(必看！)数据挖掘第3期（两天变三周，实力加量）
这里是生信技能树专为医学生/医生而准备的生信线上课程，如果你也想学习公共数据挖掘技能而苦于无人带领，想学习生信却对代码望而却步，这门课程可能是你最好的选择~
尽管很多生信宣传写着“无需学习R语言”，尽管很多声音会告诉你“网页工具就够用”，我们依然相信一分耕耘一分收获，生信博大精深，持续学习才是正道。当你有了更高的需求，网页工具无法满足时，就会看到R语言多么强大。
曾经被问过很多次，学R语言难么？没有基础行不行？
使用R语言的人大多不是专业的程序员，而是生物学家、统计学家们，难度并不像其他编程语言那么阔怕。另外，我们的课程是从零基础开始讲的，重要的并不是现在有没有基础，而是肯不肯付出足够的时间和精力，去学习，去练习，去思考。只要你有决心，肯行动，请相信我们有足够的经验和实力，为你保驾护航！
学生信最好的时机是6年前，其次是现在啊。
1 课程介绍
1.1 课程起源
生信技能树线下教学团队在生信菜鸟团博客、生信技能树论坛及同名公众号上万篇教程的基础上，经历 5 年沉淀和发展，又从线上走向线下，经过 20+场“生信入门课”全国巡讲线下培训的历练，探索设计了一套完全适合初学者入门且富有趣味的课程，循序渐进地带你越过初学生信的障碍，用优秀的数据分析与可视化技能为科研和工作增光添彩。
从 2019 年 11 月起，每月初的第一个周末（逢节假日有调动），我们团队都会在广州举办一次数据挖掘专场课程，小班授课；受疫情影响，线下培训无法按时开展，原来的全国巡讲改为了“全球听”，数据挖掘课也顺应潮流，推出线上课程，原来的两天课程改为三个周啦！
1.2 与全国巡讲全球听的异同点
相同点：前两周课程是完全一致的，都是 R 语言基础与 GEO 分析；
不同点：
全国巡讲全球听为期 4 周，后续课程是linux 基础和转录组上游、下游分析；对应的线下课程是在全国各城市巡回开班，每月 2 场，学费是 3199。
数据挖掘班第三周课程是GEO 进阶分析实战和 TCGA 数据分析；对应的线下课程目前仅在广州开设，每月 1 场，学费 2399。（报名线上课程后，如需再参加线下课程，补交 500 元场地费即可）
2 时间地点
时间：第三期是6月1号开始，为期三周。
每周五天课程（周三、周日休息），每天晚上 8：00~11：00，每次3 小时线上互动直播，总时长45 小时。
地点：由你定，前提是需要稳定的网络。
直播课程提供回放，即使你时间安排不开，也是可以第二天抽时间补上的，而且有专门的微信群答疑！
3 大纲
R 语言基础与强化训练
GEO 数据库挖掘分析思路与标准流程
多数据集与多分组数据处理
复现一篇 GEO 文献的全部图表
TCGA 介绍与示例文献解读
TCGA 数据库挖掘分析思路与分析流程
一篇TCGA 文章解读与复现
(全程基于R语言，贴合医学生需求！)
4 详细课表
5 课前准备与课后答疑
开课前一周为课前准备时间，团队会保障大家顺利安装软件、R 包；课后一个月为快速答疑期，将在微信群详细解答学员提出的问题。（群不解散，一个月后仍可提问，但不保证响应速度）
我们不仅关心你的课前课中课后，还设计了课上和课后的强化练习题，且会根据所有学员的反馈不断升级课程，因为用心，所以更好！
6 授课团队
孙老师，生信技能树核心成员，生信星球公众号创办人之一，简书、公众号原创作者、今日头条认证优质作者。自 2018 年 5 月起，在各写作平台分享了数百篇生物信息学笔记、教程，累计 18 万字（字数统计不包括代码），如《详解 R 数据科学》，《蛋白结构预测与分子对接》、《R 包 shiny 开发网页》、《ggplot2 作图》、《GEO 数据挖掘》、《TCGA》、《R 包开发》等系列；
2018 年 8 月至今，开办了几十期线上学习小组，指导了400+名生信小白零基础入门，十分了解初学者入门生信的障碍、心理和常见问题；
2019 年 1 月至今，担任生信技能树团队线下讲师，主讲了全国巡讲的 R 语言和 GEO 数据挖掘部分、广州专场 GEO 数据挖掘课和多场上门培训，累计 30 多场。
课堂轻松有趣，重点明确，讲练结合，给学员充分的练习和试错机会，掌握必备的数据处理、挖掘、可视化等技能。
配备生信技能树强大的助教队伍，他们基础扎实、数据分析经验丰富，并多次参与线上和线下课程助教工作，全方位保障你的入门！
7 学员福利
7.1 第一个福利 买一得五
报名2020数据挖掘线上班的全新教学项目者，除了可以参加45个小时的线上视频直播课程，以及一次广州的线下学习班（需缴纳500元场地费）之外，还可以继续享受5个福利：
Linux系统入门视频及配套习题免费领取
Linux云服务认识及登录
操作系统目录和文件操作
文本处理基础及进阶三驾马车
元字符，通配符及shell中的各种扩展
软硬链接，绝对路径和相对路径，环境变量
任务提交及批处理
软件安装及管理
其它视频课程及PDF书籍全套
R语言系统入门视频及配套习题免费领取
了解常量和变量概念
加减乘除等运算（计算器）
多种数据类型（数值，字符，逻辑，因子）
多种数据结构（向量，矩阵，数组，数据框，列表）
文件读取和写出
简单统计可视化
无限量函数学习
其它视频课程及PDF书籍全套
RNA-seq数据分析视频及配套习题免费领取
RNA-seq我们在生信技能树应该是至少推出了400篇教程，而且是我们全国巡讲的标准品知识点，其中还有一个阅读量过两万的综述翻译及其细节知识点的补充：
但凡有Linux基础以及R语言认知，听完了我B站的RNA-seq分析流程都是可以迅速上手自己的项目啦！
而且我们还继续赠送单细胞转录组数据分析课程！
GEO和TCGA数据挖掘视频及配套习题免费领取
GEO数据挖掘视频我们已经打磨好了多套无脑代码，在：一个甲基化芯片信号值矩阵差异分析的标准代码 ，和免费的数据分析付费的成品代码 。当然了，需要你具备R语言基础知识，才有可能看得懂和使用我们的完美代码！
关于TCGA数据挖掘，大多数需求其实也就是差异和相关性，生存分析等等，我们的视频目录如下：
P1-TCGA-101-课程介绍-需要哪些背景知识
P2-TCGA-102-课程导读-如何使用我的github代码
P3-TCGA-103--TCGA数据库大有作用-不仅仅是灌水
P4-TCGA-201-背景介绍及网页工具大全
P5-TCGA-202-其它数据库介绍
P6-TCGA-203-使用Xena网页工具
P7-TCGA-204-使用firehose网页工具
P8-TCGA-205-文章规律讲解
P9-TCGA-301-数据下载方式导言
P10-TCGA-302-GDC下载数据实战
P11-TCGA-303-GDC数据整理
P12-TCGA-304-GDC下载数据续集
P13-TCGA-305-R-TCGA包下载数据及数据提取
P14-TCGA-306-使用GDC和firehose下载-TCGA的胃癌的甲基化信息数据
P15-TCGA-307-使用GDC和Xena下载RNA-Seq的表达矩阵并且比较
还有很多学员笔记：4个小时TCGA肿瘤数据库知识图谱视频教程又有学习笔记啦
表观调控等多组学分析视频及配套习题免费领取
01 果蝇参考基因组和注释文件准备
02 文献测序原始数据下载
03 ChIP-seq 数据质量控制与过滤
04 ChIP-seq 数据从比对到 Peaks calling
05 RNA-seq 数据从比对到定量
06 用幕布展示此课程目录
07 验证目标基因的指定外显子 knock out 是否有效
08 多个样本基因信号矩阵来相关性计算与可视化
09 对RNA-seq数据找差异基因以及可视化
10 根据差异倍数来计算样本间相关性
11 使用 ChIPseeker 对单组 Peak 进行注释与可视化
12 对多组 Peaks 进行批量注释与可视化
13 通过 bw 文件来计算 ChIP-seq 样本间相关性
14 探索ChIPQC 包用法并且查看 ChIP-seq 数据质量
15 最新版参考基因组注释peaks之果蝇 dm6
16 样本间 Peaks 交集韦恩图
17 基因组版本注释转换
18 使用 R 和 linux 对多个 bed 进行骚操作处理
19 对单个 bed 文件和 bw 文件可视化
20 多个 bw 文件进行可视化
21 获得差异表达基因 bed 文件
22 对多个基因集进行富集分析
如果你确实是第一次接触我们生信技能树，那么首先恭喜你，你找到家了，先看看我们以前的成果：
根据我与几千名粉丝的沟通得出了一个结论，资料其实并不缺，大家缺的是第一步，是互动是耐心帮你解决最开始的拦路虎这样的服务，所以我们才有线下培训，亲自帮你解决电脑面前的报错，让你的入门不再忐忑。预祝2020年的你，在我们友好的教学团队带领下入门后，生信技能树历史教程合辑会成为你真正的宝藏！
7.2 还有惊喜福利
我们每个讲师都会给大家准备几个独家技能小福利
搜索技巧、学习方法、效率工具；
文献查找、翻译、下载、管理工具；
PPT 技巧、云同步工具、资料推荐。
8.往期学员评价
其实我们没有专门收集学员的评价，下面这些都是自发的：
第一期数据挖掘班是4月25号结束的，老师在原定的时间之外，给学员们免费多加了两个小时的课，可见用心~
8.1 来自北大硕士的两千字日记式学习记录
听课时，她每天都会做一些记录，连续三个周累计写了两千六百多字。发给我们，可以想象看到时非常感动和欣慰，并将它发布在了公众号：
数据挖掘第一期学习反馈（点击即可查看)
这篇发出之后，评论区也有参加过课程的学员过来留言、点赞，给后面的小伙伴们提建议~
8.2 来自中科大少年班小妹妹的海报
这位中科大少年班的小妹妹，97年的，已经开始读博，对此老腊肉们都非常羡慕。她自称“六年非专业平面设计师”，上完课后开心地送给我们一张海报：
8.3 生信技能树的分享精神可以传递下去
跟着生信技能树的线上课程学习了三周了，课程早几天就结束了，但是我刚刚补完全部的课程，后面几节课可能还要回放再学习一下。
从一无所知的小白，成长到了解一点点R语言一点点生信分析的知识，很感谢生信技能树团队的付出。这套课程是良心课，原本两天的线下集训课程，拉长至三周的线上直播课，这样有更多的时间消化知识，处理bug，而且还支持回放，还可以选择倍数，这让每天晚上需要带娃的二胎妈倍感喜悦（手动开心）。
听完课程，知识的收获是一方面，但是更多的是一种文化的传递。我很欣赏生信技能树的分享精神，无论是健明老师的一万多篇博客，还是小洁老师18万字的简书，都是在分享在传递。
我也要继续把这种精神传承下去，我早就建立了onenote笔记、印象笔记，但是只有自己看，现在立个flag，整理笔记并分享，希望同仁们共勉，共同学习进步！
8.4群里、评论区、朋友圈里的几张截图
点击图片即可放大
我们的教学团队亲和、专业，授人以渔，助你get生信学习力！
9.报名与注册
注册费 2399 元，可开发票。如果仅仅是参加网课，那么缴费2399即可。
如果同时要参加疫情过后的线下面对面学习班，可以预缴500元场地费或者到时候真的想参加了再缴费，我们会提前一个月发布线下面对面开课通知（取决于疫情进展情况）的（线下课目前仅限广州地区哦）！（注：线下面对面学习班不是必须参加的哈，我们线上三周课程设置已经足够优秀。）
添加小助手微信即可咨询报名。⏬
最后一个小惊喜，不仅仅是学到数据挖掘， 参加培训相当于进入生信技能树小圈子，解锁更多学习资料以及学习方法！