦，有意者请首先email联系我发自我介绍，再加微信，再拖入协作微信群哈。有过协作经验的优先，必须要有WGS/WES等实战经验。

也可以点击下面的阅读原文star我们的github项目，关注我们的动态