当 Salmon 构建 index 秒失败时应该反思哪里

既然大家感兴趣学徒培养细节，就连载一些学徒任务细节吧！
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下面的一个学徒作业

因为前面学徒处理人类数据airway发现了一个有趣的bug：你可能不适合做人（学徒给我的6个暴击）

所以让另外一个天资聪慧的学徒使用她的Windows电脑做一下，正好对应一下不同操作系统的差异，有趣的是salmon这样的软件，并没有Windows版本，所以无法使用conda安装在她电脑，不过还好她系统是Windows10，所以可以比较轻松的开启ubuntu子系统，也可以完成任务！

1. 下载参考转录组

关于转录组的salmon流程，需要看视频在 https://share.weiyun.com/5sh27An

参考转录组下载传送门：http://ftp.ensembl.org/pub/release-76/fasta/homo_sapiens/cdna/Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz

由于 wget 下载速度太慢，用了神奇的Motrix软件分分钟成功下载到本地。

就是来自技能树推文的安利之一，推文传送门：https://mp.weixin.qq.com/s/whx-n1ktT58WHhWAUa06dw （所以下次黑粉们不要瞎留言，说老大写的教程不好！！！你的良心不会痛吗）

软件就是它👇

然后直接将 Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz 拖到子系统的工作路径下。

2. Salmon 构建 index

假设已经装好了 Miniconda，按照生信技能树的教程走即可；

2.1 在小环境中安装 Salmon

conda create --name rnaseq
conda activate rnaseq
conda install -y salmon

2.2 构建 index

失败第一回

salmon index -t Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz -i homo38_index

[Error reading from the FASTA/Q stream. Make sure the file is valid.]

难道是文件不完整吗，抱着这种想法甚至重新下载了1n遍。

失败第二回

看了别人构建好的 index, 里面有 .json 文件，难道是和网速有关？

开着战五渣的手机热点，依然 [Error reading from the FASTA/Q stream. Make sure the file is valid.] .

失败最终回/成功第一回

(这个时候，必须说一下，一个经验丰富的工程师帮你排查错误是多么的有帮助，大神过来简单几个命令就找出问题所在了！)

查看文件详细信息：

ls -lh

没有权限，毫无权限。

那么就来修改权限🤦‍♂️

chmod 777 Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz

这是坠吼的成功信息：

salmon index -t Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz -i homo38_index

所以构建 index 秒失败应该反思哪里呢

• 文件完整性，有必要

• 网速，阔以，么得必要

• 文件权限，非常必要，尤其用了除 wget 以外的骚操作下载

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