（千呼万唤始出来）生信技能树知识整理实习生在哪里

在生信技能树，生信菜鸟团，单细胞天地分享了超1.3万篇教程后，越来越感觉时间精力不够用，且不说每日都要维持多个公众号的教程原创笔记撰写，仅仅是把这些教程发布出去，都是不小的工作量。目前我的教程同步更新在知乎，博客，腾讯云社区，B站，论坛等平台，而且还有二十多个微信学习交流群需要维护，见：

所以迫切需要小助手，帮忙做一些知识整理和发布工作：

• 如果你是有一定生物信息学项目经验的，就做知识整理，能得到我的指点，在具体的某个方向深耕下去。
• 如果你是完全小白，只需要对生物信息学有热情，你能抽空半年以上的时间，我也可以培养你。

知识整理会细化到某一个点

单细胞研究动态追踪

其实就是文献整理啦，北京大学张泽民教授团队的文章， 哈佛大学Broad研究院的 Aviv Regev 博士及其团队的文章，MD Anderson癌症中心 Nicholas E. Navin博士及其团队的文章整理。

单细胞在肿瘤免疫，发育，图谱方面的成果整理。我们会提供每周三到五次单细胞图表复现数据分析交流线上腾讯会议研讨会参与机会！以及全部的代码和文献，让技术的传播没有限制！

TCGA网页工具整理

我喜欢把TCGA数据库的应用划分为8个领域：

• 1、探索各类肿瘤不同临床特征（性别、年龄、种族、临床分期）的预后（生存曲线）
• 2、探索各类肿瘤与对照的单个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）水平的差异情况（箱线图）
• 3、探索各类肿瘤与对照的全局（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）水平的差异情况（差异分析流程）
• 4、探索各类肿瘤中两个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）水平相关性（散点图）
• 5、探索各类肿瘤中多个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）水平总结（热图）
• 6、探索各类肿瘤中单个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）与所有其它分子相关性并且排序
• 7、探索各类肿瘤中单个基因突变或者单个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）水平的预后（生存曲线）
• 8、探索各类肿瘤不同临床特征（性别、年龄、种族、临床分期）分组后的单个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）特性的分布

这些应用都是有对应的网页工具可以实现！我们会提供全部的整理好的文献，以及配套代码，你需要的仅仅是举手之劳的整理和参与，遇到困难也有交流群随时沟通！

数据挖掘策略整理

大家耳熟能详的策略有；

• 差异分析+PPI网络+hub基因
• WGCNA+hub基因
• 诊断模型构建
• 预后模型构建
• 肿瘤免疫，CIBERSOFT计算的LM22比例分组，以及ESTIMATE算法等等
• m6A等生物学功能基因集
• 药敏信息

（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）均可走上述流程，也就是说33种癌症乘以5种亚型，乘以5种分子，乘以15个策略就已经是过万篇数据挖掘课题了，而且你仔细搜索一下就发现，真的是已经有了过万篇数据挖掘文章了哦！我们有成套的成体系的完整数据挖掘代码，全部无偿提供给你，你需要的仅仅是复制粘贴和理解我们写好的代码，并且整理结果图表成为公众号素材！

肿瘤亚型整理

比如是乳腺癌，你可以看lumA,lumB,basal,HER2 等亚型，其中TNBC可以继续细分为3~7种亚型，当然了，现在有了单细胞转录组数据的加持，细胞亚型会越来越清晰。如果要整合多组学数据，分类也会更加复杂。我们会提供全部的各个癌症的分子分型包和代码的整理，需要你融入自己的生物学医学背景解释好我们的代码结果，咱们取长补短！

再比如是胃癌，也是有4种分子分型，具体如下：

• ①爱泼斯坦-巴尔（Epstein-Barr）病毒（EBV）阳性型肿瘤：约占胃癌的9%，表现为较高频率的PIK3CA基因突变和DNA极度超甲基化，以及JAK2、CD274（也称PD-L1）和PDCD1LG2（也称PD-L2）基因扩增。

• ②微卫星不稳定（MSI）型：约占22%，表现为重复DNA序列突变增加，包括编码靶向致癌信号蛋白的基因突变。

• ③基因稳定（GS）型：约占20%，其组织学变异弥漫且丰富，RHOA基因突变或RHO家族GTP酶活化蛋白基因融合现象多见。

• ④染色体不稳定（CIN）型：此类肿瘤占胃癌的比例近一半，表现为显著异倍体性及受体酪氨酸激酶的局部扩增。

新媒体运营

主要是负责一些微信群聊天记录整理，组建群聊拉新人入群，一些简单答疑工作，一些生信技能树相关账号管理，以及生信技能树历史1.3万篇教程重修或者在其它平台发布。

如何应聘

优先招募线下（也就是说线下也可以！）（至少需要有半年时间哦）的实习生，提供住宿，以及1000元左右每个月的生活补贴。学习能力极强的可以参与科研项目，发表SCI文章，或者提供科研服务赚取更多项目报酬。

应聘需要发简历以及自己的科研项目经验到我邮箱（[e-mail]），加上一些自己对生信的理解，以及自己想专攻的生信方向。说明自己的时间安排，以及为什么应聘我们的生信技能树知识整理实习生。

理论上我每封邮件邮件都会回复，所以大胆的发简历给我吧，合适的应聘者我会详细沟通电话面试安排。

也可以参加线上学徒任务

我们有一个《学徒任务》的专栏，主要是根据我这些年发布的各种各样的ngs组学技术教程和视频课程来写配套学习笔记，比如 2021 最新课程：

• https://www.bilibili.com/video/BV1DK4y1X7bb/  更新至第8篇，「生信技能树」100个单细胞文献解读(8/100)
• https://www.bilibili.com/video/BV19Q4y1R7cu/  section 3已更新，「生信技能树」单细胞公开课2021

完成一些实战演练任务，把自己的记录发布在我们《生信技能树》公众号。