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生信技能树知识整理实习生招募

生信技能树 生信技能树 2022-08-10

在生信技能树,生信菜鸟团,单细胞天地分享了超1.3万篇教程后,越来越感觉时间精力不够用,且不说每日都要维持多个公众号的教程原创笔记撰写,仅仅是把这些教程发布出去,都是不小的工作量。目前我的教程同步更新在知乎,博客,腾讯云社区,B站,论坛等平台,而且还有二十多个微信学习交流群需要维护,见:

所以迫切需要小助手,帮忙做一些知识整理和发布工作

  • 如果你是有一定生物信息学项目经验的,就做知识整理,能得到我的指点,在具体的某个方向深耕下去。
  • 如果你是完全小白,只需要对生物信息学有热情,你能抽空半年以上的时间,我也可以培养你。

知识整理会细化到某一个点

单细胞研究动态追踪

其实就是文献整理啦,北京大学张泽民教授团队的文章, 哈佛大学Broad研究院的 Aviv Regev 博士及其团队的文章,MD Anderson癌症中心 Nicholas E. Navin博士及其团队的文章整理。

单细胞在肿瘤免疫,发育,图谱方面的成果整理。

TCGA网页工具整理

我喜欢把TCGA数据库的应用划分为8个领域:

  • 1、探索各类肿瘤不同临床特征(性别、年龄、种族、临床分期)的预后(生存曲线)
  • 2、探索各类肿瘤与对照的单个分子(mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化,蛋白)水平的差异情况(箱线图)
  • 3、探索各类肿瘤与对照的全局(mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化,蛋白)水平的差异情况(差异分析流程)
  • 4、探索各类肿瘤中两个分子(mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化,蛋白)水平相关性(散点图)
  • 5、探索各类肿瘤中多个分子(mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化,蛋白)水平总结(热图)
  • 6、探索各类肿瘤中单个分子(mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化,蛋白)与所有其它分子相关性并且排序
  • 7、探索各类肿瘤中单个基因突变或者单个分子(mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化,蛋白)水平的预后(生存曲线)
  • 8、探索各类肿瘤不同临床特征(性别、年龄、种族、临床分期)分组后的单个分子(mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化,蛋白)特性的分布

这些应用都是有对应的网页工具可以实现!

数据挖掘策略整理

大家耳熟能详的策略有;

  • 差异分析+PPI网络+hub基因
  • WGCNA+hub基因
  • 诊断模型构建
  • 预后模型构建
  • 肿瘤免疫,CIBERSOFT计算的LM22比例分组,以及ESTIMATE算法等等
  • m6A等生物学功能基因集
  • 药敏信息

(mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化,蛋白)均可走上述流程,也就是说33种癌症乘以5种亚型,乘以5种分子,乘以15个策略就已经是过万篇数据挖掘课题了,而且你仔细搜索一下就发现,真的是已经有了过万篇数据挖掘文章了哦!

肿瘤亚型整理

比如是乳腺癌,你可以看lumA,lumB,basal,HER2 等亚型,其中TNBC可以继续细分为3~7种亚型,当然了,现在有了单细胞转录组数据的加持,细胞亚型会越来越清晰。如果要整合多组学数据,分类也会更加复杂。

再比如是胃癌,也是有4种分子分型,具体如下:

  • ①爱泼斯坦-巴尔(Epstein-Barr)病毒(EBV)阳性型肿瘤:约占胃癌的9%,表现为较高频率的PIK3CA基因突变和DNA极度超甲基化,以及JAK2、CD274(也称PD-L1)和PDCD1LG2(也称PD-L2)基因扩增。

  • 微卫星不稳定(MSI)型:约占22%,表现为重复DNA序列突变增加,包括编码靶向致癌信号蛋白的基因突变。

  • 基因稳定(GS)型:约占20%,其组织学变异弥漫且丰富,RHOA基因突变或RHO家族GTP酶活化蛋白基因融合现象多见。

  • 染色体不稳定(CIN)型:此类肿瘤占胃癌的比例近一半,表现为显著异倍体性及受体酪氨酸激酶的局部扩增。

新媒体运营

主要是负责一些微信群聊天记录整理,组建群聊拉新人入群,一些简单答疑工作,一些生信技能树相关账号管理,以及生信技能树历史1.3万篇教程重修或者在其它平台发布。

如何应聘

优先招募线下(至少需要有半年时间哦)的实习生,提供住宿,以及1000元左右每个月的生活补贴。学习能力极强的可以参与科研项目,发表SCI文章,或者提供科研服务赚取更多项目报酬。

应聘需要发简历以及自己的科研项目经验到我邮箱(jmzeng1314@163.com),加上一些自己对生信的理解,以及自己想专攻的生信方向。说明自己的时间安排,以及为什么应聘我们的生信技能树知识整理实习生。

理论上我每封邮件邮件都会回复,所以大胆的发简历给我吧,合适的应聘者我会详细沟通电话面试安排。

也可以参加线上学徒任务

我们有一个《学徒任务》的专栏,主要是根据我这些年发布的各种各样的ngs组学技术教程和视频课程来写配套学习笔记,比如 2021 最新课程:

  • https://www.bilibili.com/video/BV1DK4y1X7bb/  更新至第8篇,「生信技能树」100个单细胞文献解读(8/100)
  • https://www.bilibili.com/video/BV19Q4y1R7cu/  section 3已更新,「生信技能树」单细胞公开课2021

完成一些实战演练任务,把自己的记录发布在我们《生信技能树》公众号。

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