单细胞转录组探索小鼠性腺发育（逆向收费读文献2020-12）
2年前，考虑到科研路的艰难，我组建了文献阅读小组，广邀粉丝参与，从自身做起，开始学习及分享！感兴趣可以点击下面的链接跳转去了解详情：
逆向收费读文献社群 （2018-01-07）
逆向收费读文献社群（第二年通知）（2019-01-26）
大概有50人加入吧，成功坚持下来的朋友们累积了 200多文献阅读笔记，反而是公众号编辑忙不过来，所以大多数好的笔记无缘跟粉丝见面，不过我自己的笔记可以开绿色通道，现在开启系列连载：
本次更新的《单细胞转录组探索小鼠性腺发育》为2020 第十二周分享
单细胞转录组技术在发育生物学领域应用的最为成熟和广泛，单细胞领域大拿汤富酬就是在发育生物学方向颇有建树。本次要分享的两篇文章：2018, Cell Reports 和 2019, Cell Reports是同一个研究团队的成果，2018的研究是是取Tg(Nr5a1-GFP) 雄性小鼠的睾丸在 5个发育时间点 (E10.5, E11.5, E12.5, E13.5, and E16.5) 进行单细胞转录组测序，2019的研究是Tg(Nr5a1-GFP) 转基因小鼠的性腺在6个发育时间点 (E10.5, E11.5, E12.5, E13.5, E16.5, and post-natal day 6 [P6])。
Cell Rep. 2018 Feb ; Deciphering Cell Lineage Specification during Male Sex Determination with Single-Cell RNA Sequencing.
Cell Rep. 2019 Mar ; Dissecting Cell Lineage Specification and Sex Fate Determination in Gonadal Somatic Cells Using Single-Cell Transcriptomics.
性腺发育背景知识
在雄性性别决定过程中，Six1/Six4通过调节Fog2（Zfpm2）从而诱导Sry的表达；在性腺前体细胞形成过程中，Six1/Six4调节Nr5a1（Ad4BP/Sf1）的表达，从而影响性腺的大小。
性腺发育和配子发生是哺乳动物生殖的基础。性别分化前原始生殖细胞(primordial germ cell,PGC)迁移到性腺原基
雌性小鼠PGC在性别分化后增殖并进行减数分裂,出生前形成原始卵泡库,成为性成熟后卵子发生的来源
雄性小鼠的PGC在胚胎睾丸中发育成为精原细胞,出生后经过有丝分裂、分化、减数分裂和精子形成,最终形成成熟精子。
可以通过看综述来获得这些知识，比如：
单细胞转录组测序
这里是有FACS+C1的策略，如下：
5个发育时期的睾丸细胞分成6类
如下：
每类细胞都可以进行功能富集
通常是GO/KEGG等数据库的分析，如下：
热图展现每个类型细胞的标志基因
如下：
重建6类细胞的发育轨迹
如下，可以看到 Sertoli,Interstitial,andLeydigLineages 都是来自于同一个前体细胞
有了发育顺序，就可以继续细致的展示：early progenitors (from 0 pseudotime [vertical line at E10.5]) toward Sertoli (right) or interstitial (right) cell fate at E16.5.
基因通过k-means进行分组后，每组取平均值来进行热图可视化。
发育相关基因分组
We identified 1,734 genes presenting a dynamic expression over the pseudotime (q value < 0.05) and classified them according to their expression pattern (P1 to P9;
总结发育模型
Nr5a1-GFP +细胞谱系在雄性性别分化过程中的分化模型
在E10.5-E16.5的进化过程中，Nr5a1的祖细胞进行分化，分化为
Sertoli Cell 睾丸支持细胞
Interstitial Progenitors 间质祖细胞
Fetal Leydig Cell 睾丸间质细胞
这三类细胞
6个发育时期分类4类
如下：
使用同样的策略，可视化这4类细胞的marker基因，以及对它们进行功能定义，就是GO/KEGG数据库注释，如下：
两个数据整合分析
这个需要大量的发育生物学背景知识，略。
A
B
作者
健明
排版
小洁
忘了怎么分身
如果你对上面的图表完全无法理解，那么你可能需要下面的课程：