同一套RNA-seq，公司筛出的差异基因跟师兄筛出的为什么不一样？| Pvalue, FDR, cutoff

在同一套RNA-seq，为什么公司做的跟师兄跑的结果不一样？ | TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗？一文，聊了怎样做RNA-seq数据预处理：把samples拉到同一起跑线。

今天讲差异基因筛选，继续搬statQuest视频，点击左下角“阅读原文”直达代码页。文末附第一个视频中提到的P-value和FDR视频，和阈值设定的comment音频。

https://v.qq.com/txp/iframe/player.html?vid=n0551ppyma0&width=500&height=375&auto=0

有些基因read counts数非常低，一个两个reads不可信，DESeq2和edgeR有各自的处理方法。

上面视频中提到的P value和FDR视频：

P value

https://v.qq.com/txp/iframe/player.html?vid=s055124iqyk&width=500&height=375&auto=0

FDR，结合RNA-seq讲的很清楚，筛差异基因、功能富集分析，都要用到FDR。

https://v.qq.com/txp/iframe/player.html?vid=f05515hdskd&width=500&height=375&auto=0

最后作者出镜答疑，阈值设定有啥讲究，0.05？

木有ppt，转成音频方便听。

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