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上面两篇剖析了转录调控研究方案，本篇剖析ATAC-seq在转录调控研究中如何发挥作用，最后去文末找ChIP-seq、ATAC-seq完整解决方案。
ChIP-seq是转录调控研究神技
ATAC-seq是转录调控研究神助攻
“ 我用ATAC-seq能干啥？”
“ 我要研究的是具体的生物学问题，研究某个基因的上下游调控机制，那些揭示基因组普遍规律的文章不适合我。”
ATAC-seq适合你，它能回答以下三个问题：
找调控某一生物学过程的关键转录因子
找哪个转录因子调控了我感兴趣的基因
找我感兴趣的转录因子调控的靶基因
颉伟老师2015年那篇Nature可以说是用ATAC-seq找关键转录因子的范本。《表观遗传是怎样遗传的？| 颉伟讲怎样用ATAC-seq研究表观遗传机制的视频》，下面是部分ppt截图，进入链接获取ppt，看视频。
用ATAC-seq标出早期胚胎发育各时期的开放染色质区域，找出差异，查看差异开放染色质区域富集了哪些转录因子的motif，这些转录因子就是调控2细胞期→4细胞期→8细胞期→囊胚期这一发育过程的关键转录因子。
通过这种方式，找到了这几个关键的调控因子，对其中的Nr5a2进行深入研究。
对比Knockdown前后的RNA-seq数据，确认NR5A2是早期胚胎发育中重要的调控因子。
《哪个蛋白质调控我感兴趣的基因？（有链接）》给出了三个解决方案。
Plan A：基于大量ChIP-seq公共数据挖掘
Plan B：motif分析预测
Plan C：ATAC-seq结合motif分析
重温一下Plan C：ATAC-seq + motif分析的模式图
“单做motif分析也能做这事儿啊！为啥还要做ATAC-seq呢？”
motif分析只能标出某基因上游启动子区域有哪些TF的motif，这些TF不一定真的能跑来结合。用ATAC-seq标出这里有蛋白结合，但不知道具体是哪个转录因子。
ATAC-seq + 某个基因上游的motif分析，准确找到基因上游结合的转录因子。
《转录因子调控了谁？》一文优先推荐用ChIP-seq找转录因子的靶基因。结合TF KD/KO/过表达或激活sample的RNA-seq，能够更准确找到转录因子靶基因，详见《ChIP-seq和RNA-seq整合分析，BETA最擅长》
如果没有ChIP级别的抗体，就用ATAC-seq找转录因子的靶基因。
用ATAC-seq标出基因组范围哪里有调控蛋白结合，再标出哪里有某个TF的motif，二者相叠加，就能推测出这个TF调控的靶基因。
上海嘉因生物科技有限公司，提供高质量的ChIP-seq、ATAC-seq实验服务，擅长整合各种高通量数据，挖掘生物学规律。
自成立以来，组蛋白修饰ChIP-seq成功率接近100%，TF成功率超过80%。现大力推出ATAC-seq服务。
已帮助客户发表文章近百篇，点击链接查看《嘉因生物发表文章的影响力超过70%的研究论文》，发表文章Rsesult截图：
代表期刊：
Nature（IF = 40）
Cancer Cell（IF = 27.4）
Hepatology（IF = 13.6）
Leukemia（IF = 11.7）
Nucleic Acids Research（IF = 10.2）
PNAS（IF = 9.7）
Molecular Plant（IF = 8.8）
Cell death & disease（IF = 6）
与嘉因有ChIP、ATAC实验合作的部分高校、医院、科研院所
另外，嘉因与8家生物公司签订了长期合作协议，提供ChIP、ATAC实验服务。
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