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ChIP实验,这家公司做的怎么样?有图有真相

2017-06-30 小丫 嘉因生物

ChIP-seq技术服务,重点在于能做好ChIP实验,既能做组蛋白修饰,又能做转录因子,这样的服务哪里找?


上海嘉因生物科技有限公司

嘉因生物做过哪些factor的ChIP实验呢?

质量如何?

小丫将ChIP-seq项目中,由嘉因生物做ChIP实验的数据进行了汇总。

未包含ChIP-qPCR项目。




做过哪些Factor?


各种组蛋白修饰、转录因子、Pol II、带flag标签的转录因子、CTCF等等。

组蛋白修饰里面H3K27ac做的最多,火爆的super enhancer!!!

其次是经典的H3K4me2和H3K27me3。




做过哪些样品?


样品类型有人的细胞、组织,

也有小鼠和其他物种来源的样品。



谁来找嘉因做ChIP?


来自高校的项目最多,其次是医院。

上海本地的项目最多



做了这么多,质量怎么样啊?



一、质量的总体分布



Mapping率怎么样?


找出了多少peak?




二、几个例子


最直观的是用眼睛看原始数据。

用IGV打开bigwig文件,zoom in,从基因组上随便点开一个区域。

能不能一眼看到峰?

factor结合位点的峰sharp不?

周围noise多不多?


转录因子名字涉及到客户隐私,下文用TF1、TF2代替。


把每个基因TSS附近的ChIP信号都画出来。

是否符合这些factor各自的分布规律?


画出factor在基因body区域的平均分布。

是否make sense?

单看TSS上下游区域

看到H3K4me3在TSS两侧漂亮的山谷图形了吗?

H3K27ac也有个漂亮的坑哦!

顺便看看TTS附近丑丑的小坑


各Factor在基因组功能区域上的分布情况


小丫总结完,底气十足的跟销售讲:

凭这数据质量,你们就使劲儿拉单子吧!




不在上海,怕路途遥远影响细胞状态;

需要自己做treatment;

没办法把样品拿到嘉因来做;

怎么办?


您可以买Romics试剂盒,自己做ChIP。



关于Romics ChIP试剂盒

上海嘉因生物科技有限公司,对外提供ChIP实验实施服务已有3年,已经稳定地实施了几百例的组蛋白和TF ChIP实验加数据分析服务。我们根据自身丰富的ChIP实验经验,花费近半年的时间,由全部实验组成员共同参与,研发出ChIP实验系列试剂盒。组蛋白ChIP试剂盒率先上市,后续将陆续推出适用于TF(转录因子)的试剂盒。


货号:JY-H170210


联系电话:021-61539657




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