《转录因子调控了谁？挖全天下所有高通量实验数据，只为您解决这一个问题》给出了从基因组水平找靶基因的策略和方法：
Plan A：RNA-seq。直接调控？间接调控？傻傻分不清
Plan B：ChIP-seq。最直接，最有效，与RNA-seq整合分析更准确
Plan C：ATAC-seq + motif分析。没有ChIP级别抗体，也能准确找到靶基因
Plan D：基于motif预测，这是个垫底儿的
《哪个蛋白质调控我感兴趣的基因？怎样筛选？基于分析或实验的可行方案V2.1》给出了研究某个基因受谁调控的策略和方法：
Plan A：基于大量ChIP-seq公共数据挖掘
Plan B：motif分析预测
Plan C：ATAC-seq结合motif分析
这些策略适用于所有物种的转录调控研究，但小伙伴们一结合自己的课题，疑问就多了起来。我们一个一个解决。
今天解决这个问题：一段DNA序列上有没有某个转录因子的motif？
话说找motif的工具有很多哇！不好讲哪个好哪个差，谁能找出你心仪的motif谁就是好猫！
方法一
《转录因子调控了谁？》里的Plan D教大家用JASPAR + UCSC Table Browser查某个motif在全基因组范围内分布在哪些基因附近。好烦，我不要全基因组范围，我只要看这一个基因，见方法二和三。
方法二
《互补链上的motif有意义吗？》里的补充技能：用JASPAR2016在线工具，找一段DNA序列上是否存在指定的motif，输入序列长度受限。JASPAR2018提供R包TFBSTools做这件事，要会用R，不接地气。
方法三
meme是个强大的工具箱（此meme非彼meme），以后会以问题为导向，分多篇介绍里面的工具。今天用FIMO，'Find Individual Motif Occurrences'，判断一段DNA上是否存在某个motif。还能同时上传多个motif和多条DNA序列，批量判断多个基因上游是否存在某几个motif。
首先，去JASPAR2018下载MEME格式的motif文件。http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0106.3/
然后，打开FIMO，http://meme-suite.org/tools/fimo
1. Upload刚刚从JASPAR下载好的meme格式的motif文件；
2. 把感兴趣的DNA序列以fasta格式粘贴到Input the sequences区域，或者upload序列文件；
3. Start search，然后把地址加入收藏栏；
4. 需要运行一段时间，即使浏览器被关掉了，还能从收藏栏里打开结果。
运行结束，页面会变成这样：
两种接地气的查看方式，和一种高大上的展示方式：
一、以表格的形式查看哪个基因上有motif。
点开FIMO HTML.output，显示P<0.0001的Top1000个位点。Alt ID就是你upload的fasta文件里“>”右边的字，建议写基因名。
二、图形化展示输入序列的哪个位置有这个motif，展示效果类似于方法一。
1. 鼠标右键点击FIMO GFF output，复制gff文件地址；
2. 打开网址http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgCustom，往UCSC genome browser里添加一个新的track，在URLs的框里粘贴gff文件地址，submit。
三、高大上的展示方式。
看这篇：如何画类似MEME的注释序列
据说Y叔还差500粉就能变万人大号了，小伙伴们快去关注啊！
方法四、五、六、七。。。