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R语言公益课程之基础绘图

我在生信技能树公众号发的《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》给初学者的六步系统入门R语言,知识点路线图如下:
  • 了解常量和变量概念
  • 加减乘除等运算(计算器)
  • 多种数据类型(数值,字符,逻辑,因子)
  • 多种数据结构(向量,矩阵,数组,数据框,列表)
  • 文件读取和写出
  • 简单统计可视化
  • 无限量函数学习
考虑到有几个细节知识点大家自学会有一点困难,我们生信技能树团队恰好有时间,就做几次公益授课,带领大家一起学习哈。已经有的一个是:免费Linux直播培训 ,带领了五百多朋友购买了云服务并且成功使用了,现在进去,还是可以看录播的,里面也有我整理的很多Linux学习资料哈!

我们还有一个《R语言公益课程之基础绘图》,虽然说绝大部分入门了R语言的朋友,都实际上根本不需要使用R语言的base函数绘图。但是其实这个绘图本身,也是可以有很多玩法。

课程需要的基础知识

需要自行看配套书籍《R语言之书》,理解下面的4个知识点单元:
  • 了解常量和变量概念
  • 加减乘除等运算(计算器)
  • 多种数据类型(数值,字符,逻辑,因子)
  • 多种数据结构(向量,矩阵,数组,数据框,列表)
    差不多是需要把下面的400行代码在R里面运行一遍,理解它:
  • https://github.com/jmzeng1314/5years/blob/master/learn-R/tasks/1-guozi-400.R

课程主要的内容

就是我在生信五周年演讲素材给出来了600行的基础绘图练习代码:https://github.com/jmzeng1314/5years/blob/master/learn-R/tasks/2-chunjuan-600.R
dev.new()新建画板 
plot()绘制点线图,条形图,散点图. 
barplot( ) 绘制条形图 
dotchart( ) 绘制点图 
pie( )绘制饼图. 
pair( )绘制散点图阵 
boxplot( )绘制箱线图 
hist( )绘制直方图 
scatterplot3D( )绘制3D散点图. 
低级绘图函数: 
par() 可以添加很多参数来修改图形 
title( ) 添加标题 
axis( ) 调整刻度 
rug( ) 添加轴密度 
grid( ) 添加网格线 
abline( ) 添加直线 
lines( ) 添加曲线 
text( ) 添加标签 
legend() 添加图例
上面提到的这些函数基本上都有一系列的绘图参数(坐标轴、图例,颜色,性状,大小,空白,布局) , 非常繁琐,想掌握,花费的时间会非常多,大部分人直接跳到ggplot的绘图世界了,不想搞那么多底层绘图代码。但是我看过一个底层R绘图集大成者,就Combining gene mutation with gene expression data improves outcome prediction in myelodysplastic syndromes文章的作者的github里面有。

听课方式

老规矩,“R语言公益群”群的钉钉群号:32524659(2020-05-10,明天晚上八点,不见不散)

文末友情宣传

强烈建议你推荐我们生信技能树给身边的博士后以及年轻生物学PI,帮助他们多一点数据认知,让科研更上一个台阶:
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