表观遗传是怎样遗传的？| 颉伟讲怎样用ATAC-seq研究表观遗传机制的视频
没法参加今天的表观遗传调控盛宴·细胞生物学学会2017年会，等不及看小伙伴儿分享的参会感受，怎么办？先来看清华大学颉伟研究员去年8月在表观基因组学暑期国际讲习班的课程视频，了解表观遗传是怎样遗传的。
https://v.qq.com/txp/iframe/player.html?vid=d0526vgtoa6&width=500&height=375&auto=0
感谢Epigenetics表观遗传学公众号分享视频和ppt，下面是部分ppt截图，在后台回复“XW”可获得ppt。
表观遗传的三种遗传：有丝分裂过程、跨代遗传、隔代遗传
涉及到DNA甲基化、组蛋白修饰，以及RNA等等。
一、有丝分裂中的遗传
有丝分裂中DNA甲基化的复制
或在组蛋白修饰指导下，添加或删除DNA甲基化
组蛋白修饰在有丝分裂中的遗传
染色质高级结构在有丝分裂中的遗传
二、跨代遗传
令人羡慕的科学世家
我们无法选择基因组，但可以让表观遗传更好。
比如锻炼身体、多读paper
吃蜂王浆，或KD Dnmt3
先看DNA甲基化的遗传。从父母那里只继承一点点（1.5%）表观遗传修饰，imprints
更多的（98.5%）是序列决定的，这是由遗传决定的表观遗传
受技术限制，组蛋白跨代遗传研究得不很清楚。精子里大部分的区域都没有组蛋白，而是用鱼精蛋白替代。
只有<5%的区域有histone，例如对发育最重要的hox家族
卵细胞里也有组蛋白修饰
最近还发现了组蛋白的imprinting
为什么从父母那里只继承到一点点表观遗传修饰呢？因为发生了重编程。
如果把体细胞核放入去核的卵细胞，会发生胚胎停育；如果去除H3K9me3，就能完成正常的胚胎发育。
DNA甲基化的重编程。正常情况下，在生殖细胞形成和合子形成时，大部分的DNA甲基化会被清除，然后建立起新的表观遗传修饰，即reprogramming。
重编程的调控机制研究，去年同时发表了两个工作：Zhang Yi lab用DNase-seq，Xie Wei lab用ATAC-seq，观察了胚胎发育早期的开放染色质。
为什么要看开放染色质？视频1小时44分开始讲这件事
通过染色质开放区域能找到结合的转录因子，这一原理，小哈在哪个蛋白质调控我感兴趣的基因？怎样筛选？基于分析或实验的可行方案V2.1一文里介绍过，见下面的示意图：
ATAC-seq能够找出基因组上开放区，根据这段区域上的motif，推测它上面可能结合的TF。ATAC-seq用的细胞数更少，500-50,000个细胞就能做，实验更稳定。有了ATAC-seq的加入，把motif预测出来的候选TF范围缩小到染色质开放区域，结果更准确。例如：
通过这种方式，找到了这几个关键的调控因子，对其中的Nr5a2进行深入研究。
对比KD前后的RNA-seq数据，确认NR5A2是早期胚胎发育中重要的调控因子。
在提问环节又讨论了这个工作，拖到视频2小时16分直接观看。
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