“生信入门过半“感想
The following article is from 惨绿少年和瑛儿肥的日常 Author 瑛儿肥
真情实感流露最是动人,上个月我们精选了两个学员的心得体会:
这样的分享形式已经成为了咱们学习班亮丽的风景线,本月继续!
这里的“生信入门过半”也算一语双关了,可以说是这次“生信入门课程”过半,也可以说是我生信学习的学习阶段处于入门和未入门之间。借此机会回顾生信学习前半程。
1. 初识生信
Python选修课
初次接触的其实也算不上生信,其实就是研一的一门选修课:Python编程。不怕大家笑话,我学完的第一反应不是说觉得Python能为我的科研插上翅膀(毕竟刚开始也没啥数据需要处理),而是沿袭了本科啥证都想考的思路,想着考个计算机二级。但是这个想法又被生活随之而来的琐碎冲到了九霄云外。
师兄师姐都在学R
当我还是一个课题组萌新,偶尔组会听到师兄师姐会提到热图、PCA、富集分析等等这些与R语言相关的作图分析,虽然也知道R语言可能是和Python差不多的东西,但是因为是师兄师姐们在用的东西,就觉得高大上、好遥远。虽然师兄师姐也会偶尔提一嘴让我们学,但是没有明确的任务,明确的deadline,也就没了动力,自然也就没啥结果。
2. 为什么要学生信
知道自己躲不过去了
在我RNA送测的瞬间,我悲喜交加。数据很快就要有了,期待它是什么样子;分析又成了个问题,意味着数据分析是躲不开了。但是,这不也没反结果呢嘛,先这样吧。
自己有了数据
很快,数据回来了,刚巧碰上出野结束一大堆账需要报销,数据就那么静静地躺在了邮箱里。
随之而来的直博答辩……
直到导师统计目前大家手头的样本数据情况,毕竟要寒假了,数据得做好备份。这才想起来我手头还压着转录组的数据没分析呢!
疫情来了
疫情期间除了读文献、看慕课,我第三个想到的是转录组数据处理。此时,才来怪自己是个小白,是不是很不要脸!好在师姐们记录了一些数据处理的流程,我也少走了许多冤枉路,依葫芦画瓢,摸索着。以下就是我疫情期间学习生信的心路历程。
3. 怎么学的生信
男友助攻
这波狗粮还是要撒的,有个学编程的男朋友,可以顺利避开好多坑,毕竟该踩的他都踩过。有任何看似弱智的问题,随时想问就问,在自家男朋友面前,没啥不好意思的。学不会才没面子。
师兄师姐助攻
作为上有博士的小硕士,还是很幸福的。不懂得可以请教师兄师姐,连毕业的也不放过。还记得之前师姐带我们级去清华蹭了个讲座,那是我第一次听说”生信技能树“。
自己摸索
虽然别人的笔记看起来会没那么顺利,但也比大脑一片空白要好。笔记其实也只是适合记录者自己,很多已经了解的基础内容是不会字字句句记录详细,很多基础还需要参考者自己去摸索,填补。
生信技能树
学习的过程,其实就像在拼图。对于生信的学习,如不是生信专业,很少有入门就是按部就班系统学习的,多半都是要用什么,就学什么,临阵磨枪。学完发现自己已经掌握的知识,分布在拼图的南北东西。东一块砖西一片瓦,始终不能建起生信的大门。零零散散也看了jimmy在B站的一些视频,有关生信的公众号、简书也关注收藏了一大堆,但是,依然无法顺利跑下一个流程。于是我想到了”巨人的肩膀“,希望结束这样东拼西凑的迷茫。生信技能树是我第一个想到的。不管是推文还是授课,jimmy都是大写的务实高效,一针见血和不愿将就。还热衷分享许多年,比起某大讲堂,连Fasta序列处理都要拿出来卖钱……看来小白的钱还是很好赚的,那jimmy在B站的课,单个没个1000也不好意思上架吧。
玩笑就此打住,还是说说课程感想。
这次课程让我卸下了一个包袱。我之前为什么迟迟不愿开始数据分析,一是怕学Linux,二是不想学R语言。我对它们的定位都在要学会学懂。这个定位对于我这个非计算机专业,也没有这方面爱好,况且还要做实验的生物专业学生来说,太难了!可能潜意识里就不想碰,至少能晚点就晚点。这次课程让我的观点发生了变化。让我有了工具意识,不再把全面了解和掌握Linux和R语言为目标,而是把它们作为工具,掌握学习和使用的规律,了解我时常会用到的部分就足够了。R语言函数R包千千万,我不是每个都用得到,只需要掌握ggplot2的使用,再碰到新的无非就是看帮助文档的事儿。学习需要学会抓大放小。
这次课程还纠正了我知识付费的观念。以前可能是被B站大佬们的视频惯坏了,有啥不会的,都去B站。我承认薅免费羊毛很爽,但是不得不说,效率不是很高。一是免费的东西总是没那么珍惜,二是零零散散,教程多到让人挑花了眼,没办法定下心来好好把一个系列看完,三是非私人订制,没有取向,自然不可能做到合乎每个人的需求,必然会有大量无用信息。规避以上所有问题的最好解决办法就是购买合乎自己需求的付费课程。专业定制的教学体系,节省了自己大把检索、筛选的时间。”要么花钱,要么花时间“虽然最近一次是听jimmy说的,但是这个道理相信很多人都懂。
通过这次的课程,把一些基础知识补充到位,以后再看相关推送就会高效许多。别人的笔记也不再那么难啃。
还有一半的课程,期待自己的蜕变。希望学完全部课程,自己可以从技术到心理上真正入门生信。
写到最后
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