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1.5小时完成1万分子虚拟筛选,以超高算力助力中医药研发

小北 北鲲云 2023-01-17

在中国对抗新冠疫情的战争中,中医药广泛参加新冠肺炎治疗,深入介入诊疗全过程,发挥了积极作用,成为抗疫“中国方法”的重要组成部分。据湖北省卫生健康委员会消息,湖北省中医药使用率累计达到91.91%,方舱医院中医药使用率超过99%,集中隔离点中医药使用率达到了94%。

上海中医药大学创新中药研究所立足于促进创新中药的应用与应用基础研究。2020年,林国强院士团队和陈红专教授团队从临床抗新冠病毒有效的中药方剂出发,通过计算机辅助虚拟筛选并运用SPR及NanoBit等生物技术及药理学的研究发现了甘草酸可以显著阻断新冠病毒棘突蛋白和人体内靶蛋白ACE2的结合,是抗新冠病毒活性的有效中药单体。

着科研项目的增加和使用人数的上升,受限于本地设备,在科研高峰时期,作业排队现象尤为突出,严重影响了基于中药的新药创制进程。

为了保证筛选计算能够高效、顺利完成,上海中医药大学创新中药研究所和北鲲云达成了长期合作,通过北鲲云一站式云超算平台,科研人员可随时随地调用最新的硬件资源进行高通量计算,单集群最高可支持100000核心算力;还可以拥有10PB的存储容量,用于存放处理数据和计算,并支持多任务在多机环境下并发处理。

上海中医药大学创新中药研究所研究员表示,“通过北鲲云超算平台调动96核CPU,使用Discovery Studio软件对1万个中药分子进行虚拟筛选,模拟分子化合物与靶点的相互作用,仅耗时1.5小时就筛选出苗头化合物。这不仅满足了我们对计算资源的需求,同时也减低了研发成本。”

未来,北鲲云将深入中药植物药的基因组学、中医药数据挖掘和大数据分析、模拟与仿真等高算力场景,为更多客户提供具有创新性的本地+云上的高性能计算解决方案。

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