有位小伙伴儿问：JASPAR里预测转录因子结合的strand-1是不是没有意义？
搜到好多论坛上都说strand-1无意义，只看strand+1就好。是这样吗？
下图清晰的描述了两种情形：
a) 基因上游存在某一TF的motif，推测该TF可能结合到这里，调控该基因转录。
b) 基因上游互补链上存在TF的motif，这个TF还能调控这个基因的转录吗？
认为strand-1无意义，估计是考虑到如果motif的方向反了，TF的方向也跟着反了，调控的不就是相反方向的基因了？
事实上是这样的吗？
高中物理老师告诉我们：你想的都是错的，只有算过才是对的。
2016年发表在BMC Genomics上的文章已经算过了。
The orientation of transcription factor binding site motifs in gene promoter regions: does it matter?
开篇那个模式图就是这篇文章的Figure 1。感谢羊咩咩同学搜到这篇文章。
作者分析了拟南芥293个非回文序列（non-palindromic）转录因子结合位点、10个核心启动子motif的方向对基因表达调控的影响。
结论：方向不重要，结合才重要。
Conclusions: Our results suggest that for the motifs considered here, either no specific orientation rendering them functional across all their instances exists with orientational requirements instead depending on gene-locus specific additional factors, or that the binding orientation of transcription factors may generally not be relevant, but rather the event of binding itself.
回复20180117，直达文章链接。
更有趣的：核受体NR，以二聚体形式结合DNA，motif是各种方向的回文序列：
上图出自：Martin, Luc & Tremblay, Jacques J.. (2010). Nuclear Receptors in Leydig Cell Gene Expression and Function. Biology of reproduction. 83. 3-14. 10.1095/biolreprod.110.083824.
补充技能：
在线预测转录因子结合位点，用JASPAR2016，入口在这里：
http://jaspar2016.genereg.net/cgi-bin/jaspar_db.pl
从主页搜索感兴趣的转录因子，进入如下页面，在motif左侧的小方框内打钩，然后把DNA序列粘贴到右下角的大方框里，scan。
2016版本的这个在线工具只能上传20000bp以内的DNA序列。
JASPAR2018考虑到现在实验猫都会写代码了，就省掉了在线分析工具。如果想在更长的序列内查找更多的motif，就用TFBSTools这个R包，包治百病。
总之，预测一个基因启动子区是否有某个转录因子的结合位点时，看到strand+1，意味着motif跟基因同向；strand-1，意味着motif在互补链上。无论motif在哪条链上，这个转录因子都有可能调控你的基因。
转录调控研究策略：