生信技巧第06课-你可能需要学一点编程

Original 生信技能树生信技能树 2022-06-07

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不知不觉就第6讲了，本次视频还是有干货的，毕竟是某人花了50块钱找我给他录制的，你看完就相当于赚了50块钱哦！

理论上我推荐大家一定学会R语言的，本次视频我虽然讲解的是perl，但实际上是在讲解编程思维，请仔细听

本期视频，http://v.qq.com/x/page/q0666fu082m.html （复制这个链接在浏览器打开观看，当然，腾讯视频会给你看一分钟广告，无解！）

perl -alne '{if($F[2] eq "transcript" ){/transcript_id\s\"(.*?)\"/;$transcript_id=$1; /FPKM\s\"(.*?)\"/;$fpkm=$1; /cov\s\"(.*?)\"/;$cov=$1; print "$transcript_id\t$fpkm\t$cov" } }' A172D2_1.gtf|head
perl -alne '{if($F[2] eq "transcript" ){/transcript_id\s\"(.*?)\"/;$transcript_id=$1; /FPKM\s\"(.*?)\"/;$fpkm=$1; /cov\s\"(.*?)\"/;$cov=$1; } else{$c{$transcript_id}++;$l{$transcript_id}+=(abs($F[4]-$F[3])+1)} } END{print "$_\t$c{$_}\t$l{$_}" foreach keys %c}' A172D2_1.gtf|grep ENST00000446136.1
perl -alne '{if($F[2] eq "transcript" ){/transcript_id\s\"(.*?)\"/;$transcript_id=$1; /FPKM\s\"(.*?)\"/;$fpkm=$1; /cov\s\"(.*?)\"/;$cov=$1; $f{$transcript_id}=$fpkm;$c{$transcript_id}=$cov } else{$c{$transcript_id}++;$l{$transcript_id}+=(abs($F[4]-$F[3])+1)} } END{print "$_\t$c{$_}\t$l{$_}\t$f{$_}\t$c{$_}" foreach keys %c}' A172D2_1.gtf|grep ENST00000446136.1
perl -alne '{if($F[2] eq "transcript" ){/transcript_id\s\"(.*?)\"/;$transcript_id=$1; /FPKM\s\"(.*?)\"/;$fpkm=$1; /cov\s\"(.*?)\"/;$cov=$1; $f{$transcript_id}=$fpkm;$c{$transcript_id}=$cov } else{$counts{$transcript_id}++;$l{$transcript_id}+=(abs($F[4]-$F[3])+1)} } END{foreach (keys %c) {next if $f{$_} <1;next if $c{$_} <3; next if $counts{$_} <2;next if $l{$_} <200;print "$_\t$counts{$_}\t$l{$_}\t$f{$_}\t$c{$_}" }}' A172D2_1.gtf >need.transcripts
完美解决问题
读取文件
默认变量，关键词
按列拆分
判断语句
循环语句
①FPKM>=1;
②cov >=3;
③exon>=2；
④exon总长度>=200
解析需求
熟悉语法
不停的调试