作为华语圈最大的生物信息学社群创始人,我看过了太多单细胞转录组培训班,但那些培训都没有入门环节,默认学员具备R语言基础和转录组实战经验,直接就开始单细胞特色R包和流程灌输,不接地气,学生吸收效果有限。
而我们生信技能树出品的单细胞线下培训课,结合3天入门培训课(也就是目前全国巡讲的内容),由浅入深,使学员对linux和R基础有一定的认识后再学习单细胞课程,并支持五天全程班和两天单细胞专题两种报名方式。
时间:2019.7.22 - 7.26(周一到周五)
地点:珠海横琴澳门青年创业谷 17栋培训室B
1.为什么选择我们
“菜鸟第一步,生信技能树”!
生信技能树起源于五年前的博客生信菜鸟团,目前有数万粉丝公众号生信技能树和同名论坛,,是国内最早和最大的生信知识分享团队。创始人Jimmy是五年经验的生信全栈工程师,原创教程1w+,涉及RNA-seq、WES、scRNA-seq、ATAC-seq、WGS、TCGA、GEO等诸多方面,并汇集了优秀的线上线下团队持续学习和分享!
课程安排
第1-3天生信入门培训,课程设置等同我们备受欢迎的爆款入门:
第4-5天单细胞转录组及基因组文章复现,提前报名拿文章数据资料!
理论上我们精选的3篇文章能代表主流的单细胞研究数据处理:
单细胞基因组:http://www.bio-info-trainee.com/4381.html
Smart-seq单细胞转录组数据:http://www.bio-info-trainee.com/4340.html
10X单细胞转录组数据:http://www.bio-info-trainee.com/4089.html
Day1 R语言基础
R语言零基础入门
R语言简介、安装、Rstudio介绍
R语言基本命令
R数据类型与数据结构
R包理解、安装和使用
获取帮助、实用学习资源和方法
2. R语言进阶实战
读写文件
R语言作图
案例:热图、火山图、主成分分析
大样本批量操作技巧
tidyverse核心
Day2 Linux基础
Linux零基础入门
服务器登录
数据下载与上传
Linux基础命令
vim实用技巧
2. Linux进阶及Shell基础数据下载
正则表达式
sh脚本的书写与运行
循环脚本的后台提交和进程的管理
三大文本处理进阶命令:sed、grep、awk
fastq准备数据的下载
aspera高速下载SRA二代测序数据
fasta、gtf等不同数据的下载
常见数据格式的详细讲解
Day3 常规转录组实战
转录组基础与上游分析
测序的基本原理
转录组相关文章解读
结题报告解读
数据质控、过滤
数据的正误判断
2. 转录组下游分析
差异表达矩阵数据过滤
差异分析R包的使用
差异基因富集分析
数据可视化
Day4 单细胞分析part1-转录组
上游分析(Linux部分)
读文章,拿数据(分析三篇文章,涵盖主流的10X和Smart-seq2)
单细胞基因组文章数据分析复现
http://www.bio-info-trainee.com/4381.html
Smart-seq2单细胞转录组数据文章数据分析复现
http://www.bio-info-trainee.com/4340.html
10X单细胞转录组数据文章数据分析复现
http://www.bio-info-trainee.com/4089.html
10X Genomics的cellranger套件详细讲解
Smart-seq2如何从原始数据到表达矩阵
2. 下游分析(使用R包重现文章主要图表)
Seurat包
Monocle包
Scater包
Day5 单细胞分析part2-基因组
复现文章图片的R语言技巧
单细胞基因组分析
文章测序数据下载
数据质控、比对
比对好的bam文件质控
根据bam文件划窗口计算测序深度并去除GC含量的影响
图表复现:
文章图2:使用DNAcopy计算全局CNV
文章图3:单个病人所有细胞的PCA图
文章图4:单个病人肿瘤亚群
文章图6:单个病人所有细胞的聚类
文章图8:全部细胞的tSNE图
课程特点
长期学习,为大家解读目前现有的100篇单细胞CNS文献(见单细胞天地公众号)
10X单细胞转录组数据分析全流程重现
配套Fluidigm C1+SMART-seq2单细胞全套视频课程
市面上唯一的单细胞基因组数据分析,推断拷贝数变异以及探索肿瘤异质性及克隆进化
本课程覆盖转录组、基因组的主流平台及其应用,生信技能树创始人Jimmy亲自授课,2019年仅此一场,错过等明年!
注册费用
课程分为入门基础(3天爆款入门)和2天单细胞实战两部分,价格均为人民币3199元,五天全程参加优惠价是5199元。
如果只报名单细胞转录组和基因组实战,需要证明自己的R语言水平,一个很简单的考核,链接如下:
http://www.bio-info-trainee.com/4458.html
如果需要包餐包住,报名时备注好,住宿和餐饮需要协调,可以加入发票里面方便学员使用经费报销。
报名方式
还等什么,名额有限,赶快扫描下方二维码,微信添加小助手抓紧时间报名吧!
培训会场环境
会场地处粤港澳大湾区的横琴自贸区,临近珠海长隆度假区,与澳门隔濠江相望,气候宜人,环境优美。