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ATAC-Seq入门加高阶传送门

生信技能树 生信技能树 2022-06-06

还记得生信技能树的传送门系列吗?转录组、甲基化、ChIP-Seq、lncRNA、编程实战、还有已经在更新中的Hi-C……

传送门系列

几乎大家关心的数据分析都可以在大树里找到入门和进阶教程。最近看到小伙伴们很希望看到完整的ATAC-Seq分析教程,甚至在某群里呼吁众筹。

虽然说所有的NGS数据分析都有类似的道理,ATAC-Seq和ChIP-Seq更是具有相似的分析方法,但是小伙伴们在实战中可能仍然有困惑:

  • ATAC-Seq与ChIP-Seq的异同在哪里?

  • 用和ChIP-Seq一样的参数Call peaks正确吗?

  • 得到peaks后怎么进行质量评估?

  • 样本内的重复怎么处理?

  • 样本间的差异怎么分析?

  • 怎么对peaks进行功能注释分析?

  • 如何找motif?

  • ATAC-Seq和ChIP-Seq和RNA-Seq的整合分析怎么做?

以上一些困惑也是我在学习ATAC-Seq分析时遇到的问题,期间自己查资料、参加相关讲座和培训,这些困惑逐渐被揭开,就开始整理这些资料,资料整理的时候发现了一处宝藏——Harvard Chan Bioinformatics Core (HBC)的深度NGS数据分析课程,该课程的第5部分是关于ChIP-Seq,仔细看了一下内容,非常赞,整体思路和绝大部分分析方法都适合ATAC-seq。

而这个课程生信技能树里是推荐过的 彻底入门生物信息学,可能需要12天!

不知道有多少人看过这个课程?当时有很多人反映打不开相关链接,可能也有一部分人觉得英文看着不方便或是一个人学着没劲头。


这里就再次推荐这个课程,并以该课程的翻译为主,同时加上ATAC-Seq分析与ChIP-Seq的异同以及ATAC-Seq分析的一些心得,与大家一起学习并打造ATAC-Seq的入门和高阶传送门。

ATAC-Seq/ChIP-Seq整个分析的流程图:

接下来要更新的内容:

  • 第1篇:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同

  • 第2篇:原始数据的质控、比对和过滤

  • 第3篇:用MACS2软件call peaks

  • 第4篇:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(一)——phantompeakqualtools

  • 第5篇:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(二)——ChIPQC

  • 第6篇:重复样本的处理——IDR

  • 第7篇:用Y叔的ChIPseeker做功能注释

  • 第8篇:用网页版工具进行motif分析

  • 第9篇:差异peaks分析——DiffBind

  • 第10篇:ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析

  • 额外篇:文献推荐和解读

参考资料:

HBC深度NGS数据分析课程:
https://github.com/hbctraining/In-depth-NGS-Data-Analysis-Course
第五部分ChIP-Seq课程:
https://github.com/hbctraining/In-depth-NGS-Data-Analysis-Course/tree/master/sessionV/lessons

总共才 不到200篇文章

重点来了

我们生信技能树开始组建ATAC-Seq数据处理交流群哦,在这里你可以推荐一下好的文章例子,来号召大家一起学习,也可以拿到其他人推荐的好的资料,一起进步。


注意事项

看仔细,看清楚哦

1. 不是基础资料群,是合作提高群。

2. 提到的18.8元只是加入群聊的门票,不承诺任何

3. 务必备注姓名+单位+研究方向

4. 务必发送18.8元红包,文明加群,其它勿扰


备注:直接放群聊二维码容易出现各种垃圾广告号,只能委托技能树小编六六_ryx亲自来拉群聊,但是太浪费她时间,所以请务必发18.8元红包给她,而且需要等她有空时候拉群,请不要着急。

扫下面微信二维码添加好友,发18.8元拉群费用,请注明姓名+单位+研究方向。

其它投稿、合作等事宜请发送到邮箱:jmzeng1314@163.com


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